255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2002 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_01598  hypothetical protein  100 
 
 
218 aa  452  1e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1561  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  99.54 
 
 
218 aa  451  1e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1991  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  452  1e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0105907 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1830  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  99.54 
 
 
218 aa  451  1e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1714  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  452  1e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2350  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  99.54 
 
 
218 aa  451  1e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0623202  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2002  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  452  1e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000269962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01608  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
218 aa  452  1e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  99.08 
 
 
218 aa  451  1e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.20957e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1810  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.74 
 
 
218 aa  423  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00431301  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1618  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.28 
 
 
218 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal  0.71127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1558  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.28 
 
 
218 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.574434 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.28 
 
 
218 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0190742  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.28 
 
 
218 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1545  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  91.28 
 
 
218 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.435189  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2662  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  83.02 
 
 
227 aa  384  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0604494  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2378  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  79.55 
 
 
227 aa  374  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  82.3 
 
 
232 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.230905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1880  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  78.44 
 
 
240 aa  367  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1693  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  81.34 
 
 
233 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0861149  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  78.44 
 
 
217 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185253  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1772  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  78.44 
 
 
217 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.382068  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2218  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  77.52 
 
 
217 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558719 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.45 
 
 
212 aa  314  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.420266  normal  0.0379481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1626  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.45 
 
 
212 aa  313  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0502858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1559  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.45 
 
 
212 aa  313  1e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.92 
 
 
212 aa  312  3e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.985992  normal  0.113266 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  310  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2277  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.45 
 
 
212 aa  309  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  8.58541e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001014  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  68.1 
 
 
211 aa  310  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1807  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  308  3e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.413512  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1763  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  308  3e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1770  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  308  3e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0210765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2515  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  308  3e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.961854  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1702  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
212 aa  306  1e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0021  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.71 
 
 
211 aa  306  2e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.479852  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1649  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.57 
 
 
212 aa  304  7e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0163  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.51 
 
 
211 aa  304  8e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.265005  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07092  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.67 
 
 
211 aa  303  1e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2606  pyridoxal 5'-phosphate synthase  65.73 
 
 
213 aa  299  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397088  normal  0.714763 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.22 
 
 
218 aa  292  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.13615  normal  0.054118 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0082  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  62.33 
 
 
216 aa  286  2e-76  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.332681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2060  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.09 
 
 
213 aa  280  8e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2477  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.85 
 
 
212 aa  278  4e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00062859  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0930  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.19 
 
 
212 aa  246  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.19 
 
 
212 aa  246  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02996  pyridoxine 5-phosphate oxidase  53.81 
 
 
212 aa  242  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.548346  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2258  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.8 
 
 
212 aa  240  9e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.182808  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1262  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.9 
 
 
212 aa  240  1e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3147  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.46 
 
 
213 aa  239  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0321619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.07 
 
 
211 aa  238  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29241  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.17 
 
 
222 aa  233  2e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.61 
 
 
229 aa  222  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1992  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.76 
 
 
213 aa  222  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8786  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.63 
 
 
231 aa  219  2e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.829271 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
213 aa  216  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.72 
 
 
211 aa  211  8e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.1 
 
 
214 aa  209  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0521  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.2 
 
 
214 aa  208  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  hitchhiker  0.00802215 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.57 
 
 
217 aa  205  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0443  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.61 
 
 
218 aa  204  8e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.732477  normal  0.141335 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.33 
 
 
211 aa  203  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.11 
 
 
214 aa  202  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1006  Pyridoxal 5'-phosphate synthase  46.33 
 
 
217 aa  202  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.1 
 
 
211 aa  202  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4168  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.26 
 
 
217 aa  200  1e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.48 
 
 
212 aa  200  2e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.34 
 
 
214 aa  198  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.95 
 
 
212 aa  198  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.42 
 
 
212 aa  197  8e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.14 
 
 
212 aa  197  1e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410968  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0116  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.04 
 
 
224 aa  196  2e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.37 
 
 
213 aa  195  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.58 
 
 
214 aa  194  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4707  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.7 
 
 
225 aa  192  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.01 
 
 
212 aa  192  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.02 
 
 
261 aa  192  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.97035 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0663  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.28 
 
 
211 aa  192  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.44 
 
 
265 aa  191  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.58 
 
 
213 aa  191  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.12 
 
 
214 aa  191  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.12 
 
 
214 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.62 
 
 
217 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.72 
 
 
214 aa  188  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.26 
 
 
213 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0734  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.37 
 
 
213 aa  188  5e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1018  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.92 
 
 
214 aa  188  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.912565  decreased coverage  3.90202e-05 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.19 
 
 
214 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1519  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.38 
 
 
214 aa  188  6e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000729179 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.19 
 
 
214 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.19 
 
 
214 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0248  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.19 
 
 
221 aa  187  7e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.6 
 
 
221 aa  187  8e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.32246  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11923  Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.99 
 
 
213 aa  187  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.227321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>