More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00454 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  100 
 
 
308 aa  633  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  100 
 
 
308 aa  633  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  633  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  99.68 
 
 
308 aa  632  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  99.68 
 
 
308 aa  631  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  99.68 
 
 
308 aa  630  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  99.68 
 
 
308 aa  630  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0438  DNA-binding transcriptional activator AllS  96.53 
 
 
317 aa  608  1e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0774203  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  86.36 
 
 
308 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  86.36 
 
 
308 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  86.36 
 
 
308 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  86.36 
 
 
308 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
310 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
310 aa  214  1e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  38.52 
 
 
310 aa  214  1e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
310 aa  214  1e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  38.52 
 
 
310 aa  214  1e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
310 aa  214  1e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
310 aa  214  2e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
309 aa  209  6e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.98647e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 
300 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  3.7985e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 
300 aa  180  3e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
300 aa  179  6e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
300 aa  179  6e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.82492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
300 aa  179  6e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.80359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
300 aa  179  6e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.14587e-07  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 
329 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.54279e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.23 
 
 
300 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.14 
 
 
300 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.22246e-08  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.97 
 
 
300 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.23 
 
 
300 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.0853e-05  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.87 
 
 
300 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.64 
 
 
300 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  5.33162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.87 
 
 
300 aa  169  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
300 aa  169  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.4 
 
 
300 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
299 aa  167  3e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  33.69 
 
 
298 aa  164  1e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
298 aa  164  1e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  33.69 
 
 
298 aa  164  1e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.55 
 
 
310 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.55 
 
 
310 aa  163  4e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.55 
 
 
310 aa  163  4e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.49858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.12761e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.64 
 
 
314 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  6.55137e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
300 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.45 
 
 
303 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.44024e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.98178e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.77256e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.54931e-08  normal  0.139857 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 
310 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  153  3e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  30.91 
 
 
310 aa  153  3e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.91 
 
 
310 aa  153  3e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.07553e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 
302 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  28.32 
 
 
300 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 
359 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
300 aa  148  1e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
306 aa  146  4e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
335 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
320 aa  145  7e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
297 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
297 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
342 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.18 
 
 
301 aa  142  1e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 
302 aa  141  2e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
306 aa  140  2e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
320 aa  140  2e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
297 aa  141  2e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  31.43 
 
 
297 aa  140  2e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
300 aa  140  2e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
306 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
297 aa  140  4e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.82 
 
 
300 aa  139  5e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 
300 aa  139  8e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 
297 aa  138  9e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
306 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
320 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
320 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 
306 aa  137  3e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
317 aa  137  3e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
297 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  31.54 
 
 
297 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
297 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
312 aa  135  1e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 
300 aa  134  2e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
297 aa  134  2e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
303 aa  134  2e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
297 aa  134  2e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
302 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 
300 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>