119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3524 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3524  photosynthetic reaction center subunit M  100 
 
 
330 aa  665  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157228  normal  0.60913 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0172  photosynthetic reaction center subunit M  82.32 
 
 
332 aa  546  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2059  photosynthetic reaction center subunit M  66.77 
 
 
321 aa  419  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281162 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3994  photosynthetic reaction center subunit M  65.36 
 
 
307 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0754193 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2737  photosynthetic reaction center subunit M  65.08 
 
 
325 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3704  photosynthetic reaction center subunit M  66.14 
 
 
326 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0965867  hitchhiker  0.00123144 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2859  photosynthetic reaction center subunit M  65.08 
 
 
325 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1717  photosynthetic reaction center subunit M  64.71 
 
 
307 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2964  photosynthetic reaction center subunit M  65.08 
 
 
325 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.459774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3749  photosynthetic reaction center subunit M  64.38 
 
 
307 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.201417  hitchhiker  0.0015702 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1604  photosynthetic reaction center subunit M  64.19 
 
 
323 aa  405  1e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.16429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2029  photosynthetic reaction center subunit M  66.78 
 
 
308 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.995154  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0256  photosynthetic reaction center subunit M  66.12 
 
 
308 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2811  photosynthetic reaction center subunit M  63.49 
 
 
326 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620792  normal  0.702385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1899  photosynthetic reaction center subunit M  66.12 
 
 
308 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489132  normal  0.475655 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6430  photosynthetic reaction center subunit M  63.84 
 
 
308 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.864095  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1300  photosynthetic reaction center subunit M  63.37 
 
 
306 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2974  photosynthetic reaction center subunit M  63.73 
 
 
306 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0940818  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1640  photosynthetic reaction center subunit M  47.13 
 
 
304 aa  236  5e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.761486  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3268  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  46.39 
 
 
643 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0578169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3754  bifunctional photosynthetic reaction center subunit L/M  42.39 
 
 
641 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0347506  hitchhiker  0.005487 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6431  photosynthetic reaction center subunit L  31.54 
 
 
281 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1605  photosynthetic reaction center subunit L  31.8 
 
 
276 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1299  photosynthetic reaction center subunit L  31.73 
 
 
277 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3995  photosynthetic reaction center subunit L  30.77 
 
 
277 aa  121  2e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.118346  normal  0.0163614 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3750  photosynthetic reaction center subunit L  29.96 
 
 
277 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279579  hitchhiker  0.00154675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1716  photosynthetic reaction center subunit L  30.36 
 
 
277 aa  120  5e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2975  photosynthetic reaction center subunit L  29.41 
 
 
276 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151561  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3523  photosynthetic reaction center subunit L  32.1 
 
 
279 aa  119  7e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382012  normal  0.348787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2812  photosynthetic reaction center subunit L  33.51 
 
 
274 aa  118  1e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314844  normal  0.517978 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1639  photosynthetic reaction center subunit L  30.92 
 
 
311 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2736  photosynthetic reaction center subunit L  30.29 
 
 
274 aa  116  4e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2963  photosynthetic reaction center subunit L  30.29 
 
 
274 aa  116  4e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.446815 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2058  photosynthetic reaction center subunit L  28.63 
 
 
274 aa  115  9e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167227 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2858  photosynthetic reaction center subunit L  29.88 
 
 
274 aa  113  4e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2030  photosynthetic reaction center subunit L  31.08 
 
 
282 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.693336 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1900  photosynthetic reaction center subunit L  31.28 
 
 
282 aa  111  1e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142793  normal  0.454885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0257  photosynthetic reaction center subunit L  31.28 
 
 
282 aa  111  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141859  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3703  photosynthetic reaction center subunit L  29.05 
 
 
274 aa  112  1e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0461593  hitchhiker  0.00115696 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0173  photosynthetic reaction center subunit L  29.79 
 
 
302 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0183  photosystem q(b) protein  24.66 
 
 
353 aa  60.1  5e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  9.80824e-06  normal  0.269801 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0182  photosystem q(b) protein  24.66 
 
 
353 aa  60.1  5e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  8.57268e-05  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1652  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
360 aa  60.1  5e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.390921  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1059  photosystem q(b) protein  24.88 
 
 
360 aa  59.7  7e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000514626 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4763  photosystem q(b) protein  24.66 
 
 
353 aa  59.7  7e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0578222 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0893  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
360 aa  59.3  8e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  2.40892e-10  decreased coverage  0.000169599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1389  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
360 aa  59.3  8e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  1.63699e-12  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1049  photosystem q(b) protein  26.03 
 
 
356 aa  59.3  9e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0115915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2293  photosystem q(b) protein  26.03 
 
 
356 aa  59.3  9e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1597  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.81 
 
 
360 aa  58.5  1e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  1.96706e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3553  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.81 
 
 
360 aa  58.5  1e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2460  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.81 
 
 
360 aa  58.5  1e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0169  photosystem q(b) protein  26.03 
 
 
356 aa  59.3  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0452427 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3216  photosystem q(b) protein  26.53 
 
 
354 aa  58.5  2e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2138  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.88 
 
 
360 aa  57.8  2e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2904  photosystem q(b) protein  26.53 
 
 
354 aa  58.5  2e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0943  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  26.34 
 
 
358 aa  56.6  5e-07  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1237  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  56.6  6e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1267  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  56.6  6e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  3.99793e-06  hitchhiker  0.00458282 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2041  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  56.6  6e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  2.21141e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2016  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
356 aa  56.6  6e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1498  photosystem q(b) protein  25.57 
 
 
360 aa  56.6  6e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  2.98258e-06  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0830  photosystem q(b) protein  24.31 
 
 
360 aa  56.6  6e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00028698  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0424  photosystem q(b) protein  27.04 
 
 
360 aa  55.8  9e-07  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1042  photosystem q(b) protein  24.1 
 
 
358 aa  54.7  2e-06  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18681  hypothetical protein  24.87 
 
 
358 aa  55.1  2e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.228862 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04091  photosystem II PsbA protein (D1)  24.87 
 
 
358 aa  55.1  2e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02461  photosystem II PsbA protein (D1)  24.41 
 
 
360 aa  53.9  3e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0579  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  26.86 
 
 
352 aa  54.3  3e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2974  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  26.86 
 
 
352 aa  54.3  3e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2987  photosystem q(b) protein  25.36 
 
 
360 aa  52.8  9e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.231871  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_13251  hypothetical protein  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.561783  normal  0.197158 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0735  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.166966  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1592  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.466002  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0558  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03031  hypothetical protein  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.235365  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15721  hypothetical protein  24.77 
 
 
360 aa  52.4  1e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.131507 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12521  hypothetical protein  24.77 
 
 
360 aa  51.6  2e-05  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02551  hypothetical protein  24.77 
 
 
360 aa  51.2  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02531  photosystem II PsbA protein (D1)  24.77 
 
 
360 aa  51.2  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02451  photosystem II PsbA protein (D1)  24.77 
 
 
360 aa  51.6  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02441  photosystem II PsbA protein (D1)  24.77 
 
 
360 aa  51.6  2e-05  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.729491  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0218  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  26.06 
 
 
352 aa  51.2  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2036  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  22.94 
 
 
359 aa  50.8  3e-05  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1817  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  22.94 
 
 
359 aa  50.8  3e-05  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1814  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  22.94 
 
 
359 aa  50.8  3e-05  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4121  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  25.41 
 
 
356 aa  50.8  3e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0216201 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2512  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  27.98 
 
 
351 aa  50.8  3e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  1.39889e-12  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5031  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  26.06 
 
 
352 aa  51.2  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1242  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  27.98 
 
 
351 aa  50.8  3e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.30805  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1583  photosystem II reaction centre protein PsbA/D1  22.82 
 
 
360 aa  50.4  4e-05  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  1.69219e-12  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3850  photosystem q(b) protein  23.83 
 
 
356 aa  50.4  4e-05  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3899  photosystem q(b) protein  23.4 
 
 
356 aa  50.1  5e-05  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0661393  normal  0.162734 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0307  photosystem q(b) protein  23.74 
 
 
359 aa  50.1  5e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0519  photosystem q(b) protein  23.74 
 
 
359 aa  50.1  5e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.528098  normal  0.681573 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0225  photosystem q(b) protein  24.32 
 
 
360 aa  50.1  6e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1144  photosystem q(b) protein  24.32 
 
 
360 aa  50.1  6e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1706  photosystem q(b) protein  22.6 
 
 
362 aa  49.7  7e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13247e-10 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16071  photosystem II PsbD protein (D2)  31.31 
 
 
358 aa  49.7  7e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0432746  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0767  photosystem II reaction centre protein PsbD/D2  31.31 
 
 
358 aa  49.7  7e-05  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>