More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2206 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
399 aa  824    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  69.74 
 
 
398 aa  565  1e-160  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  65.23 
 
 
395 aa  533  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  62.4 
 
 
399 aa  508  1e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  62.56 
 
 
398 aa  504  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 
401 aa  489  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  60.61 
 
 
399 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
398 aa  479  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  56.68 
 
 
403 aa  478  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  59.6 
 
 
408 aa  478  1e-133  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  58.51 
 
 
398 aa  477  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 
399 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 
402 aa  472  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000157826  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
403 aa  473  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  59.45 
 
 
399 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  59.95 
 
 
399 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  59.9 
 
 
399 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  57.89 
 
 
400 aa  472  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  59.38 
 
 
403 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  59.19 
 
 
399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  58.87 
 
 
400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 
404 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  61.28 
 
 
399 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 
403 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  56.82 
 
 
403 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  59.15 
 
 
403 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
403 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  58.9 
 
 
399 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 
399 aa  464  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  57.68 
 
 
399 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 
406 aa  458  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 
401 aa  458  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.000000345962  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  56.3 
 
 
413 aa  456  1e-127  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  56.57 
 
 
399 aa  457  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  56.35 
 
 
398 aa  455  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
399 aa  455  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000021558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  57.22 
 
 
398 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  55.78 
 
 
400 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0749  tyrosyl-tRNA synthetase  55.98 
 
 
397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000050083  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  56.96 
 
 
408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  56.96 
 
 
398 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 
399 aa  451  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  56.96 
 
 
398 aa  448  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  58.99 
 
 
407 aa  449  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  55.95 
 
 
399 aa  449  1e-125  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  55.39 
 
 
403 aa  448  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  56.89 
 
 
398 aa  451  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 
399 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  56.44 
 
 
398 aa  450  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  55.84 
 
 
403 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  57.22 
 
 
397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  54.75 
 
 
407 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0125  tyrosyl-tRNA synthetase  54.7 
 
 
418 aa  442  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000022394  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  56.19 
 
 
397 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  56.12 
 
 
398 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  55.36 
 
 
398 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 
400 aa  444  1e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  56.19 
 
 
397 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  56.63 
 
 
397 aa  444  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  54.75 
 
 
405 aa  444  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  55.41 
 
 
398 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  54.5 
 
 
404 aa  443  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  53.47 
 
 
432 aa  443  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  55.61 
 
 
398 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0300  tyrosyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139945  normal  0.0172609 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  55.05 
 
 
396 aa  441  9.999999999999999e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000135795  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  56.44 
 
 
397 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0142  tyrosyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 
418 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000366869  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  54.02 
 
 
414 aa  436  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 
407 aa  435  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2269  tyrosyl-tRNA synthetase  54.66 
 
 
403 aa  436  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414234 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  58.08 
 
 
399 aa  438  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 
396 aa  435  1e-121  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  54.62 
 
 
399 aa  434  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  56.35 
 
 
438 aa  434  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  55.08 
 
 
395 aa  430  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1970  tyrosyl-tRNA synthetase  54.8 
 
 
403 aa  431  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.362658  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  54.94 
 
 
395 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  52.04 
 
 
396 aa  427  1e-118  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  53.08 
 
 
401 aa  425  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  53.08 
 
 
401 aa  425  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0648  tyrosyl-tRNA synthetase  54.02 
 
 
402 aa  426  1e-118  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  51.89 
 
 
410 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1407  tyrosyl-tRNA synthetase  53.18 
 
 
401 aa  422  1e-117  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.24138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  53.27 
 
 
413 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  50.51 
 
 
401 aa  424  1e-117  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
435 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  53.92 
 
 
413 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0720  tyrosyl-tRNA synthetase  52.38 
 
 
399 aa  421  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.64955  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  53.27 
 
 
413 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0454  tyrosyl-tRNA synthetase  53.18 
 
 
401 aa  422  1e-117  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000282081  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  51.3 
 
 
395 aa  424  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1287  tyrosyl-tRNA synthetase  53.18 
 
 
401 aa  421  1e-117  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000394175  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  52.41 
 
 
410 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
413 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
413 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
401 aa  419  1e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  52.76 
 
 
413 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  52.15 
 
 
410 aa  420  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>