297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0063 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>