More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0360 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0360  thioredoxin  100 
 
 
109 aa  222  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2211  thioredoxin  60.38 
 
 
108 aa  146  9e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1625  thioredoxin  58.88 
 
 
108 aa  143  8e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1476  thioredoxin  62.14 
 
 
223 aa  141  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00459132  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3584  thioredoxin  55.56 
 
 
109 aa  133  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00016677  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1673  thioredoxin  51.38 
 
 
109 aa  132  2e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.172284  hitchhiker  0.000827642 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1708  thioredoxin  49.54 
 
 
110 aa  127  7e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00102285  normal  0.772138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  126  9e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0867  thioredoxin  54.46 
 
 
105 aa  125  1e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.800963  hitchhiker  0.0030343 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1150  thioredoxin  48.62 
 
 
109 aa  125  2e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  7.55865e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0180  thioredoxin  56.86 
 
 
115 aa  125  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  124  4e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3336  thioredoxin  50.48 
 
 
259 aa  124  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2309  thioredoxin  50 
 
 
108 aa  124  5e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  7.56824e-06  normal  0.11067 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  50.96 
 
 
120 aa  124  6e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  50 
 
 
108 aa  123  7e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31565  predicted protein  48.6 
 
 
123 aa  123  7e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  123  8e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  123  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1196  thioredoxin  49.54 
 
 
109 aa  123  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4105  thioredoxin  53.92 
 
 
109 aa  122  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.031473  normal  0.0324646 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  50.5 
 
 
148 aa  122  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  50.94 
 
 
108 aa  122  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  48.11 
 
 
108 aa  122  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1006  thioredoxin  51.96 
 
 
259 aa  122  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  52.48 
 
 
124 aa  122  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0813  thioredoxin  48.62 
 
 
109 aa  121  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0373  thioredoxin  56.19 
 
 
105 aa  122  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  121  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04950  thioredoxin  53.47 
 
 
105 aa  121  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3849  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  121  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  121  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  58.06 
 
 
106 aa  121  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  121  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  121  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  49.54 
 
 
108 aa  120  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1261  thioredoxin  48.62 
 
 
109 aa  121  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.262262  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3294  thioredoxin  53.92 
 
 
109 aa  121  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00620964  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  48.51 
 
 
107 aa  120  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_002936  DET0695  thioredoxin  49.04 
 
 
107 aa  120  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2496  thioredoxin  50.46 
 
 
109 aa  120  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.182202  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0661  thioredoxin  49.04 
 
 
107 aa  120  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0243  thioredoxin  46.79 
 
 
109 aa  120  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.122972  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1546  thioredoxin  47.71 
 
 
114 aa  120  7e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0162  thioredoxin  46.67 
 
 
104 aa  120  7e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1867  thioredoxin  51.43 
 
 
106 aa  120  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.115873  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1412  thioredoxin  49.52 
 
 
104 aa  119  9e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  50.94 
 
 
109 aa  120  9e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0183  thioredoxin  47.62 
 
 
104 aa  119  9e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0143  thioredoxin  47.62 
 
 
104 aa  119  9e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0175  thioredoxin  45.28 
 
 
108 aa  120  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  120  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  51.49 
 
 
107 aa  120  9e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0630  thioredoxin  50.51 
 
 
107 aa  119  1e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  7.62931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5927  thioredoxin  48.62 
 
 
110 aa  119  1e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  45.87 
 
 
109 aa  119  1e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  48.11 
 
 
108 aa  119  1e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  51.49 
 
 
107 aa  119  1e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4110  thioredoxin  48.11 
 
 
108 aa  118  2e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.465308  hitchhiker  7.24164e-05 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  45.87 
 
 
109 aa  118  2e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  2e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0363  thioredoxin  47.71 
 
 
109 aa  118  2e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.45924e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_599  thioredoxin  49.49 
 
 
107 aa  119  2e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.30429e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1456  thioredoxin  49.54 
 
 
109 aa  119  2e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  50 
 
 
108 aa  119  2e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  47.17 
 
 
108 aa  118  2e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0404  thioredoxin  48.62 
 
 
109 aa  118  2e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  1.90247e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0398  thioredoxin  48.11 
 
 
108 aa  118  2e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1359  thioredoxin  49.54 
 
 
109 aa  119  2e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2149  thioredoxin  49.5 
 
 
108 aa  118  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  47.71 
 
 
110 aa  118  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  47.52 
 
 
107 aa  118  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0922  thioredoxin  46.67 
 
 
108 aa  118  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  8.66569e-05 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  53.54 
 
 
107 aa  118  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3230  thioredoxin  45.87 
 
 
109 aa  118  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  9.30614e-09  normal  0.223494 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1837  thioredoxin  45.71 
 
 
110 aa  118  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3615  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  46.23 
 
 
109 aa  118  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0410  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  47.17 
 
 
108 aa  117  4e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4035  thioredoxin  45.28 
 
 
108 aa  117  5e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0966495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>