79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1410 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  100 
 
 
175 aa  354  4e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2554  Flavodoxin-like protein  31.71 
 
 
169 aa  99.4  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2108  flavodoxin-like protein  26.83 
 
 
167 aa  95.5  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0677138  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  30.36 
 
 
168 aa  94.4  7e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3245  flavodoxin-like protein  32.39 
 
 
176 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2314  flavodoxin-like  32.16 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0403811  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  30.23 
 
 
172 aa  88.2  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0168  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.74 
 
 
174 aa  85.9  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3023  flavodoxin  32.93 
 
 
170 aa  85.9  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2409  protoporphyrinogen oxidase  28.57 
 
 
181 aa  83.2  2e-15  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0136205  normal  0.0149961 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0573  protoporphyrinogen oxidase  30.81 
 
 
167 aa  80.9  8e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00307777 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  30.3 
 
 
215 aa  77.8  7e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1632  flavodoxin-like protein  27.38 
 
 
193 aa  76.3  2e-13  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138919  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29950  hypothetical protein  29.27 
 
 
164 aa  75.5  4e-13  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.641113 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4171  flavodoxin-like protein  30.43 
 
 
216 aa  75.5  4e-13  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1699  flavodoxin  27.27 
 
 
176 aa  71.6  5e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.35306  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2562  Flavodoxin-like protein  23.95 
 
 
179 aa  71.2  6e-12  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00340  flavodoxin  26.47 
 
 
164 aa  70.5  1e-11  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2438  Flavodoxin-like protein  29.41 
 
 
174 aa  67  1e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  7.94828e-07  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19080  flavodoxin  27.88 
 
 
159 aa  65.5  4e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  33.64 
 
 
160 aa  58.9  3e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3662  hypothetical protein  24.34 
 
 
140 aa  57.4  1e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.35074  normal  0.580287 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  28.09 
 
 
175 aa  55.5  3e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  21.74 
 
 
176 aa  55.1  5e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  24.43 
 
 
188 aa  54.3  9e-07  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  20.81 
 
 
180 aa  52.4  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  24.57 
 
 
176 aa  52.4  4e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  25.29 
 
 
184 aa  50.8  9e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  23.63 
 
 
184 aa  50.1  1e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  24.43 
 
 
184 aa  50.4  1e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  24.43 
 
 
184 aa  50.4  1e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.5966e-05  hitchhiker  9.9426e-07 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  21.39 
 
 
174 aa  49.7  2e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  24.43 
 
 
184 aa  50.1  2e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2375  flavodoxin  22.94 
 
 
173 aa  50.1  2e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.185264  normal  0.024568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  24.31 
 
 
183 aa  49.3  3e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  21.47 
 
 
179 aa  48.5  5e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  23.76 
 
 
183 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.81014e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  23.76 
 
 
183 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  23.91 
 
 
175 aa  48.1  7e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0855  hypothetical protein  37.8 
 
 
237 aa  47.8  9e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.110269  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  23.17 
 
 
174 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.80551e-05  hitchhiker  1.45429e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  23.17 
 
 
174 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.30188e-08  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  23.76 
 
 
183 aa  47.4  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  23.17 
 
 
174 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  6.64462e-06  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  25 
 
 
174 aa  47  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  21.84 
 
 
183 aa  45.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  21.26 
 
 
175 aa  45.4  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.41436e-05  normal  0.0811334 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.48526e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.11087e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  22.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  1.31743e-05  decreased coverage  2.39257e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  23.66 
 
 
175 aa  44.3  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  22.46 
 
 
181 aa  44.3  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.33684e-07  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  21.2 
 
 
175 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.62535e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  19.08 
 
 
174 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  21.23 
 
 
175 aa  43.5  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  25.3 
 
 
173 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  19.08 
 
 
174 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  1.79508e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  23.16 
 
 
179 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  29.41 
 
 
173 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  20.97 
 
 
175 aa  42.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  18.23 
 
 
173 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0185  hypothetical protein  23.35 
 
 
335 aa  42.4  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.533354  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  22.89 
 
 
173 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  19.08 
 
 
174 aa  42.4  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  19.08 
 
 
174 aa  41.6  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1177  flavodoxin family protein  23.96 
 
 
167 aa  42  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.392318  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  25.5 
 
 
174 aa  41.6  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  23.16 
 
 
179 aa  42  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  20.57 
 
 
173 aa  42  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  23.53 
 
 
170 aa  41.6  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  8.38772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  18.23 
 
 
173 aa  41.6  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  22.22 
 
 
177 aa  41.2  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.32863e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  29.41 
 
 
173 aa  41.2  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  22.22 
 
 
177 aa  41.2  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.7226e-07  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  22.22 
 
 
177 aa  41.2  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  3.39774e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  18.75 
 
 
178 aa  40.8  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>