104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4072 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  100 
 
 		 176 aa  369  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  64.57 
 
 		 175 aa  249  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  61.71 
 
 		 175 aa  231  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  55.49 
 
 		 176 aa  226  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  59.17 
 
 		 174 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  59.17 
 
 		 174 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  58.58 
 
 		 174 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0025  protoporphyrinogen oxidase  56.9 
 
 		 175 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00857411 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  57.99 
 
 		 174 aa  217  7e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  0.00000179508 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  55.88 
 
 		 175 aa  216  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000262535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  54.6 
 
 		 175 aa  215  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  58.68 
 
 		 174 aa  214  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000530188  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  58.68 
 
 		 174 aa  214  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000664462  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  58.68 
 
 		 174 aa  214  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000780551  hitchhiker  0.000000145429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  56.32 
 
 		 175 aa  214  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0141  Protoporphyrinogen oxidase  56.47 
 
 		 173 aa  213  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  56.89 
 
 		 174 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  57.4 
 
 		 175 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  53.8 
 
 		 174 aa  203  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0036  protoporphyrinogen oxidase  55.62 
 
 		 177 aa  200  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0813  protoporphyrinogen oxidase  52.3 
 
 		 173 aa  190  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  50 
 
 		 173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  47.09 
 
 		 173 aa  181  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  48.57 
 
 		 178 aa  180  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  46.51 
 
 		 173 aa  179  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0973  protoporphyrinogen oxidase  48.84 
 
 		 173 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.705197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  48.84 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3400  protoporphyrinogen oxidase  48.84 
 
 		 173 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  46.51 
 
 		 173 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  45.93 
 
 		 173 aa  177  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0793  protoporphyrinogen oxidase  49.12 
 
 		 173 aa  177  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  47.09 
 
 		 173 aa  175  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0673  protoporphyrinogen oxidase  50 
 
 		 177 aa  174  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  42.94 
 
 		 179 aa  173  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  48.54 
 
 		 175 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0025  protoporphyrinogen oxidase  41.86 
 
 		 177 aa  170  9e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  46.24 
 
 		 180 aa  169  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  43.68 
 
 		 179 aa  168  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 179 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09631  putative protoporphyrinogen oxidase  40.23 
 
 		 178 aa  162  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0266  protoporphyrinogen oxidase  47.02 
 
 		 177 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0106275  normal  0.013044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4230  protoporphyrinogen oxidase  47.62 
 
 		 179 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0023265  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  44.64 
 
 		 177 aa  159  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  44.64 
 
 		 177 aa  159  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000017226  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  44.64 
 
 		 177 aa  159  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000339774  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4040  protoporphyrinogen oxidase  47.62 
 
 		 179 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00450028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3720  hypothetical protein  54.33 
 
 		 141 aa  158  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  44.12 
 
 		 183 aa  158  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3743  protoporphyrinogen oxidase  47.62 
 
 		 179 aa  157  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000514113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  42.94 
 
 		 184 aa  157  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  42.94 
 
 		 184 aa  157  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000025966  hitchhiker  0.00000099426 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000133684  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3897  protoporphyrinogen oxidase  46.43 
 
 		 179 aa  156  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0092686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000348526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000131743  decreased coverage  0.00000239257 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000241436  normal  0.0811334 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  41.62 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4320  protoporphyrinogen oxidase  41.04 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000364139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4266  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000166727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4313  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000309624  normal  0.107941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4217  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000339833  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4373  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000903845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 183 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4194  protoporphyrinogen oxidase  41.62 
 
 		 181 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000219448  normal  0.630031 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 183 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000181014 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4369  protoporphyrinogen oxidase  41.04 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000843735  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  42.94 
 
 		 184 aa  154  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  41.24 
 
 		 184 aa  154  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  44.58 
 
 		 170 aa  151  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838772  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0019  protoporphyrinogen oxidase  39.43 
 
 		 181 aa  151  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827877  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  41.81 
 
 		 184 aa  151  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2537  protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 		 174 aa  147  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000581009  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2977  protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 174 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0198  protoporphyrinogen oxidase  41.07 
 
 		 173 aa  142  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00463  protoporphyrinogen oxidase  39.55 
 
 		 175 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001985  protoporphyrinogen IX oxidase oxygen-independent HemG  39.55 
 
 		 175 aa  138  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000384734  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4324  protoporphyrinogen oxidase  35.29 
 
 		 190 aa  124  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  33.92 
 
 		 188 aa  117  7.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3403  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.35 
 
 		 193 aa  111  7.000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.200863  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3336  protoporphyrinogen oxidase  31.58 
 
 		 178 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4255  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.76 
 
 		 197 aa  101  5e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  30.41 
 
 		 174 aa  98.6  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  27.06 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  29.48 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4171  flavodoxin-like protein  26.71 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  26.9 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0168  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.01 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  21.74 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  23.33 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00340  flavodoxin  25 
 
 		 164 aa  50.8  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2562  Flavodoxin-like protein  20.59 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2554  Flavodoxin-like protein  21.08 
 
 		 169 aa  45.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1951  flavodoxin  32.76 
 
 		 148 aa  45.1  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000425319  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0880  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.71 
 
 		 158 aa  45.1  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0573  protoporphyrinogen oxidase  25.36 
 
 		 167 aa  44.7  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307777 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1261  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.22 
 
 		 160 aa  42  0.004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.46399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>