101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0027 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  100 
 
 
184 aa  381  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  95.11 
 
 
184 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  95.11 
 
 
184 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  95.11 
 
 
184 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000025966  hitchhiker  0.00000099426 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  90 
 
 
183 aa  342  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  90 
 
 
183 aa  342  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000181014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  89.44 
 
 
184 aa  340  5.999999999999999e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  89.44 
 
 
183 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  88.89 
 
 
183 aa  337  5e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  66.48 
 
 
179 aa  269  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0019  protoporphyrinogen oxidase  69.44 
 
 
181 aa  268  2.9999999999999997e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827877  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  65.92 
 
 
179 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  65.92 
 
 
179 aa  258  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0025  protoporphyrinogen oxidase  68.36 
 
 
177 aa  256  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109828  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  65.32 
 
 
183 aa  246  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  43.27 
 
 
175 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
177 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
177 aa  157  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000017226  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  42.29 
 
 
177 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000339774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 
180 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  42.11 
 
 
175 aa  152  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000262535  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000133684  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4320  protoporphyrinogen oxidase  38.64 
 
 
181 aa  151  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000364139  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000348526  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  41.81 
 
 
176 aa  151  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4369  protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000843735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000131743  decreased coverage  0.00000239257 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000241436  normal  0.0811334 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  38.42 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4266  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
181 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000166727  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4313  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
181 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000309624  normal  0.107941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4217  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
181 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000339833  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4373  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
181 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000903845  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4194  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 
181 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000219448  normal  0.630031 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0141  Protoporphyrinogen oxidase  41.04 
 
 
173 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0266  protoporphyrinogen oxidase  39.66 
 
 
177 aa  147  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0106275  normal  0.013044 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  41.52 
 
 
175 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  41.95 
 
 
176 aa  145  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0036  protoporphyrinogen oxidase  44.19 
 
 
177 aa  144  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  40.12 
 
 
174 aa  143  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  0.00000179508 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4040  protoporphyrinogen oxidase  40.91 
 
 
179 aa  143  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00450028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  41.71 
 
 
174 aa  142  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4230  protoporphyrinogen oxidase  40.91 
 
 
179 aa  142  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0023265  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2977  protoporphyrinogen oxidase  40.7 
 
 
174 aa  141  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00463  protoporphyrinogen oxidase  40.22 
 
 
175 aa  141  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3743  protoporphyrinogen oxidase  42.05 
 
 
179 aa  141  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000514113  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  41.14 
 
 
174 aa  141  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 
174 aa  140  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000780551  hitchhiker  0.000000145429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 
174 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000530188  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 
174 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000664462  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0025  protoporphyrinogen oxidase  38.98 
 
 
175 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00857411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  41.52 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  41.14 
 
 
174 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3897  protoporphyrinogen oxidase  41.57 
 
 
179 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0092686  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  41.14 
 
 
174 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  40.83 
 
 
174 aa  139  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001985  protoporphyrinogen IX oxidase oxygen-independent HemG  39.11 
 
 
175 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000384734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0973  protoporphyrinogen oxidase  36.78 
 
 
173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.705197  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  38.86 
 
 
175 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  37.36 
 
 
173 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  36.78 
 
 
173 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  38.6 
 
 
175 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  35.67 
 
 
173 aa  132  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  35.09 
 
 
173 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  35.06 
 
 
173 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3400  protoporphyrinogen oxidase  36.78 
 
 
173 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0673  protoporphyrinogen oxidase  37.02 
 
 
177 aa  131  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  34.48 
 
 
173 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  39.39 
 
 
170 aa  130  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838772  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2537  protoporphyrinogen oxidase  35.63 
 
 
174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000581009  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0198  protoporphyrinogen oxidase  40.57 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09631  putative protoporphyrinogen oxidase  38.32 
 
 
178 aa  127  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0813  protoporphyrinogen oxidase  34.29 
 
 
173 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  35.59 
 
 
173 aa  125  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  35.03 
 
 
178 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0793  protoporphyrinogen oxidase  35.03 
 
 
173 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  36.72 
 
 
175 aa  117  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3720  hypothetical protein  36.59 
 
 
141 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4324  protoporphyrinogen oxidase  30.56 
 
 
190 aa  101  6e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  28.18 
 
 
188 aa  93.6  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3336  protoporphyrinogen oxidase  29.67 
 
 
178 aa  83.6  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4255  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.9 
 
 
197 aa  81.6  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3403  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.67 
 
 
193 aa  80.5  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.200863  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  30.9 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  28.02 
 
 
172 aa  72  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4171  flavodoxin-like protein  28.82 
 
 
216 aa  71.6  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  29.07 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  24.34 
 
 
160 aa  58.2  0.00000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  26.01 
 
 
215 aa  57.8  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  25.29 
 
 
175 aa  50.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00340  flavodoxin  23.73 
 
 
164 aa  50.4  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2554  Flavodoxin-like protein  21.84 
 
 
169 aa  50.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0168  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.44 
 
 
174 aa  50.1  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0880  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.49 
 
 
158 aa  46.2  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1699  flavodoxin  25.14 
 
 
176 aa  44.7  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.35306  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1261  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.76 
 
 
160 aa  44.3  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.46399  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1384  TrpR binding protein WrbA  30.11 
 
 
200 aa  42.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.106085  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3669  TrpR binding protein WrbA  29.03 
 
 
199 aa  41.6  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.196893 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>