111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0490 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0490  hypothetical protein  100 
 
 
125 aa  253  6e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1064  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  49 
 
 
101 aa  97.1  7e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0519  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.46 
 
 
97 aa  92  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000291454  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  34.65 
 
 
102 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.66 
 
 
102 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.66 
 
 
102 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.38 
 
 
96 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909068  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2975  putative H-NS-like transcription regulator  40 
 
 
96 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.13 
 
 
103 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3279  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.86 
 
 
97 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0515948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  27.88 
 
 
102 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1239  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000958752  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2207  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000144624  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1551  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000358636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1739  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000443719  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3002  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2886  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000145694  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0401  H-NS histone family protein  37.65 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000304691  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3806  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40 
 
 
100 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0101066  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  27.88 
 
 
102 aa  54.3  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0132  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  36.84 
 
 
99 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.03 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0365  H-NS histone family protein  36.47 
 
 
96 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000040716  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  31.82 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.83 
 
 
121 aa  51.6  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.167387  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4578  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  25.86 
 
 
121 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1570  H-NS histone family protein  31.5 
 
 
173 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4285  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.93 
 
 
97 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2060  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.29 
 
 
91 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1136  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.85 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00265311  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5335  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  35.05 
 
 
101 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5527  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.05 
 
 
101 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.645148  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1506  H-NS histone family protein  32.74 
 
 
108 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000220305  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0098  H-NS histone family protein  32.74 
 
 
108 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.00000000000000405362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0079  H-NS histone family protein  32.74 
 
 
108 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.0000151227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4746  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.05 
 
 
101 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587516  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0116  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.79 
 
 
100 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0068  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
99 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.00000000181219  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1225  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
99 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000571024  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7403  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.25 
 
 
96 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.11 
 
 
121 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6596  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.08 
 
 
96 aa  47.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540075  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4321  putative HNS-like transcriptional regulator  34.09 
 
 
100 aa  47.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3984  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  27.35 
 
 
117 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49889  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6922  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.09 
 
 
100 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3165  putative HNS-like transcription regulator protein  27.93 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00480481 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.29 
 
 
97 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0398  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.95 
 
 
100 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4850  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.08 
 
 
98 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2158  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.46 
 
 
96 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232102  normal  0.811955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5397  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.08 
 
 
98 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.48701  normal  0.976542 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5922  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.16 
 
 
102 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.997127  normal  0.678214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  26.83 
 
 
123 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.698098  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6191  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.16 
 
 
102 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5767  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.61 
 
 
99 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6755  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.32 
 
 
113 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.13631  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2867  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0084  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0112  HNS-like transcriptional regulator  33.33 
 
 
100 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000994611  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3442  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1677  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3862  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3943  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3109  H-NS histone family protein  33.33 
 
 
98 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6182  hypothetical protein  29.81 
 
 
159 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633203  normal  0.361807 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6929  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.11 
 
 
99 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.599841  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1986  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  26.53 
 
 
105 aa  43.9  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000114439  normal  0.0153833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3822  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.18 
 
 
100 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000137841  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0048  H-NS histone family protein  30.77 
 
 
125 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6900  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.55 
 
 
110 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.83 
 
 
114 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3493  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.46 
 
 
113 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.572012  normal  0.600215 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1024  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.58 
 
 
105 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0737742  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3721  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.48 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00112888  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4798  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.48 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272454  normal  0.166506 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6382  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.39 
 
 
99 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193522  normal  0.0275568 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  44.44 
 
 
131 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7449  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  35.87 
 
 
99 aa  41.6  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  26.61 
 
 
123 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1150  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  24.44 
 
 
99 aa  41.6  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6084  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.39 
 
 
99 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78955  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6382  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  27.78 
 
 
589 aa  41.6  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.493779  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0099  H-NS histone family protein  31.52 
 
 
101 aa  41.2  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2905  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6005  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  27.68 
 
 
103 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3155  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.52 
 
 
105 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1598  nucleoid protein H-NS  26.67 
 
 
117 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3404  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.237819  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1636  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.741416  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3827  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3909  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2965  H-NS histone family protein  30 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0838  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.56 
 
 
94 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.7 
 
 
132 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112117  normal  0.570223 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2290  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.28 
 
 
112 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3154  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  31.18 
 
 
100 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5214  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.18 
 
 
100 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5060  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.18 
 
 
100 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6777  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.94 
 
 
99 aa  40.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>