More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1171 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  100 
 
 		 410 aa  828    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  96.59 
 
 		 410 aa  804    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0918  histidine kinase  35.75 
 
 		 443 aa  279  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  34.71 
 
 		 414 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4086  signal transduction histidine kinase, LytS  34.65 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1959  histidine kinase  34.66 
 
 		 414 aa  252  7e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  32.59 
 
 		 607 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.93 
 
 		 502 aa  176  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0852  putative sensor with HAMP domain  40.64 
 
 		 610 aa  159  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  34.48 
 
 		 603 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  36.21 
 
 		 576 aa  155  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3263  histidine kinase internal region  28.76 
 
 		 397 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2122  histidine kinase internal region  36.61 
 
 		 516 aa  154  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.190674  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  38.43 
 
 		 578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0495  histidine kinase internal region  37.9 
 
 		 604 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2857  ATP-binding region, ATPase-like  34.56 
 
 		 363 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0069  signal transduction histidine kinase, LytS  33.09 
 
 		 400 aa  146  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0746502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0103  signal transduction histidine kinase, LytS  40.1 
 
 		 495 aa  146  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5281  signal transduction histidine kinase, LytS  31.8 
 
 		 391 aa  146  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.119621  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  37.25 
 
 		 426 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  28.86 
 
 		 394 aa  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  30.42 
 
 		 465 aa  145  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3306  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 		 483 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2171  ATP-binding region, ATPase-like  36.65 
 
 		 455 aa  143  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346246  normal  0.0306612 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  38.42 
 
 		 450 aa  143  6e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1376  signal transduction histidine kinase, LytS  32.31 
 
 		 405 aa  143  6e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6326  signal transduction histidine kinase, LytS  31.38 
 
 		 398 aa  143  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.521722 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  34.65 
 
 		 580 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1394  signal transduction histidine kinase, LytS  30.77 
 
 		 393 aa  142  8e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000264266 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0700  histidine kinase internal region  31.71 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  32.02 
 
 		 576 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2144  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0137321  normal  0.176351 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2551  signal transduction histidine kinase, LytS  36.79 
 
 		 600 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3173  signal transduction histidine kinase, LytS  30.4 
 
 		 411 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0466454  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  34.71 
 
 		 572 aa  139  6e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3292  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 388 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4050  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4125  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.489404  normal  0.628392 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4559  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 409 aa  139  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646655 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4279  signal transduction histidine kinase, LytS  32.47 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2134  signal transduction histidine kinase LytS  32.59 
 
 		 394 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.775402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0358  histidine kinase internal region  30.13 
 
 		 374 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0064  signal transduction histidine kinase, LytS  32.6 
 
 		 428 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0148  putative sensor with HAMP domain  36.82 
 
 		 594 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  32.13 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  35.34 
 
 		 566 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3378  signal transduction histidine kinase, LytS  29.78 
 
 		 394 aa  138  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2114  putative sensor with HAMP domain  34.43 
 
 		 627 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.28006  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4493  histidine kinase internal region  27.27 
 
 		 408 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555212  normal  0.320157 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2453  histidine kinase  37.86 
 
 		 612 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000429093  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2185  signal transduction histidine kinase, LytS  37.25 
 
 		 831 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1582  signal transduction histidine kinase, LytS  34.8 
 
 		 498 aa  137  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0045193  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2056  putative sensor with HAMP domain  36.49 
 
 		 587 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  33.91 
 
 		 581 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5007  signal transduction histidine kinase, LytS  26.76 
 
 		 408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131071  decreased coverage  0.00000540633 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2761  signal transduction histidine kinase, LytS  29.36 
 
 		 394 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  34.53 
 
 		 567 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1329  signal transduction histidine kinase LytS  28.89 
 
 		 432 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.268235  normal  0.0194209 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1878  signal transduction histidine kinase, LytS  33.77 
 
 		 581 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.770711  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2719  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.23 
 
 		 576 aa  132  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3774  signal transduction histidine kinase, LytS  35.12 
 
 		 446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.469079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0578  histidine kinase internal region  36.62 
 
 		 604 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  32.02 
 
 		 557 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0526  histidine kinase internal region  33.81 
 
 		 594 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  32 
 
 		 357 aa  129  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  33.8 
 
 		 568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  32.08 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1137  putative sensor with HAMP domain  33.33 
 
 		 597 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4305  signal transduction histidine kinase, LytS  36.84 
 
 		 654 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.119677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  35.92 
 
 		 358 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 		 446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2008  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 585 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4128  signal transduction histidine kinase, LytS  34.34 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3281  signal transduction histidine kinase, LytS  34.88 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  34.68 
 
 		 342 aa  126  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  32.57 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2958  signal transduction histidine kinase, LytS  32.34 
 
 		 568 aa  126  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.177996  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01150  putative regulator of cell autolysis  33.19 
 
 		 440 aa  125  1e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4590  putative sensor with HAMP domain  32.35 
 
 		 577 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  32.75 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  33.33 
 
 		 565 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 565 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  33.33 
 
 		 565 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  31.44 
 
 		 563 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0599  putative sensor with HAMP domain  35.89 
 
 		 623 aa  124  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.396658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  32.61 
 
 		 566 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1585  signal transduction histidine kinase, LytS  35.38 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2252  histidine kinase internal region  32.68 
 
 		 569 aa  124  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  30.57 
 
 		 561 aa  123  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>