More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1409 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5145  citrate synthase I  80.42 
 
 
429 aa  733  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.0251581 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1708  type II citrate synthase  76.17 
 
 
433 aa  711  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.693797  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3091  citrate synthase I  70.14 
 
 
428 aa  649  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2843  type II citrate synthase  78.01 
 
 
434 aa  726  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.433784  normal  0.36225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  70.45 
 
 
433 aa  649  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1134  type II citrate synthase  70.21 
 
 
432 aa  647  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.066915  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2450  type II citrate synthase  77.78 
 
 
434 aa  718  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1731  citrate synthase I  70.33 
 
 
439 aa  639  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1841  citrate synthase  69.1 
 
 
430 aa  645  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.040491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4502  type II citrate synthase  78.27 
 
 
434 aa  728  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  71.33 
 
 
428 aa  657  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  81.35 
 
 
435 aa  754  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  78.09 
 
 
429 aa  729  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0665  type II citrate synthase  69.5 
 
 
433 aa  640  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170997  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1600  citrate synthase  73.38 
 
 
433 aa  661  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  73.86 
 
 
427 aa  667  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  78.79 
 
 
429 aa  728  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1132  citrate synthase  71.93 
 
 
431 aa  667  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0829  citrate synthase I  72.68 
 
 
427 aa  655  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292623  hitchhiker  0.00485559 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4428  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  639  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0599  type II citrate synthase  76.43 
 
 
430 aa  710  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.281651  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1626  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00616613  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  84.38 
 
 
429 aa  776  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1524  citrate synthase I  81.35 
 
 
430 aa  747  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802094  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3716  citrate synthase I  70.48 
 
 
430 aa  646  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.364105  normal  0.0570227 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  79.02 
 
 
429 aa  733  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0058  citrate synthase I  69.65 
 
 
432 aa  644  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00358332  normal  0.0142462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3316  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  640  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229262  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1395  citrate synthase  72.64 
 
 
434 aa  670  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.322092  normal  0.0167868 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1834  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0219356  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0704  citrate synthase I  69.91 
 
 
428 aa  647  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  76.92 
 
 
429 aa  720  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  80.42 
 
 
429 aa  749  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2467  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00536833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2329  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0504  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405584  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  80.42 
 
 
430 aa  748  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3253  type II citrate synthase  77.54 
 
 
434 aa  721  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2813  type II citrate synthase  80.38 
 
 
434 aa  739  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1806  citrate synthase  69.58 
 
 
430 aa  638  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218068 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5205  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  640  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237518  normal  0.311757 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4366  type II citrate synthase  69.98 
 
 
433 aa  647  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1744  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.676143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  100 
 
 
429 aa  892  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3939  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  639  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  81.35 
 
 
430 aa  753  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4643  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  635  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4680  citrate synthase I  80.42 
 
 
446 aa  734  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3832  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  640  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.418606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2787  citrate synthase I  69.03 
 
 
426 aa  635  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.420339  normal  0.059507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2023  citrate synthase I  79.2 
 
 
429 aa  724  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  80.65 
 
 
430 aa  741  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3589  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  639  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5525  type II citrate synthase  70.45 
 
 
432 aa  650  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615237  normal  0.487627 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1994  citrate synthase  69.91 
 
 
428 aa  646  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.189666  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0788  type II citrate synthase  68.79 
 
 
433 aa  637  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0858919  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  81.97 
 
 
436 aa  749  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6851  type II citrate synthase  70.21 
 
 
433 aa  647  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.622921 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  77.07 
 
 
438 aa  713  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1845  type II citrate synthase  77.34 
 
 
433 aa  726  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.273477  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2147  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  639  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.787035  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  79.95 
 
 
429 aa  734  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2320  type II citrate synthase  69.27 
 
 
433 aa  632  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1422  type II citrate synthase  70.1 
 
 
428 aa  634  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  6.89188e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6352  type II citrate synthase  69.95 
 
 
433 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645718  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2481  type II citrate synthase  69.03 
 
 
433 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523496  normal  0.0627534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3517  type II citrate synthase  70.7 
 
 
429 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2194  citrate synthase I  69.73 
 
 
429 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1149  citrate synthase I  67.61 
 
 
424 aa  624  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1425  type II citrate synthase  69.25 
 
 
436 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0858  citrate synthase I  69.49 
 
 
433 aa  627  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1660  type II citrate synthase  69.49 
 
 
429 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1609  type II citrate synthase  69.25 
 
 
429 aa  621  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004117  citrate synthase (si)  68.77 
 
 
429 aa  621  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2508  type II citrate synthase  70.94 
 
 
436 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.636436  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4194  type II citrate synthase  69.49 
 
 
429 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0867349  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3765  type II citrate synthase  69.49 
 
 
429 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0679988  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2004  type II citrate synthase  69.49 
 
 
429 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719341  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29820  type II citrate synthase  69.01 
 
 
427 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1678  type II citrate synthase  68.52 
 
 
431 aa  622  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0407476  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2545  citrate synthase I  66.19 
 
 
431 aa  619  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0841  type II citrate synthase  68.36 
 
 
429 aa  619  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01350  type II citrate synthase  68.52 
 
 
429 aa  620  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1705  type II citrate synthase  70.57 
 
 
428 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00232802  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0061  citrate synthase  63.81 
 
 
430 aa  614  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0890712  normal  0.301769 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2513  type II citrate synthase  71.05 
 
 
428 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.56312e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3694  type II citrate synthase  68.77 
 
 
428 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1926  type II citrate synthase  70.33 
 
 
428 aa  614  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1705  type II citrate synthase  70.81 
 
 
428 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0861056  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2274  type II citrate synthase  70.81 
 
 
428 aa  616  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.58341e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44070  type II citrate synthase  68.77 
 
 
428 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1831  type II citrate synthase  71.05 
 
 
428 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.79965e-06  normal  0.249033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2633  type II citrate synthase  71.05 
 
 
428 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000579193  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2520  type II citrate synthase  71.05 
 
 
428 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0560239  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1630  type II citrate synthase  70.81 
 
 
428 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.01465  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2819  type II citrate synthase  68.6 
 
 
428 aa  612  1e-174  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0484944  normal  0.528181 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2146  type II citrate synthase  67.38 
 
 
433 aa  613  1e-174  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2798  type II citrate synthase  67.37 
 
 
436 aa  612  1e-174  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.242965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2288  type II citrate synthase  67.37 
 
 
436 aa  612  1e-174  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1822  type II citrate synthase  67.38 
 
 
433 aa  613  1e-174  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0907648  normal  0.724589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>