More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1132 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4502  type II citrate synthase  69.95 
 
 		 434 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  75 
 
 		 430 aa  696    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0599  type II citrate synthase  70.02 
 
 		 430 aa  662    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.281651  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2023  citrate synthase I  70.75 
 
 		 429 aa  663    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1845  type II citrate synthase  69.39 
 
 		 433 aa  658    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.273477  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1994  citrate synthase  80.75 
 
 		 428 aa  744    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.189666  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  74.88 
 
 		 435 aa  697    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  73.36 
 
 		 429 aa  680    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0704  citrate synthase I  80.99 
 
 		 428 aa  746    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  71.93 
 
 		 429 aa  667    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2813  type II citrate synthase  71.16 
 
 		 434 aa  668    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  71.69 
 
 		 428 aa  659    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3091  citrate synthase I  81.22 
 
 		 428 aa  750    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1841  citrate synthase  81.67 
 
 		 430 aa  748    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.040491 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  72.17 
 
 		 430 aa  666    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6851  type II citrate synthase  68.14 
 
 		 433 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.622921 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2450  type II citrate synthase  71.4 
 
 		 434 aa  668    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  68.14 
 
 		 433 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  71.96 
 
 		 429 aa  674    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2843  type II citrate synthase  70.23 
 
 		 434 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.433784  normal  0.36225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  71.26 
 
 		 429 aa  645    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1708  type II citrate synthase  69.39 
 
 		 433 aa  650    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.693797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1806  citrate synthase  86.18 
 
 		 430 aa  769    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.218068 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  71.96 
 
 		 429 aa  676    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1132  citrate synthase  100 
 
 		 431 aa  903    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0829  citrate synthase I  70.07 
 
 		 427 aa  646    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.292623  hitchhiker  0.00485559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  73.41 
 
 		 438 aa  681    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  72.2 
 
 		 429 aa  676    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  75.06 
 
 		 429 aa  691    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4680  citrate synthase I  70.77 
 
 		 446 aa  640    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  72.94 
 
 		 429 aa  672    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5145  citrate synthase I  70.77 
 
 		 429 aa  641    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.0251581 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1395  citrate synthase  69.65 
 
 		 434 aa  659    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.322092  normal  0.0167868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  74.53 
 
 		 430 aa  692    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3253  type II citrate synthase  70.23 
 
 		 434 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1524  citrate synthase I  71.93 
 
 		 430 aa  665    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802094  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3716  citrate synthase I  84.04 
 
 		 430 aa  764    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.364105  normal  0.0570227 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  71.29 
 
 		 427 aa  662    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  73.71 
 
 		 436 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1600  citrate synthase  68.13 
 
 		 433 aa  634  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1134  type II citrate synthase  67.44 
 
 		 432 aa  632  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.066915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5205  type II citrate synthase  68.79 
 
 		 433 aa  631  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237518  normal  0.311757 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1422  type II citrate synthase  71.06 
 
 		 428 aa  632  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000689188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1626  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00616613  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1744  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.676143  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0504  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2329  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0788  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0858919  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2147  type II citrate synthase  68.56 
 
 		 433 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.787035  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2467  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00536833  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3589  type II citrate synthase  68.56 
 
 		 433 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0665  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170997  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004117  citrate synthase (si)  68.85 
 
 		 429 aa  628  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4428  type II citrate synthase  68.56 
 
 		 433 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1834  type II citrate synthase  67.67 
 
 		 433 aa  627  1e-179  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0219356  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3832  type II citrate synthase  67.21 
 
 		 433 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418606 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3939  type II citrate synthase  68.56 
 
 		 433 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01870  Citrate synthase  69.58 
 
 		 425 aa  628  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1678  type II citrate synthase  67.59 
 
 		 431 aa  628  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0407476  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01350  type II citrate synthase  68.62 
 
 		 429 aa  628  1e-179  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5525  type II citrate synthase  66.74 
 
 		 432 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615237  normal  0.487627 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4643  type II citrate synthase  68.09 
 
 		 433 aa  626  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1660  type II citrate synthase  68.62 
 
 		 429 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3316  type II citrate synthase  66.98 
 
 		 433 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229262  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4194  type II citrate synthase  68.38 
 
 		 429 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0867349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3765  type II citrate synthase  68.38 
 
 		 429 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0679988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2004  type II citrate synthase  68.62 
 
 		 429 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719341  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1609  type II citrate synthase  69.09 
 
 		 429 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4366  type II citrate synthase  66.98 
 
 		 433 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1794  citrate synthase I  68.53 
 
 		 426 aa  621  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000880013  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29820  type II citrate synthase  68.85 
 
 		 427 aa  623  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1262  type II citrate synthase  68.16 
 
 		 430 aa  617  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.728692  normal  0.31118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3694  type II citrate synthase  68.62 
 
 		 428 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2194  citrate synthase I  68.15 
 
 		 429 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3517  type II citrate synthase  68.15 
 
 		 429 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44070  type II citrate synthase  68.62 
 
 		 428 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0058  citrate synthase I  66.13 
 
 		 432 aa  615  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00358332  normal  0.0142462 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2320  type II citrate synthase  66.74 
 
 		 433 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2919  type II citrate synthase  69.6 
 
 		 428 aa  615  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2545  citrate synthase I  66.12 
 
 		 431 aa  615  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00680  citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2916  citrate synthase I  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349648  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0768  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2886  type II citrate synthase  68.1 
 
 		 426 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000035086  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2787  citrate synthase I  66.82 
 
 		 426 aa  613  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.420339  normal  0.059507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2214  citrate synthase I  67.06 
 
 		 428 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.525644  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1926  type II citrate synthase  71.53 
 
 		 428 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0764  type II citrate synthase  67.84 
 
 		 427 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0810  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.659455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6352  type II citrate synthase  67.14 
 
 		 433 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2508  type II citrate synthase  69.05 
 
 		 436 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.636436  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1731  citrate synthase I  67.29 
 
 		 439 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0825  type II citrate synthase  67.84 
 
 		 427 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0747  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0790  type II citrate synthase  67.84 
 
 		 427 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148883  normal  0.115118 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0732  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.482725  normal  0.945982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2973  type II citrate synthase  68.1 
 
 		 426 aa  611  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00618343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2935  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0854  type II citrate synthase  67.84 
 
 		 427 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000551297 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0638  type II citrate synthase  68.54 
 
 		 427 aa  612  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>