80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0056 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  100 
 
 
237 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  68.2 
 
 
221 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  69.59 
 
 
221 aa  293  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  65.52 
 
 
234 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  64.13 
 
 
259 aa  273  2e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  65.3 
 
 
264 aa  272  4e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  65.87 
 
 
275 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  51 
 
 
234 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  52.45 
 
 
247 aa  184  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  45.83 
 
 
239 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  46.31 
 
 
200 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  42.92 
 
 
247 aa  158  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  42.92 
 
 
247 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  42.99 
 
 
243 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  44.33 
 
 
200 aa  155  6e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  43.84 
 
 
217 aa  154  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  44.13 
 
 
249 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  40.74 
 
 
240 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  45.16 
 
 
257 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  42.59 
 
 
227 aa  141  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  40 
 
 
231 aa  138  8e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  46.38 
 
 
211 aa  138  9e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  39.13 
 
 
230 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  39.63 
 
 
221 aa  134  1e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  42.25 
 
 
240 aa  131  1e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  37.17 
 
 
205 aa  129  4e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  35.78 
 
 
231 aa  129  5e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  38.73 
 
 
206 aa  125  4e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  35.64 
 
 
211 aa  124  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  38.68 
 
 
212 aa  119  4e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  39.23 
 
 
202 aa  117  1e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  39.2 
 
 
210 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  38.67 
 
 
210 aa  115  4e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  38.67 
 
 
202 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  35.38 
 
 
194 aa  115  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  33.04 
 
 
252 aa  112  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  35.32 
 
 
215 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  34.65 
 
 
263 aa  105  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  32.3 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  31.82 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  40 
 
 
200 aa  76.6  3e-13  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  30.16 
 
 
246 aa  75.1  8e-13  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  36.92 
 
 
212 aa  74.7  1e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.28024e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  35.26 
 
 
197 aa  74.3  1e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  33.1 
 
 
197 aa  72  9e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  33.1 
 
 
197 aa  71.6  1e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  34.92 
 
 
205 aa  70.1  3e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  38.1 
 
 
205 aa  68.2  1e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  33.94 
 
 
203 aa  64.7  1e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  38.46 
 
 
92 aa  53.1  4e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  30 
 
 
210 aa  51.6  9e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  32.39 
 
 
90 aa  50.4  2e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  32.14 
 
 
92 aa  48.9  6e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  7.76447e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  34.29 
 
 
88 aa  48.9  7e-05  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  34.29 
 
 
88 aa  48.9  7e-05  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  28.89 
 
 
94 aa  48.5  9e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  28.89 
 
 
94 aa  48.5  9e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  28.89 
 
 
94 aa  48.5  9e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  37.18 
 
 
95 aa  47.8  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.59922e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  32.14 
 
 
96 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  31.82 
 
 
93 aa  47  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  8.93193e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  32.1 
 
 
96 aa  47  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.21176e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  32.14 
 
 
89 aa  46.2  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  30.86 
 
 
103 aa  45.8  0.0005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  33.82 
 
 
119 aa  45.8  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  28.57 
 
 
93 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  38.24 
 
 
524 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  32.86 
 
 
93 aa  43.5  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  7.60943e-05 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  28.79 
 
 
93 aa  42  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  3.3301e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  28.79 
 
 
93 aa  42  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  6.14384e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  28.79 
 
 
93 aa  42  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.95024e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  35.94 
 
 
130 aa  42  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  28.79 
 
 
90 aa  42  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  29.07 
 
 
95 aa  41.6  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  8.38952e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>