285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0040 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0040  putative nifU protein  100 
 
 
189 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0463  nitrogen-fixing NifU-like  81.48 
 
 
188 aa  324  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0247  nitrogen-fixing NifU-like  81.11 
 
 
188 aa  297  6e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0585  nitrogen-fixing NifU-like  83.24 
 
 
188 aa  292  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0009  nitrogen-fixing NifU  75.56 
 
 
190 aa  288  4e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964123  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0016  nitrogen-fixing NifU-like  75.14 
 
 
191 aa  288  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00443934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0457  Scaffold protein Nfu/NifU  79.33 
 
 
188 aa  287  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0153  scaffold protein Nfu/NifU  71.28 
 
 
190 aa  283  8e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0036  Scaffold protein Nfu/NifU  69.89 
 
 
188 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.231277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0024  Scaffold protein Nfu/NifU  70.43 
 
 
188 aa  279  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.419851 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1170  NifU family protein  67.89 
 
 
192 aa  278  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.841091  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0430  hypothetical protein  70.21 
 
 
186 aa  276  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0036  scaffold protein Nfu/NifU  70.05 
 
 
188 aa  275  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0881083  hitchhiker  1.81724e-05 
 
 
-
 
NC_004310  BR0140  NifU-related protein  70.74 
 
 
190 aa  272  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0134  NifU-related protein  70.74 
 
 
190 aa  272  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00825478  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3394  Scaffold protein Nfu/NifU  68.25 
 
 
188 aa  267  6e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4037  nitrogen-fixing NifU-like  69.47 
 
 
189 aa  267  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1823  scaffold protein Nfu/NifU  67.38 
 
 
186 aa  266  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.266684  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3522  Scaffold protein Nfu/NifU  67.54 
 
 
188 aa  265  3e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.128195  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3198  scaffold protein Nfu/NifU  67.54 
 
 
188 aa  265  3e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.113842  normal  0.941743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4429  Scaffold protein Nfu/NifU  66.14 
 
 
187 aa  259  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.021918  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2900  Scaffold protein Nfu/NifU  63.64 
 
 
187 aa  252  2e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3091  nitrogen-fixing NifU-like  61.58 
 
 
187 aa  251  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.758224  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0865  nitrogen-fixing NifU-like  62.11 
 
 
187 aa  247  7e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0889  NifU domain-containing protein  62.63 
 
 
186 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0368383  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2839  hypothetical protein  62.3 
 
 
187 aa  246  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0061746  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3611  scaffold protein Nfu/NifU  63.3 
 
 
201 aa  243  1e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0644  scaffold protein Nfu/NifU  67.02 
 
 
188 aa  241  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.728561 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1051  scaffold protein Nfu/NifU  66.67 
 
 
187 aa  240  8e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.906453  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0531  NifU domain-containing protein  61.98 
 
 
184 aa  240  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241454  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3394  scaffold protein Nfu/NifU  65.08 
 
 
187 aa  238  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.252706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2279  NifU domain-containing protein  64.21 
 
 
186 aa  234  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473385  normal  0.588083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  60.87 
 
 
183 aa  234  5e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2214  nitrogen-fixing NifU  62.63 
 
 
186 aa  232  2e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2380  scaffold protein Nfu/NifU-like protein  60.11 
 
 
192 aa  230  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  57.14 
 
 
190 aa  221  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0988  nitrogen-fixing NifU-like  59.47 
 
 
195 aa  216  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  63.83 
 
 
185 aa  216  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0019  scaffold protein Nfu/NifU  56.61 
 
 
189 aa  215  3e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.01661  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2095  Scaffold protein Nfu/NifU  52.38 
 
 
187 aa  199  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.724202  normal  0.959854 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3028  NifU domain-containing protein  53.89 
 
 
187 aa  198  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1075  NifU domain-containing protein  51.35 
 
 
191 aa  192  4e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.152457  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  51.34 
 
 
206 aa  187  9e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0817  NifU-like domain-containing protein  46.28 
 
 
180 aa  177  8e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.946784  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  46.15 
 
 
326 aa  177  8e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01900  iron ion homeostasis-related protein, putative  51.32 
 
 
309 aa  177  1e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0202  NifU domain-containing protein  48.37 
 
 
186 aa  174  7e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.419863  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82838  predicted protein  44.68 
 
 
254 aa  170  1e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0133189  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0800  nitrogen-fixing NifU, C-terminal  48.91 
 
 
186 aa  165  4e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  43.65 
 
 
195 aa  154  9e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.62 
 
 
183 aa  148  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76567  predicted protein  41.88 
 
 
242 aa  148  5e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000975228 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0365  thioredoxin-related protein  42.16 
 
 
191 aa  144  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.299726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0722  nitrogen-fixing NifU domain protein  40 
 
 
198 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0513742 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4882  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.63 
 
 
198 aa  120  1e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.436115  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1676  NifU domain-containing protein  37.7 
 
 
299 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2479  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.04 
 
 
200 aa  112  4e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40084  normal  0.245689 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01075  NifU-like domain protein  32.46 
 
 
305 aa  106  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1955  nitrogen-fixing NifU domain protein  33.33 
 
 
299 aa  100  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0701  nitrogen-fixing NifU-like  32.98 
 
 
186 aa  88.6  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2988  nitrogen-fixing NifU domain protein  27.98 
 
 
202 aa  75.9  4e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1865  nitrogen-fixing NifU-like  27.62 
 
 
186 aa  72  5e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.67 
 
 
72 aa  70.1  2e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.13557e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0955  NifU domain-containing protein  46.58 
 
 
80 aa  65.9  4e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0936  NifU domain-containing protein  46.58 
 
 
80 aa  65.9  4e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00633324  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0522  NifU domain-containing protein  50 
 
 
80 aa  65.1  5e-10  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.78 
 
 
74 aa  64.7  7e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.9 
 
 
74 aa  63.2  2e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.4465e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.12 
 
 
73 aa  63.2  2e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  42.19 
 
 
80 aa  63.2  2e-09  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0962  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.25 
 
 
81 aa  63.5  2e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3554  NifU domain-containing protein  49.15 
 
 
78 aa  63.2  2e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4821  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5094  nifU domain protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0148  nifU domain protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5092  nifU domain protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4659  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5086  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5186  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2023  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.67 
 
 
81 aa  61.6  6e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4771  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5056  nifU domain protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4678  NifU domain-containing protein  47.46 
 
 
78 aa  61.6  6e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0330  nitrogen-fixing NifU-like protein  41.67 
 
 
91 aa  61.6  7e-09  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12230  thioredoxin-like protein  47.54 
 
 
75 aa  61.2  8e-09  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.75361e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.12 
 
 
73 aa  61.2  8e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0414  NifU-like protein  38.67 
 
 
81 aa  60.5  1e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04381  NifU-like protein  38.67 
 
 
81 aa  60.5  1e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.725479  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04691  NifU-like protein  38.67 
 
 
81 aa  60.5  1e-08  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1782  NifU family protein  42.03 
 
 
88 aa  60.5  1e-08  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3034  nitrogen-fixing NifU-like  43.1 
 
 
76 aa  60.1  2e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04791  NifU-like protein  38.67 
 
 
81 aa  59.7  2e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  39.53 
 
 
103 aa  60.5  2e-08  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1148  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.84 
 
 
79 aa  60.1  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.52272 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16946  predicted protein  41.33 
 
 
213 aa  60.1  2e-08  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1119  nitrogen-fixing NifU domain protein  37.84 
 
 
79 aa  60.1  2e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0333  NifU domain-containing protein  48.33 
 
 
74 aa  60.1  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  6.01792e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04161  NifU-like protein  40.54 
 
 
81 aa  59.7  2e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.43569  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0450  putative NifU-like protein  38.67 
 
 
81 aa  59.3  3e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1107  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 
77 aa  59.3  3e-08  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162394  hitchhiker  1.33842e-14 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>