More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6236 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 250 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  63.4 
 
 		 256 aa  302  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 257 aa  298  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 257 aa  298  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  59.59 
 
 		 254 aa  295  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  59.02 
 
 		 254 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  58.2 
 
 		 254 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  53.56 
 
 		 255 aa  258  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3150  GntR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 251 aa  247  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000981065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  48.55 
 
 		 241 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  52.52 
 
 		 285 aa  220  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 247 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  46.29 
 
 		 277 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4132  transcriptional regulator, GntR family  47.64 
 
 		 257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.253888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  47.21 
 
 		 257 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 246 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 286 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2077  GntR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.340396  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0292  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 244 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  44.1 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 258 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 244 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0560  transcriptional regulator, GntR family  42.36 
 
 		 244 aa  165  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.645686  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  39.74 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 244 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.35 
 
 		 243 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 243 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 233 aa  138  8.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  36.93 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 270 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  38.56 
 
 		 246 aa  128  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0342  transcriptional regulator, GntR family  33.77 
 
 		 245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  37.78 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  37.87 
 
 		 246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3590  UbiC transcription regulator-associated domain protein  38.22 
 
 		 247 aa  125  8.000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.168054  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  40.09 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 232 aa  125  9e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  33.04 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00770  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 255 aa  123  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  38.22 
 
 		 243 aa  123  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  38.22 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0513  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204845 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>