More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6070 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  100 
 
 
228 aa  447  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  67.7 
 
 
230 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 
230 aa  267  9e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4238  two component transcriptional regulator  59.19 
 
 
226 aa  258  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 
235 aa  258  5e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  57.21 
 
 
230 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 
230 aa  243  1e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  54.5 
 
 
230 aa  243  2e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.2 
 
 
231 aa  239  3e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  4.20296e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  52.21 
 
 
230 aa  236  3e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  53.6 
 
 
232 aa  233  2e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.81 
 
 
235 aa  232  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 
231 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 
231 aa  232  5e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.81 
 
 
235 aa  232  5e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 
231 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 
232 aa  231  7e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  52.49 
 
 
231 aa  231  7e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  52.49 
 
 
231 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  56.11 
 
 
235 aa  230  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 
235 aa  230  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.33 
 
 
232 aa  229  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  54.95 
 
 
240 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  53.57 
 
 
234 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 
231 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  53.57 
 
 
232 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  53.57 
 
 
234 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  53.57 
 
 
232 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  53.57 
 
 
234 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  53.57 
 
 
234 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  53.57 
 
 
234 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  228  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.15 
 
 
234 aa  227  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.15 
 
 
234 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  53.85 
 
 
234 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  52.68 
 
 
234 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  49.32 
 
 
230 aa  225  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5840  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.05 
 
 
230 aa  225  5e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.99298  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  224  9e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  52.89 
 
 
232 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  50.45 
 
 
232 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
240 aa  223  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 
246 aa  224  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0742  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 
245 aa  223  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 
228 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
241 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 
228 aa  222  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  53.57 
 
 
233 aa  222  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  52.44 
 
 
232 aa  221  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.12 
 
 
225 aa  221  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  50.45 
 
 
230 aa  220  1e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.87 
 
 
230 aa  221  1e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.05 
 
 
229 aa  219  2e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  49.55 
 
 
230 aa  219  2e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  52.21 
 
 
236 aa  220  2e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.13 
 
 
225 aa  219  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.13 
 
 
225 aa  219  2e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 
225 aa  219  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0608  two component transcriptional regulator  60.34 
 
 
393 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.32 
 
 
232 aa  219  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.68 
 
 
225 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.67 
 
 
225 aa  219  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6752  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.7 
 
 
230 aa  218  4e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.67 
 
 
225 aa  218  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.68 
 
 
225 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.68 
 
 
225 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.67 
 
 
225 aa  218  7e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 
225 aa  218  7e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  50.22 
 
 
225 aa  218  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  50.22 
 
 
225 aa  218  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 
229 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.22 
 
 
225 aa  218  8e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 
228 aa  218  9e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.33 
 
 
230 aa  217  9e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  50.66 
 
 
231 aa  218  9e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 
229 aa  217  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
227 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  50 
 
 
230 aa  216  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
233 aa  216  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2437  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 
233 aa  214  7e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 
231 aa  214  8e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.15 
 
 
227 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0828  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
232 aa  214  9e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.159677 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 
231 aa  214  1e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  51.35 
 
 
232 aa  213  2e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3235  two component transcriptional regulator  50 
 
 
228 aa  212  3e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.40462  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0386  two component transcriptional regulator  51.1 
 
 
229 aa  212  4e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 
225 aa  212  4e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.32 
 
 
229 aa  211  6e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 
226 aa  211  7e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.77 
 
 
226 aa  211  8e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  48.65 
 
 
244 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  50.68 
 
 
229 aa  210  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6334  two-component regulatory system response regulator  52.7 
 
 
229 aa  209  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0750595 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  49.32 
 
 
226 aa  210  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.2 
 
 
240 aa  209  3e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.42123e-13 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2822  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.89 
 
 
230 aa  209  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>