More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0019 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0019  ribosomal protein S6  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  71.13 
 
 		 97 aa  144  5e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  70.1 
 
 		 97 aa  142  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27920  ribosomal protein S6  62.89 
 
 		 97 aa  130  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0000627266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 95 aa  89.4  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  45.65 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  45.65 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 95 aa  85.9  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  44.57 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 124 aa  84  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 124 aa  84  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  43.48 
 
 		 122 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  43.48 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 122 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  42.39 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  43.48 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 124 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 96 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 122 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 96 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 122 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 96 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 96 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23260  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 101 aa  81.3  0.000000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5662  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0220  ribosomal protein S6  41.94 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65180  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  40.66 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  42.39 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  42.39 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  41.05 
 
 		 112 aa  80.5  0.000000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 133 aa  80.5  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  39.18 
 
 		 120 aa  80.1  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 95 aa  80.1  0.000000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31780  SSU ribosomal protein S6P  39.58 
 
 		 96 aa  80.1  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  38.71 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  39.18 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3465  30S ribosomal protein S6  38.71 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0534  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.587814  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0645  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.793975  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4120  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4877  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0308  ribosomal protein S6  40 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4933  ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0581  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4668  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0417729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4758  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0734543 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  42.39 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4934  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000104766 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  44.33 
 
 		 94 aa  78.2  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>