More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0047 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  484  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00690  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  70.63 
 
 
252 aa  337  9e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.39 
 
 
253 aa  320  1e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.635233  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
252 aa  310  1e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.346062  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.84 
 
 
256 aa  305  3e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
252 aa  299  4e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.087431  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.89 
 
 
254 aa  291  5e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.12 
 
 
259 aa  276  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0024657  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
259 aa  273  1e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.870695  hitchhiker  6.42548e-11 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.03 
 
 
257 aa  272  5e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.721085 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0762  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  54.55 
 
 
252 aa  271  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.750513  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
252 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0454791  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
252 aa  265  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
252 aa  264  8e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.488823  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0921  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
251 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.718572  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
259 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0482872  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
253 aa  262  3e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.530107  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.39 
 
 
253 aa  262  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2534  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II oxidoreductase protein  56.52 
 
 
252 aa  262  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.145458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
250 aa  261  8e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
252 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.851813  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
250 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
252 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.411442  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.83 
 
 
259 aa  260  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0841499  normal  0.0258312 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
250 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
250 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
252 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29016  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
252 aa  258  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.72 
 
 
250 aa  258  6e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.684715  normal  0.235979 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
252 aa  258  7e-68  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.345068  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0275  putative short chain dehydrogenase  56.42 
 
 
257 aa  258  9e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.599056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
252 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
252 aa  256  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00360013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
252 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.634686  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
252 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0151424  hitchhiker  5.59523e-05 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2489  putative short-chain dehydrogenase  54.15 
 
 
252 aa  255  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322393  normal  0.987031 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
252 aa  254  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
252 aa  254  1e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000114329  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 
254 aa  254  1e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.29 
 
 
255 aa  253  2e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0912  3-hydroxyacyl CoA dehydrogenase  51.76 
 
 
254 aa  253  2e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4554  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
251 aa  253  2e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0997  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  54.86 
 
 
257 aa  253  2e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.37 
 
 
254 aa  252  5e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.767039  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.75 
 
 
252 aa  251  6e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.367974  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31510  putative short-chain dehydrogenase  51.76 
 
 
255 aa  251  8e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.089471  hitchhiker  3.8143e-05 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.72 
 
 
252 aa  251  8e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2682  putative short-chain dehydrogenase  51.76 
 
 
255 aa  251  8e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
267 aa  251  9e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
254 aa  251  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.153501  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0738  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  56.52 
 
 
252 aa  250  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.570343  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.56 
 
 
255 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0605669  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
254 aa  249  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7091  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  53.15 
 
 
254 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
257 aa  249  4e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.55 
 
 
254 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0244002 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.73 
 
 
255 aa  248  7e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00832519  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
255 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772781  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7117  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.3 
 
 
255 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.593883 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
252 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
252 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
254 aa  246  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0877268  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
253 aa  245  5e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00757149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07360  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.37 
 
 
254 aa  244  8e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0926  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.73 
 
 
319 aa  244  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1079  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  55.73 
 
 
252 aa  244  1e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.148811  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0129  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.73 
 
 
252 aa  244  1e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
255 aa  244  1e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00629853  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0380  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  55.73 
 
 
252 aa  244  1e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0923  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.73 
 
 
319 aa  244  1e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.732955  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.73 
 
 
252 aa  244  1e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2515  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  55.73 
 
 
252 aa  244  1e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 
254 aa  243  2e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 
255 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.98 
 
 
279 aa  242  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.19949  normal  0.151219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 
255 aa  242  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339033  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
259 aa  243  3e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0589  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
252 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327218  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
254 aa  241  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136015  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1700  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  52 
 
 
251 aa  241  9e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00353062  normal  0.0357096 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0937  hypothetical protein  49.4 
 
 
247 aa  240  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0967  hypothetical protein  49.4 
 
 
247 aa  240  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2720  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  47.06 
 
 
255 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.98 
 
 
255 aa  239  3e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.269297  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5880  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
252 aa  239  3e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.58817  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.63 
 
 
255 aa  239  3e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.153171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7121  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (short-chain)  53.94 
 
 
252 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01666  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
258 aa  238  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0141372  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
255 aa  238  6e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.867093  normal  0.485629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11167  short-chain type dehydrogenase/reductase  52.38 
 
 
250 aa  238  6e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.56 
 
 
260 aa  238  6e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
273 aa  238  6e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815875  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_41886  3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase  50.4 
 
 
256 aa  238  7e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.112729  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5942  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.78 
 
 
252 aa  237  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.292257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
254 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3797  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
272 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.384444  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
254 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.239366  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2869  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
253 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
261 aa  237  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.856585  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
252 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>