76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0006 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0007  chaperone protein EcpD  100 
 
 
247 aa  491  1e-138  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0410847  hitchhiker  0.00437464 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0006  pilus chaperone protein, putative  100 
 
 
247 aa  491  1e-138  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2694  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  37.08 
 
 
253 aa  141  1e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25409 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4396  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  39.39 
 
 
239 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.809922  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1922  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  34.35 
 
 
242 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0866  hypothetical protein  40.43 
 
 
236 aa  121  1e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391209  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1063  P pilus assembly protein, chaperone PapD  37.56 
 
 
236 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2993  hypothetical protein  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.810791  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1070  putative pilus assembly chaperone  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2293  hypothetical protein  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1606  hypothetical protein  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1222  hypothetical protein  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0849986  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0722  hypothetical protein  37.06 
 
 
236 aa  119  5e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278946  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2474  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  38.34 
 
 
237 aa  117  1e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1269  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  34.44 
 
 
243 aa  117  1e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0558339  normal  0.0398715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2340  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  39.78 
 
 
237 aa  117  2e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.200473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5758  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  38.83 
 
 
236 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.465618 
 
 
-
 
NC_003296  RS03042  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  34.11 
 
 
241 aa  112  7e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.168941  normal  0.259112 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4689  putataive fimbrial chaperone protein  34.39 
 
 
238 aa  112  7e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4601  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  31.33 
 
 
288 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1801  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  29.7 
 
 
258 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.109168  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01137  pili assembly chaperone  33.94 
 
 
235 aa  105  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0327551  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2361  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  30.67 
 
 
264 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200412  normal  0.497633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3334  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  30.25 
 
 
258 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1830  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  31.46 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2109  putative chaperone protein  29.91 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1961  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  29.71 
 
 
258 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.156981 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0305  chaperone protein pmfD, putative  28.95 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2818  putative fimbrial chaperone  27.23 
 
 
257 aa  95.5  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0343  putative pilus assembly protein chaperone PapD  31.63 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5510  putative fimbrial chaperone protein  29.44 
 
 
252 aa  92  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1447  putative fimbrial chaperone  28.28 
 
 
260 aa  92  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3670  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  27.73 
 
 
260 aa  92  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.295639  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1271  pili assembly chaperone  29.46 
 
 
244 aa  89  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1792  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  30.14 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1613  type I pilus usher pathway chaperone CsuC  30.14 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1635  fimbrial chaperone protein  30.14 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2460  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  29.34 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0779  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  28.96 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.765293  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001217  pilus assembly protein chaperone PapD  32.19 
 
 
252 aa  85.9  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0680  putative fimbrial assembly chaperone  29.67 
 
 
279 aa  85.1  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.902912  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0875  fimbrial assembly chaperone, putative  29.67 
 
 
279 aa  85.1  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1398  putative fimbrial assembly chaperone  29.67 
 
 
279 aa  85.1  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0478  putative fimbrial assembly chaperone  29.67 
 
 
280 aa  85.1  1e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621456  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61530  putative pili assembly chaperone  26.15 
 
 
262 aa  84  2e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  0.223638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5300  putative pili assembly chaperone  25.69 
 
 
262 aa  82.8  5e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2678  fimbrial assembly chaperone, putative  28.02 
 
 
279 aa  81.6  1e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3666  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  32.26 
 
 
250 aa  80.9  2e-14  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.486976  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1775  chaperone protein  27.19 
 
 
250 aa  79.7  4e-14  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2670  pilus assembly chaperone  27.19 
 
 
250 aa  79.7  4e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0194825 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1664  pilus assembly chaperone  27.19 
 
 
250 aa  79.7  4e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.74351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2058  putative P pilus assembly protein, chaperone PapD  26.09 
 
 
263 aa  78.6  8e-14  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.62462e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0611  chaperone protein PmfD, putative  30.11 
 
 
245 aa  78.6  1e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  2.24808e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3600  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  31.18 
 
 
250 aa  76.6  3e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.173529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0145  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  25.78 
 
 
262 aa  73.2  3e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.195396  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3741  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  32.26 
 
 
250 aa  73.2  4e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0536  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  27.32 
 
 
251 aa  67.4  2e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51460  chaperone CupC  25.13 
 
 
237 aa  53.5  3e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0145666  hitchhiker  0.000165686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1520  pili assembly chaperone  25.26 
 
 
227 aa  53.1  3e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4674  pili assembly chaperone  30.51 
 
 
250 aa  52.8  5e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4046  pili assembly chaperone  26.78 
 
 
272 aa  52.4  6e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0167  pili assembly chaperone  27.92 
 
 
244 aa  52.4  7e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0499  pili assembly chaperone  27.92 
 
 
244 aa  52.4  7e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.298988  decreased coverage  0.000379472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2229  chaperone protein PapD  26.67 
 
 
251 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.482953  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3825  pili assembly chaperone  26.55 
 
 
245 aa  52  1e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1313  pili assembly chaperone  27.59 
 
 
250 aa  48.9  7e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.654177  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01133  pili assembly chaperone  23.5 
 
 
241 aa  48.5  9e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0694484  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3754  pili assembly chaperone  24.38 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1465  pili assembly chaperone  28.88 
 
 
244 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.548977 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1267  pili assembly chaperone  29.22 
 
 
237 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.475835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1132  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  29.13 
 
 
264 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.083408 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4580  chaperone protein ClpE  25.35 
 
 
265 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.393478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3043  pili assembly chaperone  26.88 
 
 
249 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000936481  normal  0.260101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0615  chaperone protein PapD  26.62 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3163  hypothetical protein  24.65 
 
 
323 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0698866 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1104  hypothetical protein  26.38 
 
 
271 aa  42  0.01  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.176891  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>