More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1104 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1104  hypothetical protein  100 
 
 		 234 aa  475  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0241757  normal  0.525247 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2503  hypothetical protein  45.22 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1958  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  41.28 
 
 		 242 aa  178  5.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.758045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0195  oxidoreductase  32.91 
 
 		 597 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0093  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  33.19 
 
 		 670 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.303734 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  36.21 
 
 		 625 aa  131  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  34.47 
 
 		 669 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1085  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.33 
 
 		 702 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1003  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  28.45 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0767171 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3236  xylene monooxygenase electron transfer component  30.7 
 
 		 232 aa  124  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.150181  normal  0.120889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2337  hypothetical protein  31.76 
 
 		 627 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3770  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.28 
 
 		 585 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708524  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2477  ferredoxin  32.31 
 
 		 379 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.949989 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6652  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  28.76 
 
 		 688 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.640624  normal  0.369043 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6898  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  29.18 
 
 		 677 aa  112  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2378  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  30.97 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000975827  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00340  putative NADH oxidoreductase; putative nitric oxide dioxygenase  28.21 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4002  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  30.32 
 
 		 381 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.924171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3397  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.39 
 
 		 375 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4292  FHA domain containing protein  29.26 
 
 		 606 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.168951  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4042  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  29.15 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.186376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3747  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.6 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225631 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4230  FHA domain containing protein  29.26 
 
 		 606 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4030  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  28.32 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001340  ferredoxin-NADPH reductase  29.53 
 
 		 605 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0404  oxidoreductase, NAD/FAD/2Fe-2S iron-sulfur cluster binding protein  27.5 
 
 		 373 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363299  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1188  ferredoxin  31.19 
 
 		 355 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4058  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.29 
 
 		 383 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0362952  normal  0.241879 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1054  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  33.76 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.543826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1068  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.52 
 
 		 384 aa  99.8  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.570837  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3010  oxidoreductase FAD-binding subunit  27.07 
 
 		 380 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0982  ferredoxin I  29.52 
 
 		 362 aa  99  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2665  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.7 
 
 		 396 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.202569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0484  ferredoxin  28.32 
 
 		 364 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1052  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.94 
 
 		 397 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.705726  normal  0.0721497 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3218  ferredoxin  31.19 
 
 		 355 aa  97.4  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2913  oxidoreductase FAD-binding subunit  26.64 
 
 		 380 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1364  iron-sulfur cluster-binding protein  25.82 
 
 		 325 aa  96.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2831  oxidoreductase FAD-binding subunit  26.64 
 
 		 376 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.926186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1175  oxidoreductase FAD-binding subunit  25.86 
 
 		 371 aa  95.9  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0922  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  30.87 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  29.9 
 
 		 605 aa  95.1  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5288  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  28.85 
 
 		 363 aa  95.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.632487  normal  0.142716 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3979  ferredoxin  31.58 
 
 		 353 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3554  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.2 
 
 		 382 aa  94  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2831  ferredoxin  29.78 
 
 		 358 aa  93.6  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0794308  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4844  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  28.37 
 
 		 356 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0431343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5208  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.46 
 
 		 382 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0748  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 380 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2253  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 		 356 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2116  iron-sulfur cluster-binding protein  29.19 
 
 		 381 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0836  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 380 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3291  oxidoreductase FAD-binding region  30.46 
 
 		 382 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1479  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 		 356 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5077  oxidoreductase FAD-binding subunit  30.46 
 
 		 382 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0479  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 381 aa  92  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3076  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.36 
 
 		 352 aa  92  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.163455 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0998  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 380 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0388253  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1971  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 380 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.851205  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0702  putative ferredoxin, 2Fe-2S  29.19 
 
 		 380 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.54952  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4136  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.83 
 
 		 367 aa  92  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2263  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 		 356 aa  92  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.379907  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02038  ferredoxin oxidoreductase protein  29.44 
 
 		 382 aa  91.7  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.365456 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1711  ferredoxin  27.63 
 
 		 372 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22800  flavodoxin reductase family protein  34.12 
 
 		 395 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.401213 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3096  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  26.32 
 
 		 387 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.592741  normal  0.0476829 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4489  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.8 
 
 		 382 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.320814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5014  oxidoreductase FAD-binding subunit  29.8 
 
 		 382 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240099  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0896  iron-sulfur cluster-binding protein  28.1 
 
 		 356 aa  91.3  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1546  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  29.91 
 
 		 354 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729888  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0935  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  30.34 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0579  ferredoxin/oxidoreductase  29.8 
 
 		 382 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1005  oxidoreductase FAD-binding protein  27.93 
 
 		 368 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1294  oxidoreductase FAD-binding subunit  26.13 
 
 		 388 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2634  hypothetical protein  28.71 
 
 		 616 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.982432 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4814  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  28.57 
 
 		 386 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.501777  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1200  methane monooxygenase, C subunit  26.47 
 
 		 348 aa  89  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1577  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.51 
 
 		 356 aa  89  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3723  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  27.65 
 
 		 358 aa  88.6  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.571859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4285  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.72 
 
 		 362 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481656  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6200  putative ferredoxin  27.93 
 
 		 366 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71420  putative ferredoxin  27.93 
 
 		 366 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4896  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  28.3 
 
 		 342 aa  88.6  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.699955 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1070  oxidoreductase FAD-binding subunit  26.34 
 
 		 361 aa  87.8  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1860  iron-sulfur cluster-binding protein  28.23 
 
 		 379 aa  87.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1217  oxidoreductase FAD-binding subunit  25.68 
 
 		 406 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.640214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1462  NADH oxidoreductase, putative  27.63 
 
 		 372 aa  87  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.345138  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0992  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  27.39 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0107588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1799  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.29 
 
 		 336 aa  87  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0217  ferredoxin  26.98 
 
 		 357 aa  86.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1706  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  27.83 
 
 		 347 aa  86.7  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0660  nitric oxide dioxygenase  29.91 
 
 		 409 aa  86.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1048  ferredoxin  27.75 
 
 		 350 aa  86.3  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0315  hypothetical protein  26.67 
 
 		 662 aa  85.9  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1353  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.58 
 
 		 848 aa  85.9  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.155715  normal  0.293689 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2459  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.22 
 
 		 352 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.109529  normal  0.140978 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0951  propane monoxygenase reductase  26.89 
 
 		 353 aa  85.9  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5215  oxidoreductase FAD-binding region  27.93 
 
 		 366 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11132  hitchhiker  0.00973319 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5662  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.06 
 
 		 376 aa  85.9  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5188  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  25.81 
 
 		 356 aa  85.5  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726966  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>