17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0488 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0488  calcium-binding EF-hand  100 
 
 		 155 aa  306  5e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0133587  normal  0.146102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3148  hypothetical protein  30.2 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3064  hypothetical protein  35.9 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0835  EF hand domain protein  30.65 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6104  calcium-binding protein  31.76 
 
 		 188 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1867  calcium-binding protein  31.08 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3184  calcium-binding EF-hand-containing protein  30.17 
 
 		 225 aa  50.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53519  normal  0.491229 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2178  hypothetical protein  32.58 
 
 		 167 aa  48.9  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0312897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3284  signal transduction protein  31.93 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0725465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4161  Calcium-binding EF-hand-containing protein  25.53 
 
 		 139 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2148  calcium-binding EF-hand-containing protein  27.83 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03592  EF hand domain protein  30.7 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.306427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0946  hypothetical protein  28.1 
 
 		 198 aa  42.4  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.587997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0139  hypothetical protein  28.57 
 
 		 162 aa  41.6  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0820746  normal  0.13795 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3545  signal transduction protein  42.22 
 
 		 209 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000138612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3604  signal transduction protein  28.12 
 
 		 137 aa  41.2  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0412957  hitchhiker  0.00158231 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0416  calcium-binding EF-hand domain-containing protein  29 
 
 		 218 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>