45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_17180 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_17180  CRISPR-associated protein, Cse3 family  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.784887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1588  CRISPR-associated Cse3 family protein  42.58 
 
 		 232 aa  141  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1976  CRISPR-associated Cse3 family protein  40 
 
 		 206 aa  138  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0708342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0945  CRISPR-associated protein, Cse3 family  39.27 
 
 		 214 aa  131  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.417479  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4089  CRISPR-associated protein, Cse3 family  30.89 
 
 		 206 aa  98.2  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.208178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1900  CRISPR-associated protein, Cse3 family  30.1 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0646  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.25 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.503781  normal  0.334707 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2652  CRISPR-associated protein, Cse3 family  30.26 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13920  CRISPR-associated protein, Cse3 family  39.02 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.475319 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0909  CRISPR-associated protein, Cse3 family  32.31 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2673  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.32 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1596  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.51 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00642378  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2577  CRISPR-associated Cse3 family protein  30.21 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0617652 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2443  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.38 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.880295 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2634  CRISPR-associated Cse3 family protein  34.59 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.38182  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2829  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.8 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17220  CRISPR-associated protein, CT1974  31.88 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3050  CRISPR-associated protein, Cse3 family  32.12 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000131653  hitchhiker  0.000844358 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1531  Cse3 family CRISPR-associated protein  26.74 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.010314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1389  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.78 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.831554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3058  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.49 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0956  CRISPR-associated Cse3 family protein  25 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0932  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2895  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.29 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.698854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2884  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.2 
 
 		 216 aa  52  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.542217  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1285  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.18 
 
 		 239 aa  51.6  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0925  CRISPR-associated protein, Cse3 family  26 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1587  transcriptional regulator, Fis family protein  25.14 
 
 		 180 aa  51.2  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.551291  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4009  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.67 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3543  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.47 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410729  normal  0.0763733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3118  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.97 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3756  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.87 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.353675 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0764  CRISPR system CASCADE complex protein CasE  20.92 
 
 		 215 aa  49.3  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0680361 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0231  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.97 
 
 		 230 aa  48.9  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2684  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.78 
 
 		 229 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000634043  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3133  Cse3 family CRISPR-associated protein  23.53 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17310  CRISPR-associated protein, Cse3 family  26.28 
 
 		 241 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3014  Cse3 family CRISPR-associated protein  25.81 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00083763  normal  0.0405409 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0022  hypothetical protein  24.46 
 
 		 275 aa  45.4  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.724418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2338  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.24 
 
 		 224 aa  43.9  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0170  CRISPR-associated Cse3 family protein  29.93 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396726  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3250  crispr-associated protein, Cse3 family  22.79 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.149131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3905  CRISPR-associated protein, Cse3 family  41.67 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal  0.123474 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3067  crispr-associated protein, Cse3 family  22.96 
 
 		 216 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1235  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.46 
 
 		 208 aa  41.6  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00100035  normal  0.670253 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>