54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0764 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0764  CRISPR system CASCADE complex protein CasE  100 
 
 		 215 aa  447  1e-125  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0680361 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2684  CRISPR-associated protein, Cse3 family  35.22 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000634043  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3050  CRISPR-associated protein, Cse3 family  33.03 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000131653  hitchhiker  0.000844358 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2577  CRISPR-associated Cse3 family protein  32.59 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0617652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1531  Cse3 family CRISPR-associated protein  33.05 
 
 		 230 aa  102  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.010314  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1285  CRISPR-associated protein, Cse3 family  31.25 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3905  CRISPR-associated protein, Cse3 family  33.76 
 
 		 236 aa  94.7  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal  0.123474 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1596  CRISPR-associated Cse3 family protein  32.54 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00642378  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17310  CRISPR-associated protein, Cse3 family  30.13 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2652  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.34 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1976  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.94 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0708342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3014  Cse3 family CRISPR-associated protein  28.64 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00083763  normal  0.0405409 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0646  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.21 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.503781  normal  0.334707 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0984  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.93 
 
 		 226 aa  72  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4089  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.29 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.208178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3250  crispr-associated protein, Cse3 family  24.68 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.149131  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1235  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.01 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00100035  normal  0.670253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3067  crispr-associated protein, Cse3 family  24.68 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3133  Cse3 family CRISPR-associated protein  24.24 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17220  CRISPR-associated protein, CT1974  27.06 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1900  CRISPR-associated protein, Cse3 family  21.83 
 
 		 240 aa  62  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2443  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.43 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.880295 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0598  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.44 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000000163206  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3093  crispr-associated protein, Cse3 family  25.71 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2634  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.67 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.38182  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3149  crispr-associated protein Cse3 family  25.31 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13920  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.49 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.475319 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0022  hypothetical protein  26.2 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.724418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3118  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.25 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2884  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.68 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.542217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4009  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.25 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2338  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.68 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2895  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.5 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.698854  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0932  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.83 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3058  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.25 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2673  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.66 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0956  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.16 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0231  CRISPR-associated Cse3 family protein  29.5 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0170  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.29 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396726  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0945  CRISPR-associated protein, Cse3 family  21.7 
 
 		 214 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.417479  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3756  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.58 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.353675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5410  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25 
 
 		 243 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0341034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0909  CRISPR-associated protein, Cse3 family  28.3 
 
 		 215 aa  52  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1588  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.23 
 
 		 232 aa  51.6  0.000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17180  CRISPR-associated protein, Cse3 family  20.92 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.784887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0829  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.73 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1603  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.32 
 
 		 225 aa  50.1  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.61218  normal  0.84733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0402  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.66 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0280403  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3586  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.11 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3543  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.18 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410729  normal  0.0763733 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1376  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.64 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00399966  normal  0.582034 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3319  CRISPR-associated Cse3 family protein  22.83 
 
 		 225 aa  43.5  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.148514  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1809  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.7 
 
 		 228 aa  43.1  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2161  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.32 
 
 		 208 aa  42  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0169878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>