41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2688 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2688  homospermidine synthase  100 
 
 		 483 aa  1004    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1154  Homospermidine synthase  63.75 
 
 		 476 aa  635    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00185878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3300  Homospermidine synthase  87.16 
 
 		 483 aa  890    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2317  Homospermidine synthase  71.7 
 
 		 482 aa  722    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.442581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0933  Homospermidine synthase  74.43 
 
 		 476 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2003  Homospermidine synthase  71.7 
 
 		 482 aa  721    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1078  homospermidine synthase  68.33 
 
 		 476 aa  674    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5462  Homospermidine synthase  71.01 
 
 		 478 aa  726    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.52008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1646  homospermidine synthase  71.46 
 
 		 476 aa  715    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322403  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0451  homospermidine synthase  71.25 
 
 		 476 aa  721    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5045  homospermidine synthase  69.52 
 
 		 481 aa  707    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2042  homospermidine synthase  71.91 
 
 		 482 aa  722    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.418846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2947  homospermidine synthase  67.78 
 
 		 472 aa  658    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0190455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2138  homospermidine synthase  71.46 
 
 		 476 aa  723    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3707  homospermidine synthase  84.68 
 
 		 480 aa  875    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4263  homospermidine synthase  73.5 
 
 		 481 aa  766    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.393392  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0850  homospermidine synthase  74.58 
 
 		 475 aa  766    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.369039 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0078  homospermidine synthase  72.46 
 
 		 481 aa  757    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3602  Homospermidine synthase  85.71 
 
 		 483 aa  883    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0921  homospermidine synthase  71.43 
 
 		 478 aa  752    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.126033  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4552  homospermidine synthase  73.24 
 
 		 477 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0956  homospermidine synthase  66.6 
 
 		 473 aa  654    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4834  homospermidine synthase  72.54 
 
 		 478 aa  738    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.109645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0073  homospermidine synthase  71.43 
 
 		 476 aa  742    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3423  homospermidine synthase  72.05 
 
 		 477 aa  752    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.532331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2727  homospermidine synthase  77.23 
 
 		 481 aa  808    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1345  homospermidine synthase  73.53 
 
 		 474 aa  754    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3337  homospermidine synthase  53.03 
 
 		 471 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1354  homospermidine synthase  50.93 
 
 		 475 aa  485  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249376 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1700  homospermidine synthase  49.69 
 
 		 486 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.914151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2012  Homospermidine synthase  51.8 
 
 		 474 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.50019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35790  putative homospermidine synthase  44.11 
 
 		 469 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000430191  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3061  homospermidine synthase  44.11 
 
 		 469 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2562  hypothetical protein  44.75 
 
 		 472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1868  homospermidine synthase  45.96 
 
 		 470 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2416  hypothetical protein  45.73 
 
 		 472 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  36.67 
 
 		 485 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0694  homospermidine synthase  37.73 
 
 		 486 aa  310  2.9999999999999997e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1047  homospermidine synthase  35.7 
 
 		 480 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.129007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2685  homospermidine synthase  35.34 
 
 		 482 aa  280  5e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0137056  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2622  homospermidine synthase  34.23 
 
 		 481 aa  273  6e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>