41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0933 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0078  homospermidine synthase  68.63 
 
 		 481 aa  696    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2317  Homospermidine synthase  77.33 
 
 		 482 aa  767    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.442581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1154  Homospermidine synthase  67.94 
 
 		 476 aa  671    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00185878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3300  Homospermidine synthase  76.47 
 
 		 483 aa  771    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5462  Homospermidine synthase  76.74 
 
 		 478 aa  769    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.52008 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0933  Homospermidine synthase  100 
 
 		 476 aa  994    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2003  Homospermidine synthase  76.27 
 
 		 482 aa  760    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1078  homospermidine synthase  73.46 
 
 		 476 aa  723    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1646  homospermidine synthase  77.49 
 
 		 476 aa  763    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322403  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3707  homospermidine synthase  75.94 
 
 		 480 aa  777    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0451  homospermidine synthase  76.01 
 
 		 476 aa  764    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5045  homospermidine synthase  76.81 
 
 		 481 aa  762    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2042  homospermidine synthase  76.69 
 
 		 482 aa  764    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.418846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2138  homospermidine synthase  76.86 
 
 		 476 aa  757    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4263  homospermidine synthase  69.47 
 
 		 481 aa  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.393392  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2688  homospermidine synthase  74.43 
 
 		 483 aa  773    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621214 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1345  homospermidine synthase  88.16 
 
 		 474 aa  889    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3602  Homospermidine synthase  75.63 
 
 		 483 aa  764    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0921  homospermidine synthase  89.26 
 
 		 478 aa  911    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.126033  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4552  homospermidine synthase  92.87 
 
 		 477 aa  931    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0956  homospermidine synthase  65.34 
 
 		 473 aa  649    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4834  homospermidine synthase  91.97 
 
 		 478 aa  906    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.109645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0850  homospermidine synthase  90.85 
 
 		 475 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.369039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3423  homospermidine synthase  88.21 
 
 		 477 aa  901    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.532331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2727  homospermidine synthase  75.95 
 
 		 481 aa  765    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0073  homospermidine synthase  67.79 
 
 		 476 aa  683    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124838  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2947  homospermidine synthase  63.91 
 
 		 472 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0190455 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1354  homospermidine synthase  57.54 
 
 		 475 aa  542  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249376 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3337  homospermidine synthase  57.57 
 
 		 471 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1700  homospermidine synthase  53.52 
 
 		 486 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.914151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2012  Homospermidine synthase  53.67 
 
 		 474 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.50019  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2416  hypothetical protein  46.75 
 
 		 472 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2562  hypothetical protein  46.54 
 
 		 472 aa  440  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35790  putative homospermidine synthase  46.12 
 
 		 469 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000430191  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3061  homospermidine synthase  46.12 
 
 		 469 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1868  homospermidine synthase  46.24 
 
 		 470 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0694  homospermidine synthase  40.92 
 
 		 486 aa  338  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  39.38 
 
 		 485 aa  332  6e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1047  homospermidine synthase  36.84 
 
 		 480 aa  315  1.9999999999999998e-84  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.129007 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2622  homospermidine synthase  37.63 
 
 		 481 aa  291  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2685  homospermidine synthase  36.31 
 
 		 482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0137056  normal  0.192597 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>