More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_01890 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_01890  carbohydrate ABC transporter membrane protein  100 
 
 
314 aa  613  9.999999999999999e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.69 
 
 
308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000624363 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.29 
 
 
311 aa  283  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.316897  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
311 aa  282  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.155632  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07460  carbohydrate ABC transporter membrane protein  46.84 
 
 
312 aa  279  4e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.48 
 
 
321 aa  272  5.000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.331595  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
308 aa  253  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.972621  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
273 aa  189  7e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3424  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  36.79 
 
 
277 aa  171  1e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.224569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  35.42 
 
 
277 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  36.49 
 
 
277 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
290 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
284 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
275 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
274 aa  168  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
295 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
295 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
297 aa  165  9e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 
280 aa  164  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1358  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
275 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.93 
 
 
279 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
298 aa  162  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
287 aa  160  3e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
311 aa  159  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5582  ABC transporter membrane spanning protein (galacturonic acid)  33.22 
 
 
293 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
271 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  37.69 
 
 
272 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0255  ABC-type maltose transport system, permease component  30 
 
 
276 aa  158  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
272 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2748  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.65 
 
 
306 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.925228  normal  0.18236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
295 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.925961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
272 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
293 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
291 aa  156  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.276199 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  34.63 
 
 
269 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
270 aa  156  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
296 aa  155  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
302 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.19 
 
 
296 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  34.81 
 
 
275 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
305 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
302 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0320  monosaccharide-transporting ATPase  39.62 
 
 
701 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
300 aa  153  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  36.94 
 
 
273 aa  153  5e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0471  ABC-type sugar transport system permease component-like  35.61 
 
 
276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
292 aa  152  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.660216  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  33.7 
 
 
271 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
271 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1924  sugar ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 
271 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444482  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
288 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.79 
 
 
280 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  32.52 
 
 
281 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
280 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
292 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.924355  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
294 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.466926 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
390 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
285 aa  150  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.31 
 
 
292 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000934569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
298 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
281 aa  149  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12340  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter uspB  33.56 
 
 
274 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0338  monosaccharide-transporting ATPase  39.15 
 
 
701 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
305 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00998336  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
299 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
301 aa  149  8e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.48 
 
 
291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3536  putative sugar transporter, permease protein  35.15 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.1 
 
 
268 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
285 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000816013  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
271 aa  146  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00258755  normal  0.655339 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
300 aa  145  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
273 aa  145  6e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
299 aa  145  9e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
277 aa  145  9e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
278 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
279 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000188602  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
318 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000451963  hitchhiker  0.00127985 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
275 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0752567 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
274 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
299 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0050805  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.66 
 
 
304 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
299 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
299 aa  142  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238071  normal  0.0688071 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
304 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3574  Monosaccharide-transporting ATPase  34.04 
 
 
290 aa  142  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  31.54 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000583333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>