193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3405 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3405  CutA1 divalent ion tolerance protein  100 
 
 
107 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.467432  normal  0.0160634 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0547  CutA1 divalent ion tolerance protein  100 
 
 
107 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.118163  normal  0.108424 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3575  CutA1 divalent ion tolerance protein  96.26 
 
 
107 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.229751  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0697  periplasmic divalent cation tolerance protein CutA  92.52 
 
 
107 aa  204  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0637  CutA1 divalent ion tolerance protein  88.79 
 
 
107 aa  200  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.887126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0664  CutA1 divalent ion tolerance protein  88.79 
 
 
107 aa  199  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3725  CutA1 divalent ion tolerance protein  87.85 
 
 
107 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.414398  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0660  CutA1 divalent ion tolerance protein  87.85 
 
 
107 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.970126  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3246  CutA1 divalent ion tolerance protein  86.92 
 
 
107 aa  194  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0584  CutA1 divalent ion tolerance protein  59.81 
 
 
107 aa  143  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.759939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4014  CutA1 divalent ion tolerance protein  57.94 
 
 
112 aa  140  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000995556 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4157  CutA1 divalent ion tolerance protein  56.31 
 
 
107 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.496256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3265  CutA1 divalent ion tolerance protein  56.19 
 
 
107 aa  130  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.189693  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0539  periplasmic divalent cation tolerance protein CutA  50.98 
 
 
110 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00953533  decreased coverage  0.00314697 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3665  CutA1 divalent ion tolerance protein  50 
 
 
108 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0560029  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0373  CutA1 divalent ion tolerance protein  50 
 
 
109 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0417  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.34 
 
 
107 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000143312  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4166  CutA1 divalent ion tolerance protein  50 
 
 
105 aa  106  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0029  CutA1 divalent ion tolerance protein  49.5 
 
 
115 aa  106  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0633  CutA1 divalent ion tolerance protein  43.93 
 
 
110 aa  104  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3289  CutA1 divalent ion tolerance protein  48.45 
 
 
126 aa  103  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2684  CutA1 divalent ion tolerance protein  43.27 
 
 
121 aa  100  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1040  periplasmic divalent cation tolerance protein, putative  44.86 
 
 
107 aa  99.4  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3298  CutA1 divalent ion tolerance protein  43.4 
 
 
106 aa  99.4  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0586  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.72 
 
 
124 aa  100  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2339  CutA1 divalent ion tolerance protein  43.4 
 
 
106 aa  99  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119887  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1741  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.31 
 
 
107 aa  98.6  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.894466 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0605  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.66 
 
 
112 aa  99  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0259524  decreased coverage  0.0027095 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3007  hypothetical protein  43.69 
 
 
131 aa  98.6  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4630  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.42 
 
 
113 aa  98.6  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.292633  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0021  CutA1 divalent ion tolerance protein  47.06 
 
 
124 aa  97.4  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.722189  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3914  CutA1 divalent ion tolerance protein  47.52 
 
 
115 aa  96.7  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1180  CutA1 divalent ion tolerance protein  45.54 
 
 
105 aa  96.3  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2560  divalent cation tolerance protein  51.49 
 
 
107 aa  94.7  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1473  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.12 
 
 
103 aa  95.1  3e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.168159  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0385  CutA1 divalent ion tolerance protein  48.35 
 
 
110 aa  94  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.331799  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3629  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.55 
 
 
112 aa  93.6  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302661  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0428  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.12 
 
 
103 aa  93.6  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.832839 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2175  CutA1 divalent ion tolerance protein  44 
 
 
102 aa  93.2  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0107322  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1262  CutA1 divalent ion tolerance protein  48 
 
 
105 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112671  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1193  CutA1 divalent ion tolerance protein  48 
 
 
105 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0316727  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1056  CutA1 divalent ion tolerance protein  45.36 
 
 
113 aa  91.7  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00140547  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3269  CutA1 divalent ion tolerance protein  46.6 
 
 
112 aa  92  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.011597 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1230  CutA1 divalent ion tolerance protein  43.33 
 
 
102 aa  90.5  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2158  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.86 
 
 
107 aa  90.5  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.890158  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0246  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.23 
 
 
118 aa  90.5  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.299344  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5137  CutA1 divalent ion tolerance protein  45.63 
 
 
109 aa  90.5  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504404  normal  0.028749 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1539  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.16 
 
 
103 aa  90.1  8e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.234612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0954  periplasmic divalent cation tolerance protein CutA  42.42 
 
 
103 aa  88.2  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0777  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.23 
 
 
107 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2922  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.12 
 
 
112 aa  87.8  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000198064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2991  periplasmic divalent cation tolerance protein  43.27 
 
 
112 aa  87.4  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2000  CutA1 divalent ion tolerance protein  44.44 
 
 
127 aa  87  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.314038  normal  0.502944 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0286  CutA1 divalent ion tolerance protein  45.26 
 
 
114 aa  86.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.560656  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1673  CutA1 divalent ion tolerance protein  39.6 
 
 
121 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.478718  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0645  CutA1 divalent ion tolerance protein  45.54 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23326  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1044  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.16 
 
 
122 aa  86.3  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.402781  hitchhiker  0.00376288 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31390  uncharacterized protein involved in tolerance to divalent cations  38.46 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.473848 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3152  CutA1 divalent ion tolerance protein  41.24 
 
 
126 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.857846  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3199  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.38 
 
 
108 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581534 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2936  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.59 
 
 
106 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.157087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4624  CutA1 divalent ion tolerance protein  39.22 
 
 
116 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1739  hypothetical protein  40 
 
 
125 aa  82.8  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1490  periplasmic divalent cation tolerance protein cutA, putative  38 
 
 
106 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000459087  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03011  periplasmic divalent cation tolerance protein  44.34 
 
 
110 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3135  CutA1 divalent ion tolerance protein  37.38 
 
 
129 aa  83.2  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00931834  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0080  CutA1 divalent ion tolerance protein  41.24 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0078  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.59 
 
 
116 aa  82.8  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000144851 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2482  CutA1 divalent ion tolerance protein  48.96 
 
 
105 aa  82.4  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.634613  normal  0.126784 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0785  CutA1 divalent ion tolerance protein  37 
 
 
104 aa  81.6  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1598  CutA1 divalent ion tolerance protein  37.5 
 
 
105 aa  81.3  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0581  CutA1 divalent ion tolerance protein  38.61 
 
 
122 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.200726  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1378  CutA1 divalent ion tolerance protein  39.81 
 
 
108 aa  80.1  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.897354  normal  0.0284083 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1667  CutA1 divalent ion tolerance protein  41.18 
 
 
102 aa  80.1  0.000000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.024619 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0333  CutA1 divalent ion tolerance protein  41 
 
 
110 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.241952  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00920  uncharacterized protein involved in tolerance to divalent cations  37.38 
 
 
108 aa  79  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0011  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.59 
 
 
105 aa  79  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4326  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.2 
 
 
111 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9065  hypothetical protein  40.2 
 
 
110 aa  77.4  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4155  CutA1 divalent ion tolerance protein  42.42 
 
 
111 aa  77  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000487398  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2717  CutA1 divalent ion tolerance protein  38 
 
 
106 aa  77  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.583537  normal  0.620046 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1133  CutA1 divalent ion tolerance protein  48.48 
 
 
105 aa  77  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_002936  DET1589  divalent cation tolerance protein CutA  42.16 
 
 
114 aa  76.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008009  Acid345_1750  CutA1 divalent ion tolerance protein  37.76 
 
 
105 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1337  CutA1 divalent ion tolerance protein  40.2 
 
 
114 aa  76.3  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0544712  n/a   
 
 
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NC_013457  VEA_000176  periplasmic divalent cation tolerance protein cutA  37 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.444821  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_0504  divalent-cation tolerance protein CutA  37.11 
 
 
110 aa  75.5  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010513  Xfasm12_1690  periplasmic divalent cation tolerance protein  46.94 
 
 
112 aa  75.5  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0635803  n/a   
 
 
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NC_010577  XfasM23_1621  CutA1 divalent ion tolerance protein  46.94 
 
 
112 aa  75.5  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.178296  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_3534  divalent-cation tolerance protein CutA  36 
 
 
126 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_3226  CutA1 divalent ion tolerance protein  35.58 
 
 
172 aa  74.7  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508585  normal  0.268666 
 
 
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NC_008254  Meso_0665  CutA1 divalent ion tolerance protein  34.91 
 
 
111 aa  74.3  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013223  Dret_0828  CutA1 divalent ion tolerance protein  31.13 
 
 
116 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.359772 
 
 
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NC_008599  CFF8240_1082  threonine synthase  31.68 
 
 
580 aa  73.9  0.0000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000183977  n/a   
 
 
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NC_007355  Mbar_A3115  divalent cation tolerance protein  38.38 
 
 
105 aa  73.2  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0820083  normal  0.881647 
 
 
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NC_007796  Mhun_3194  CutA1 divalent ion tolerance protein  37 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
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NC_008576  Mmc1_0244  CutA1 divalent ion tolerance protein  37.5 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00963425  normal 
 
 
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NC_009719  Plav_2702  CutA1 divalent ion tolerance protein  33.33 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4606  divalent-cation tolerance protein CutA  36.08 
 
 
112 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00265756  normal  0.599029 
 
 
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NC_011353  ECH74115_5653  divalent-cation tolerance protein CutA  36.08 
 
 
112 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000216673  normal  0.759163 
 
 
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