108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1258 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1258  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0524516  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1230  hypothetical protein  65.53 
 
 		 206 aa  283  9e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.833098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1301  hypothetical protein  65.53 
 
 		 206 aa  283  9e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.311769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1231  hypothetical protein  65.53 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.50752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1118  hypothetical protein  72.33 
 
 		 206 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.587767  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3310  hypothetical protein  65.53 
 
 		 206 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1292  tetratricopeptide TPR_4  65.22 
 
 		 207 aa  269  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0753311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3003  hypothetical protein  64.56 
 
 		 206 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0205779  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3146  hypothetical protein  64.56 
 
 		 206 aa  268  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.895231  normal  0.0225255 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1375  hypothetical protein  64.08 
 
 		 206 aa  268  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.684089  normal  0.473029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2988  hypothetical protein  64.08 
 
 		 206 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255853  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2650  hypothetical protein  62.62 
 
 		 206 aa  262  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2363  hypothetical protein  61.17 
 
 		 206 aa  249  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00228748  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1546  tetratricopeptide TPR_4  63.11 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1434  tetratricopeptide TPR_4  63.11 
 
 		 206 aa  239  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000778847  normal  0.941681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1307  tetratricopeptide TPR_4  62.5 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000516271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02979  putative membrane-associated protein with TPR-like domain  44.39 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.364491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3124  TPR-like domain-containing protein  43.82 
 
 		 207 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.304214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4250  hypothetical protein  38.24 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004347  hypothetical protein  41.35 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01069  hypothetical protein  37.86 
 
 		 204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0290  hypothetical protein  38.16 
 
 		 204 aa  118  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1170  hypothetical protein  32.2 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00566942  normal  0.310853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2715  hypothetical protein  34.45 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2778  hypothetical protein  34.45 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2759  hypothetical protein  34.45 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.248467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2672  hypothetical protein  34.45 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2889  hypothetical protein  34.45 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.696128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3737  hypothetical protein  33.5 
 
 		 206 aa  102  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02405  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.23251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1155  conserved hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0910904  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02367  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.350495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2664  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00194573  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2797  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00154022  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1164  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.122188  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2665  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.296084 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2888  hypothetical protein  33.01 
 
 		 206 aa  101  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0840706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3007  hypothetical protein  31.25 
 
 		 206 aa  98.6  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1358  hypothetical protein  31.13 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000250297 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3607  hypothetical protein  34.43 
 
 		 206 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.55841 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2735  hypothetical protein  30.37 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1483  hypothetical protein  32.69 
 
 		 224 aa  92  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1500  hypothetical protein  32.21 
 
 		 224 aa  90.5  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2856  hypothetical protein  30.81 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.750067  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1331  hypothetical protein  32.04 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1188  hypothetical protein  31.1 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.358508  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0416  hypothetical protein  31.1 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000879075 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1295  hypothetical protein  31.1 
 
 		 211 aa  88.6  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1313  hypothetical protein  33.49 
 
 		 214 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1392  hypothetical protein  31.49 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3012  hypothetical protein  32.84 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1120  hypothetical protein  32.7 
 
 		 206 aa  87  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14900  hypothetical protein  33.02 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2890  hypothetical protein  33.49 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0731  putative outer membrane protein  35.24 
 
 		 203 aa  85.9  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4599  hypothetical protein  33.18 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0736  Protein of unknown function DUF2133  33.68 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.78252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2047  tetratricopeptide repeat family protein  29.19 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.732509  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1436  hypothetical protein  30.1 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.136443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3498  hypothetical protein  34.3 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40270  YfgM-like protein  33.49 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118551  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0855  hypothetical protein  32.23 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0885  hypothetical protein  32.23 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.17332  normal  0.505215 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1260  Protein of unknown function DUF2133  31.37 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.216797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1250  hypothetical protein  34.13 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.198007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0898  hypothetical protein  32.7 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.930556  hitchhiker  0.00000414617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4323  hypothetical protein  32.7 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000219277 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1436  hypothetical protein  34.13 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.279934  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1616  hypothetical protein  30.11 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000798521 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0406  hypothetical protein  24.37 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2104  hypothetical protein  29.38 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155283  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1787  hypothetical protein  28.42 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1217  hypothetical protein  27.14 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.468458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5017  hypothetical protein  31.11 
 
 		 227 aa  62  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0329961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1129  hypothetical protein  30.77 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2375  hypothetical protein  27.91 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.526802  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1153  hypothetical protein  25.24 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.584457  normal  0.680719 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2983  putative transmembrane protein  31.02 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1061  hypothetical protein  25.24 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1874  hypothetical protein  26.11 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.426873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0596  hypothetical protein  26.19 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.383921 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1465  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.779591  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3388  hypothetical protein  30 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1994  hypothetical protein  27.42 
 
 		 228 aa  53.9  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702697  normal  0.0755964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5111  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0623  hypothetical protein  23.96 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1418  hypothetical protein  26.21 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0108097 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1607  hypothetical protein  27.75 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0731714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1935  hypothetical protein  27.75 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0820  hypothetical protein  27.54 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.187346  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1253  hypothetical protein  26.57 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.407109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1172  hypothetical protein  29.19 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1660  hypothetical protein  26.67 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.324034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2305  hypothetical protein  23.89 
 
 		 240 aa  49.3  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226519  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2539  hypothetical protein  25.24 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0300828  hitchhiker  0.00124926 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2606  hypothetical protein  26.11 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.328129  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6269  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.451549  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1748  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1810  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1834  hypothetical protein  26.21 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.635423 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>