237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0860 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0860  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 102 aa  202  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 126 aa  77  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  38.71 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  39.36 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  35.87 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  72  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  43.96 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  35.87 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01301  ribosome-binding factor A  35.42 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.665223  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01291  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.774457  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  41.76 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 116 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  34.04 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.56 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  34.41 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  34.69 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  34.07 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  30.11 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  32.97 
 
 		 116 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  27.96 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  36.73 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  32.97 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0115  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  34.04 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  34.04 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  34.04 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  31.96 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  36.56 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4642  ribosome-binding factor A  32.98 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  37.63 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  29.03 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  31.07 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  31.91 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  31.18 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  39.36 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  32.65 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 122 aa  57  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 122 aa  57  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  32.32 
 
 		 132 aa  57  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 126 aa  57  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  30.11 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  33.68 
 
 		 123 aa  57  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  25.25 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  27.96 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  32.29 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  33.68 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231797  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0901  hypothetical protein  35.48 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  30.85 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 123 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0955  ribosome-binding factor A  31.52 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.676636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  33.72 
 
 		 123 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  33.67 
 
 		 122 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  28.42 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  29.59 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  33.71 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  27.08 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  36.17 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  24.24 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  30.43 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>