More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4732 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4732  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  100 
 
 
480 aa  936    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708423  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1358  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  91.19 
 
 
481 aa  831    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199626  normal  0.187922 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4060  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  75.69 
 
 
480 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1337  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  91.6 
 
 
481 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210293  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1700  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  63.6 
 
 
486 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282324  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1747  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  63.54 
 
 
486 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3121  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.55 
 
 
513 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0441802  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2558  NADH dehydrogenase subunit M  42.71 
 
 
509 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1010  NADH dehydrogenase subunit M  42.16 
 
 
514 aa  349  8e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29860  NADH dehydrogenase subunit M  42.51 
 
 
509 aa  348  9e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000573313  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02202  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.786903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1380  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1375  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.905412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2570  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02162  hypothetical protein  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2431  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2426  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3416  NADH dehydrogenase subunit M  41.38 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2653  NADH dehydrogenase subunit M  41.25 
 
 
509 aa  342  7e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1503  NADH dehydrogenase subunit M  41.12 
 
 
511 aa  341  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2761  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  338  9e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1465  NADH dehydrogenase subunit M  40.17 
 
 
510 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1571  NADH dehydrogenase subunit M  40.17 
 
 
510 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1805  NADH dehydrogenase subunit M  40.17 
 
 
510 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.168858 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3297  NADH dehydrogenase subunit M  39.75 
 
 
509 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.416453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2545  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 
509 aa  336  7e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2423  NADH dehydrogenase subunit M  42.94 
 
 
509 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2456  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 
509 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2556  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 
509 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2539  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  334  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2501  NADH dehydrogenase subunit M  40.95 
 
 
509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2663  NADH dehydrogenase subunit M  40.95 
 
 
509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1348  NADH dehydrogenase I, M subunit  43.42 
 
 
489 aa  332  1e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.467461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0595  NADH dehydrogenase subunit M  40.44 
 
 
541 aa  330  2e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000354161  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28550  NADH dehydrogenase subunit M  42.33 
 
 
509 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0584  NADH dehydrogenase subunit M  40.04 
 
 
541 aa  330  3e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2821  NADH dehydrogenase subunit M  40.74 
 
 
509 aa  327  4.0000000000000003e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1862  NADH dehydrogenase subunit M  43.7 
 
 
510 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.485949  normal  0.0328463 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1405  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
532 aa  326  5e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1024  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.72 
 
 
500 aa  324  2e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.272198  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1116  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.13 
 
 
493 aa  318  1e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3614  NADH dehydrogenase subunit M  43.29 
 
 
510 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166771  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1109  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.51 
 
 
505 aa  317  3e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3702  NADH dehydrogenase subunit M  43.06 
 
 
510 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.65414  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1688  NADH dehydrogenase subunit M  38.61 
 
 
577 aa  315  9e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.694136  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4130  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1735  NADH dehydrogenase subunit M  42.86 
 
 
510 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00591275  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3208  NADH dehydrogenase subunit M  43.59 
 
 
510 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.281414  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2871  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.38 
 
 
537 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0408599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3376  NADH dehydrogenase I, M subunit  43.59 
 
 
510 aa  312  9e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3814  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.55 
 
 
490 aa  300  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0370  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.5 
 
 
507 aa  293  6e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.5 
 
 
519 aa  282  9e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0314  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.58 
 
 
493 aa  281  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0707  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42 
 
 
493 aa  282  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.296941  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.89 
 
 
535 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.4 
 
 
525 aa  280  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  34.3 
 
 
522 aa  276  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.3 
 
 
535 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.35 
 
 
497 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.92 
 
 
491 aa  271  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3430  NADH dehydrogenase I, M subunit  38.57 
 
 
496 aa  270  4e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2553  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.23 
 
 
504 aa  270  5e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.668765  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1304  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.08 
 
 
521 aa  269  7e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278041  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  33.47 
 
 
489 aa  266  5e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2202  NADH dehydrogenase subunit M  35.71 
 
 
488 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.866282  normal  0.474832 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0171  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.35 
 
 
496 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1952  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.6 
 
 
507 aa  265  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0417902  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1879  NADH dehydrogenase subunit M  35.51 
 
 
488 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.493129  normal  0.822984 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2050  NADH dehydrogenase subunit M  34.37 
 
 
488 aa  265  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.232549  normal  0.0955875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  36.72 
 
 
514 aa  264  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.85 
 
 
501 aa  261  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  36.45 
 
 
502 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01299  NADH dehydrogenase subunit M  35.76 
 
 
491 aa  260  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.648189  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2618  NADH-quinone oxidoreductase, M subunit  34.99 
 
 
494 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2245  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.99 
 
 
494 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000177754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  36.28 
 
 
506 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2819  NADH dehydrogenase subunit M  35.66 
 
 
502 aa  260  5.0000000000000005e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3286  NADH dehydrogenase subunit M  34.57 
 
 
505 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573256  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1328  NADH dehydrogenase subunit M  35.02 
 
 
515 aa  259  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0365587 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2882  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  35.91 
 
 
534 aa  259  8e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139376  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1605  NADH dehydrogenase (ubiquinone), M subunit  34.05 
 
 
506 aa  259  8e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1367  NADH dehydrogenase subunit M  34.83 
 
 
504 aa  259  8e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73718  normal  0.0186615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0973  NADH dehydrogenase subunit M  34.15 
 
 
488 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0836349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  35.9 
 
 
494 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2232  NADH dehydrogenase subunit M  33.75 
 
 
513 aa  257  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.92 
 
 
535 aa  257  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  34.72 
 
 
505 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2049  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  32.92 
 
 
495 aa  257  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  36.26 
 
 
502 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0961  NADH dehydrogenase subunit M  35.24 
 
 
494 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0280946  normal  0.49186 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  36.8 
 
 
502 aa  256  5e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0939  NADH dehydrogenase subunit M  33.68 
 
 
488 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.573933  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  36.24 
 
 
512 aa  256  5e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0558  NADH-quinone oxidoreductase chain M  33.62 
 
 
506 aa  256  6e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1273  NADH dehydrogenase subunit M  35.7 
 
 
503 aa  256  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218995  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0720  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.4 
 
 
504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.362005  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1567  NADH dehydrogenase subunit M  34.35 
 
 
510 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0145309  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1073  NADH dehydrogenase subunit M  35.01 
 
 
496 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.11 
 
 
507 aa  255  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>