More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4060 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4732  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  75.68 
 
 		 480 aa  700    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.708423  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1358  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  77.18 
 
 		 481 aa  711    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199626  normal  0.187922 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4060  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  100 
 
 		 480 aa  926    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1337  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  76.3 
 
 		 481 aa  705    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1700  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  63.88 
 
 		 486 aa  534  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1747  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  63.1 
 
 		 486 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.308611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1010  NADH dehydrogenase subunit M  41.96 
 
 		 514 aa  348  2e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1348  NADH dehydrogenase I, M subunit  45.61 
 
 		 489 aa  345  8e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.467461  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02202  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.786903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1380  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1375  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.905412 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3416  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2426  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2431  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02162  hypothetical protein  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2570  NADH dehydrogenase subunit M  41.18 
 
 		 509 aa  344  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29860  NADH dehydrogenase subunit M  42.09 
 
 		 509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000573313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2558  NADH dehydrogenase subunit M  42.09 
 
 		 509 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2653  NADH dehydrogenase subunit M  40.97 
 
 		 509 aa  342  9e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3121  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.56 
 
 		 513 aa  340  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0441802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3297  NADH dehydrogenase subunit M  40.37 
 
 		 509 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.416453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2501  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 		 509 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2545  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 		 509 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2663  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 		 509 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2556  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 		 509 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1805  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.168858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1465  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2456  NADH dehydrogenase subunit M  41.15 
 
 		 509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1503  NADH dehydrogenase subunit M  40.89 
 
 		 511 aa  334  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1571  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2761  NADH dehydrogenase subunit M  40.99 
 
 		 511 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28550  NADH dehydrogenase subunit M  41.31 
 
 		 509 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0595  NADH dehydrogenase subunit M  38.58 
 
 		 541 aa  330  3e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000354161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1109  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  46.19 
 
 		 505 aa  330  3e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0584  NADH dehydrogenase subunit M  38.58 
 
 		 541 aa  328  1.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2821  NADH dehydrogenase subunit M  40.12 
 
 		 509 aa  327  2.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2539  NADH dehydrogenase subunit M  40.29 
 
 		 511 aa  327  3e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1862  NADH dehydrogenase subunit M  41.94 
 
 		 510 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.485949  normal  0.0328463 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2423  NADH dehydrogenase subunit M  41.19 
 
 		 509 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2871  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.66 
 
 		 537 aa  322  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0408599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3614  NADH dehydrogenase subunit M  42.03 
 
 		 510 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.166771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1405  NADH dehydrogenase subunit M  40.58 
 
 		 532 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1116  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.99 
 
 		 493 aa  318  1e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1024  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.38 
 
 		 500 aa  318  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.272198  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3702  NADH dehydrogenase subunit M  42.36 
 
 		 510 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.65414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4130  NADH dehydrogenase subunit M  42.15 
 
 		 510 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1735  NADH dehydrogenase subunit M  42.15 
 
 		 510 aa  312  9e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00591275  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3208  NADH dehydrogenase subunit M  41.41 
 
 		 510 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.281414  normal  0.361431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3376  NADH dehydrogenase I, M subunit  41.61 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3814  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.25 
 
 		 490 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1688  NADH dehydrogenase subunit M  37.82 
 
 		 577 aa  306  6e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.694136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0370  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.79 
 
 		 507 aa  288  1e-76  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.34 
 
 		 525 aa  286  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0707  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.36 
 
 		 493 aa  283  6.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.296941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0314  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.93 
 
 		 493 aa  282  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  35.34 
 
 		 522 aa  279  8e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  37.05 
 
 		 502 aa  278  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.04 
 
 		 535 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.78 
 
 		 535 aa  277  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  34.07 
 
 		 519 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.04 
 
 		 497 aa  275  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  36.84 
 
 		 502 aa  274  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  36.96 
 
 		 494 aa  272  8.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  36.48 
 
 		 502 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.21 
 
 		 507 aa  271  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1328  NADH dehydrogenase subunit M  37.21 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0365587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2586  NADH dehydrogenase subunit M  35.29 
 
 		 505 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  0.933861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  35.08 
 
 		 505 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3286  NADH dehydrogenase subunit M  35.73 
 
 		 505 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573256  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.07 
 
 		 491 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3430  NADH dehydrogenase I, M subunit  38.89 
 
 		 496 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  34.72 
 
 		 489 aa  266  4e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2882  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  35.37 
 
 		 534 aa  266  5e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139376  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0171  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.88 
 
 		 496 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.27 
 
 		 535 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  35.36 
 
 		 514 aa  262  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  36.07 
 
 		 506 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1304  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.04 
 
 		 521 aa  261  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2529  NADH dehydrogenase subunit M  35.16 
 
 		 513 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0432269  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1992  NADH dehydrogenase subunit M  35.29 
 
 		 513 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1190  NADH dehydrogenase subunit M  35.16 
 
 		 513 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.602239  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1656  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.66 
 
 		 495 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.750988  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1952  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.81 
 
 		 507 aa  259  6e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0417902  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1273  NADH dehydrogenase subunit M  36.04 
 
 		 503 aa  259  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2232  NADH dehydrogenase subunit M  35.29 
 
 		 513 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2824  NADH-quinone oxidoreductase chain M  33.95 
 
 		 501 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2693  NADH-quinone oxidoreductase chain M  33.95 
 
 		 501 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2553  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.33 
 
 		 504 aa  258  2e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.668765  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5565  NADH dehydrogenase subunit M  36.83 
 
 		 496 aa  258  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0400022  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1040  NADH dehydrogenase subunit M  37.28 
 
 		 496 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.926201  normal  0.336803 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1073  NADH dehydrogenase subunit M  37.93 
 
 		 496 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  36.33 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1365  NADH dehydrogenase subunit M  36.26 
 
 		 503 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0725  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1817  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1311  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1448  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1142  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400671  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2237  NADH dehydrogenase subunit M  37.05 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.759454  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0425  NADH dehydrogenase subunit M  37.5 
 
 		 496 aa  257  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>