96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4691 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0830  citrate transporter  68.58 
 
 		 487 aa  638    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.857504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4691  putative permease  100 
 
 		 485 aa  934    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00173372  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0794  citrate transporter  70.91 
 
 		 491 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2569  Citrate transporter  70.72 
 
 		 484 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1395  citrate transporter  69.28 
 
 		 484 aa  587  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2437  citrate transporter  57.84 
 
 		 479 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1768  citrate transporter  51.53 
 
 		 481 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3347  citrate transporter  48.67 
 
 		 462 aa  438  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.916908  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4048  citrate transporter  52.05 
 
 		 461 aa  438  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0416  citrate transporter  49.49 
 
 		 464 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00414278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3642  citrate transporter  49.18 
 
 		 469 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.994424  normal  0.156784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13910  integral membrane permease/GntP family/citrate transporter  48.98 
 
 		 463 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00000614873  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1707  citrate transporter  45.36 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3440  Citrate transporter  47.13 
 
 		 521 aa  401  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1595  GntP family transporter  45.38 
 
 		 471 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.845191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1431  GntP family transporter  45.59 
 
 		 471 aa  389  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.68613  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10190  H+/gluconate symporter family protein  45.64 
 
 		 469 aa  384  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.438603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3481  hypothetical protein  49.55 
 
 		 452 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31169 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22430  H+/gluconate symporter family protein  45.57 
 
 		 483 aa  373  1e-102  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.399146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0751  hypothetical protein  41.76 
 
 		 459 aa  368  1e-100  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683587  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0768  hypothetical protein  41.54 
 
 		 459 aa  368  1e-100  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.402373  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01390  H+/gluconate symporter family protein  44.35 
 
 		 489 aa  364  2e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2686  permease  42.08 
 
 		 478 aa  325  1e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0422279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2707  integral membrane protein; gluconate transporter  41.65 
 
 		 478 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1629  citrate transporter  41.31 
 
 		 479 aa  315  9e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0518899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2333  hypothetical protein  38.34 
 
 		 479 aa  306  7e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0140317  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2203  hypothetical protein  39.08 
 
 		 479 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2046  citrate transporter  38.48 
 
 		 479 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.02921  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1268  citrate transporter  41.38 
 
 		 466 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2065  hypothetical protein  38.34 
 
 		 479 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2221  hypothetical protein  38.34 
 
 		 479 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.751134  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3078  hypothetical protein  40.76 
 
 		 463 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2249  hypothetical protein  38.13 
 
 		 479 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9907900000000003e-26 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2005  gluconate permease  38.13 
 
 		 479 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0226101  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3122  hypothetical protein  39.08 
 
 		 479 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000385329 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4755  citrate transporter  39.92 
 
 		 463 aa  301  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2251  hypothetical protein  37.92 
 
 		 466 aa  298  2e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.162052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2004  gluconate permease  38.68 
 
 		 479 aa  296  5e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000311316  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4323  Citrate transporter  41.93 
 
 		 463 aa  293  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.261698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3955  citrate transporter  41.93 
 
 		 463 aa  293  5e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2792  citrate transporter  41.79 
 
 		 463 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221695  normal  0.129925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2717  citrate transporter  42 
 
 		 463 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203556  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0583  citrate transporter  43.59 
 
 		 466 aa  290  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.242191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3074  citrate transporter  41.79 
 
 		 463 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.846868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1854  Citrate transporter  41.47 
 
 		 463 aa  290  4e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.761609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6939  Citrate transporter  41.34 
 
 		 466 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2650  citrate transporter  41.58 
 
 		 463 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0594  citrate transporter  39.02 
 
 		 463 aa  286  5e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2980  hypothetical protein  41.13 
 
 		 466 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2382  Citrate transporter  40.04 
 
 		 466 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.463878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4432  Citrate transporter  41.19 
 
 		 463 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.605428 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2789  Citrate transporter  39.62 
 
 		 466 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2001  citrate transporter  35.7 
 
 		 465 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0456  hypothetical protein  39.19 
 
 		 465 aa  277  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.259355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38580  hypothetical protein  42.7 
 
 		 463 aa  276  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3285  hypothetical protein  42.7 
 
 		 463 aa  275  9e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612003  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4278  citrate transporter  40.68 
 
 		 466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.991467  normal  0.456122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17600  membrane protein, D-beta-hydroxybutyrate permease  40.09 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3275  citrate transporter  40.37 
 
 		 495 aa  272  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143329  normal  0.0330596 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4742  citrate transporter  40.5 
 
 		 467 aa  272  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0564  citrate transporter  38.95 
 
 		 461 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5331  citrate transporter  40.38 
 
 		 467 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5530  citrate transporter  40.38 
 
 		 467 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4854  citrate transporter  40.46 
 
 		 467 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5401  citrate transporter  40.46 
 
 		 467 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.487736 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1666  citrate transporter family protein  38.79 
 
 		 463 aa  268  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0128  H+/gluconate symporter family protein  40.71 
 
 		 467 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1244  YxjC protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460946  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0362  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140777  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0395  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.202442  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3009  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000107347  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3728  hypothetical protein  40.69 
 
 		 463 aa  267  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1734  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0301594  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1545  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0375228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2892  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2211  hypothetical protein  40.63 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0293678  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2518  hypothetical protein  39.87 
 
 		 466 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0875463  normal  0.019888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0547  citrate transporter  39.66 
 
 		 463 aa  256  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104636 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2081  hypothetical protein  34.18 
 
 		 464 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2554  citrate transporter  35.2 
 
 		 457 aa  206  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000334363  hitchhiker  1.3683e-16 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02262  GntP family permease  44.13 
 
 		 428 aa  163  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.470308  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1979  citrate transporter  42.25 
 
 		 431 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.789189  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0963  citrate transporter family protein  41.82 
 
 		 141 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1012  citrate transporter family protein  41.82 
 
 		 141 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0122891  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0992  citrate transporter family protein  41.82 
 
 		 141 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0931  citrate transporter family protein  41.82 
 
 		 141 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0895  gluconate transporter  25.2 
 
 		 461 aa  55.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000913428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2508  gluconate transporter  33.67 
 
 		 502 aa  47.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47497  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0112  gluconate transporter  30.72 
 
 		 422 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4051  gluconate:H+ symporter (GntP) family protein  30.72 
 
 		 422 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2593  gluconate permease  32.82 
 
 		 421 aa  47  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3399  Citrate transporter  39.62 
 
 		 424 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000345783  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4082  gluconate:H+ symporter (GntP) family protein  31.45 
 
 		 422 aa  46.6  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.143116 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3134  inner membrane permease YgbN  34.25 
 
 		 454 aa  45.8  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1488  inner membrane permease YgbN  26.45 
 
 		 456 aa  45.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6324  CitMHS family citrate/H+ symporter  25.21 
 
 		 434 aa  43.9  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>