24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4379 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4379  ERCC4  100 
 
 		 190 aa  394  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0905  hypothetical protein  40.16 
 
 		 158 aa  99  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0333285  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1923  hypothetical protein  38.35 
 
 		 160 aa  96.7  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00139334  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3788  ERCC4 domain-containing protein  38.35 
 
 		 160 aa  96.7  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2422  hypothetical protein  35.97 
 
 		 159 aa  84  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0381334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3998  hypothetical protein  35.97 
 
 		 159 aa  84  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00055728  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0086  hypothetical protein  33.77 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.176439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2504  hypothetical protein  32.9 
 
 		 178 aa  81.3  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12549  hypothetical protein  27.33 
 
 		 463 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0306994 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2880  ERCC4 domain protein  30.94 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00644974  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5359  cyclic nucleotide-binding protein  29.49 
 
 		 321 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1208  Hef nuclease  25.83 
 
 		 938 aa  50.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.599416  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1786  ERCC4 domain protein  29.77 
 
 		 233 aa  47  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5189  ERCC4 domain-containing protein  27.5 
 
 		 325 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0726  ERCC4 domain-containing protein  30.4 
 
 		 219 aa  45.1  0.0006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1537  hypothetical protein  26.39 
 
 		 354 aa  44.7  0.0008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.578117  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1707  ERCC4 domain-containing protein  28.46 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0341786 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0374  ERCC4 domain-containing protein  29.69 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000467735 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0400  ERCC4 domain protein  26.67 
 
 		 221 aa  43.5  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0228  Hef nuclease  26.61 
 
 		 749 aa  41.6  0.007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0131  Hef nuclease  27.08 
 
 		 808 aa  41.6  0.007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00335055  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1418  Hef nuclease  27.05 
 
 		 751 aa  41.6  0.008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0813  Hef nuclease  27.34 
 
 		 745 aa  41.6  0.008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0382801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0920  Hef nuclease  27.05 
 
 		 769 aa  41.2  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>