More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4220 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4220  30S ribosomal protein S13  100 
 
 		 121 aa  247  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.624701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0623  30S ribosomal protein S13  90.08 
 
 		 121 aa  228  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0395  30S ribosomal protein S13  89.26 
 
 		 121 aa  227  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.280669  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0403  30S ribosomal protein S13  89.26 
 
 		 121 aa  227  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0498  30S ribosomal protein S13  90.08 
 
 		 121 aa  226  9e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5048  ribosomal protein S13  88.43 
 
 		 121 aa  224  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0342  30S ribosomal protein S13  88.43 
 
 		 121 aa  223  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.158727  hitchhiker  0.00039866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2304  30S ribosomal protein S13  87.6 
 
 		 121 aa  220  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.974192 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1044  30S ribosomal protein S13  83.47 
 
 		 121 aa  213  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3420  30S ribosomal protein S13  80.99 
 
 		 121 aa  207  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.610551  normal  0.118326 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3045  30S ribosomal protein S13  78.51 
 
 		 121 aa  206  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136567  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2609  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3753  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245707  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1947  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.659033  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3501  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3781  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3146  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.150463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3723  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0802348  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2816  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  204  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.162634  normal  0.184751 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0299  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0085038  normal  0.0728223 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0290  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3470  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  203  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.879267  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0350  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  203  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.10511 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2736  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  203  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0371  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  203  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.210535  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3621  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 		 121 aa  203  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00101768  hitchhiker  0.00000000100437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0272  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  202  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0236994 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0337  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  202  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220918  normal  0.0253305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3294  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3157  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  201  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3926  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 		 121 aa  201  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0789  30S ribosomal protein S13  72.88 
 
 		 125 aa  190  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0549018  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3315  30S ribosomal protein S13  75.44 
 
 		 120 aa  188  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0075  30S ribosomal protein S13  71.9 
 
 		 121 aa  186  9e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.679156  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2996  30S ribosomal protein S13  71.9 
 
 		 121 aa  186  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.387636 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2927  30S ribosomal protein S13  71.9 
 
 		 121 aa  185  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000215404 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0342  30S ribosomal protein S13  73.04 
 
 		 120 aa  185  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000749433  unclonable  0.0000000390706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3274  30S ribosomal protein S13  71.9 
 
 		 121 aa  185  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000858241 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0427  30S ribosomal protein S13  71.3 
 
 		 118 aa  182  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.137933 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0073  30S ribosomal protein S13  69.42 
 
 		 121 aa  180  5.0000000000000004e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.417836  hitchhiker  0.00000000329055 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0302  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 120 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000420412  hitchhiker  0.0000142456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1011  30S ribosomal protein S13  68.7 
 
 		 118 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000227796  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2302  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 		 118 aa  172  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408808  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0081  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  172  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000227347  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0253  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3737  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153865  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0221  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224904  unclonable  0.0000000000165465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0216  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000313091  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0221  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000205657  unclonable  0.0000000000430972 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2611  30S ribosomal protein S13  67.83 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.739873  normal  0.496335 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3502  30S ribosomal protein S13  67.83 
 
 		 118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000681032  hitchhiker  0.0000000766751 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4034  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000102079  unclonable  0.00000000000266347 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4148  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000162209  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0218  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000881294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0221  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185697  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0170  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000107267  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0192  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000985744  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0443  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  170  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.647246  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0344  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 		 118 aa  170  6.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000253424  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0235  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  169  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000771174  unclonable  0.00000829235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0206  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000458575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0305  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000481161  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0603  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101509  normal  0.555026 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0427  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.621258  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2303  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 118 aa  169  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0732212  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3893  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000123367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4297  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  168  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000201851  unclonable  0.0000000000355605 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4668  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  168  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000130627  unclonable  0.00000000812252 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0777  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  167  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0589032 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0180  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000423158  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0345  ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00933563  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3978  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.287475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3729  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  hitchhiker  0.00425653 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3613  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000260189  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3686  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0131343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3614  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105943  normal  0.48549 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04499  30S ribosomal protein S13  60.87 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.662464  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3784  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0191543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3721  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0277516  normal  0.14692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0741  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  165  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0141684  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001720  SSU ribosomal protein S13p (S18e)  64.91 
 
 		 118 aa  165  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000208001  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3800  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  165  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0251117  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4522  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  164  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153849  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09080  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.448669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0859  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2152  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  164  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000893121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5058  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  164  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000365808  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2147  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 		 118 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0234905  normal  0.437789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0648  ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4527  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.20573 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0836  30S ribosomal protein S13  61.02 
 
 		 119 aa  163  5.9999999999999996e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00960  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  163  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000508304  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.04 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053345  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2350  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3492  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957981  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3684  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000603669  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000695624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0351  30S ribosomal protein S13  66.09 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.069435  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3887  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 		 118 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00983662  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>