More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5048 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5048  ribosomal protein S13  100 
 
 
121 aa  244  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0623  30S ribosomal protein S13  92.56 
 
 
121 aa  227  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0498  30S ribosomal protein S13  92.56 
 
 
121 aa  226  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0395  30S ribosomal protein S13  90.08 
 
 
121 aa  224  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.280669  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0403  30S ribosomal protein S13  90.08 
 
 
121 aa  224  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0342  30S ribosomal protein S13  91.74 
 
 
121 aa  224  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.158727  hitchhiker  0.00039866 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4220  30S ribosomal protein S13  88.43 
 
 
121 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.624701  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2304  30S ribosomal protein S13  90.08 
 
 
121 aa  221  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.974192 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1044  30S ribosomal protein S13  86.78 
 
 
121 aa  218  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0299  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0085038  normal  0.0728223 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0290  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3045  30S ribosomal protein S13  80.17 
 
 
121 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136567  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1947  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.659033  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2609  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3753  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3470  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.879267  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3146  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.150463  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0272  30S ribosomal protein S13  78.51 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0236994 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3501  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2736  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3781  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0350  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.10511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0371  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.210535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3723  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  209  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0802348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3294  30S ribosomal protein S13  79.34 
 
 
121 aa  208  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2816  30S ribosomal protein S13  78.51 
 
 
121 aa  207  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.162634  normal  0.184751 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3157  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  206  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0337  30S ribosomal protein S13  77.69 
 
 
121 aa  206  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220918  normal  0.0253305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3621  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 
121 aa  206  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00101768  hitchhiker  0.00000000100437 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3420  30S ribosomal protein S13  80.99 
 
 
121 aa  203  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.610551  normal  0.118326 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3926  30S ribosomal protein S13  76.86 
 
 
121 aa  202  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0789  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
125 aa  195  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0549018  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3315  30S ribosomal protein S13  78.07 
 
 
120 aa  192  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2927  30S ribosomal protein S13  75.21 
 
 
121 aa  191  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000215404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2996  30S ribosomal protein S13  75.21 
 
 
121 aa  191  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.387636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3274  30S ribosomal protein S13  75.21 
 
 
121 aa  191  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000858241 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0075  30S ribosomal protein S13  71.9 
 
 
121 aa  189  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.679156  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0342  30S ribosomal protein S13  73.91 
 
 
120 aa  188  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000749433  unclonable  0.0000000390706 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0073  30S ribosomal protein S13  71.07 
 
 
121 aa  186  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.417836  hitchhiker  0.00000000329055 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0427  30S ribosomal protein S13  73.04 
 
 
118 aa  185  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.137933 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0302  30S ribosomal protein S13  69.17 
 
 
120 aa  182  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000420412  hitchhiker  0.0000142456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1011  30S ribosomal protein S13  71.3 
 
 
118 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000227796  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2611  30S ribosomal protein S13  71.3 
 
 
118 aa  178  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.739873  normal  0.496335 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3502  30S ribosomal protein S13  71.3 
 
 
118 aa  178  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000681032  hitchhiker  0.0000000766751 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0235  30S ribosomal protein S13  70.18 
 
 
118 aa  176  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000771174  unclonable  0.00000829235 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  175  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0344  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  175  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000253424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2302  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  174  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408808  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0081  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  172  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000227347  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0443  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  171  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.647246  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4668  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000130627  unclonable  0.00000000812252 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0253  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0221  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224904  unclonable  0.0000000000165465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0216  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000313091  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0221  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000205657  unclonable  0.0000000000430972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3737  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0170  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000107267  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4034  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000102079  unclonable  0.00000000000266347 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2350  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0221  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185697  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0192  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000985744  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0218  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000881294  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4148  30S ribosomal protein S13  69.3 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000162209  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0836  30S ribosomal protein S13  63.56 
 
 
119 aa  169  9e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00960  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  169  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000508304  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2303  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  168  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0732212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3978  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  168  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.287475  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2147  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0234905  normal  0.437789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0206  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  168  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000458575  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0345  ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  168  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00933563  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3800  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  168  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0251117  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0180  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  167  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000423158  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4297  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  167  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000201851  unclonable  0.0000000000355605 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0427  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  167  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.621258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09080  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  167  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.448669 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2152  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  167  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000893121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4522  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  167  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153849  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0859  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  167  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03149  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0567144  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053345  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3492  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957981  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000695624  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03100  hypothetical protein  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0375392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3593  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00190616  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3684  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000603669  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0415  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000337677  unclonable  0.000000013853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3781  30S ribosomal protein S13  65.79 
 
 
118 aa  166  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000117376  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0341  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  166  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000179312  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0777  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 
118 aa  166  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0589032 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04499  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 
118 aa  166  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.662464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0603  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  166  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101509  normal  0.555026 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0305  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000481161  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3893  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
118 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000123367  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0623  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
118 aa  165  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00994165  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0648  ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945062  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0416  30S ribosomal protein S13  65.25 
 
 
118 aa  165  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0392  30S ribosomal protein S13  65.25 
 
 
118 aa  165  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4527  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.20573 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5058  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
118 aa  165  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000365808  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0741  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
118 aa  165  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0141684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>