120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0565 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0259  hypothetical protein  86.55 
 
 		 405 aa  686    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.881975 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0565  protein of unknown function DUF610, YibQ  100 
 
 		 411 aa  819    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0165  protein of unknown function DUF610 YibQ  75.42 
 
 		 412 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0167  protein of unknown function DUF610, YibQ  65.61 
 
 		 412 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0526  protein of unknown function DUF610, YibQ  66.26 
 
 		 401 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.89558  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0450  hypothetical protein  63.68 
 
 		 400 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.182415  normal  0.743995 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0413  hypothetical protein  61.93 
 
 		 407 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.263106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4734  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.96 
 
 		 404 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00807968  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4224  protein of unknown function DUF610 YibQ  41.69 
 
 		 396 aa  260  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.658046  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2243  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.77 
 
 		 399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.192281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2286  protein of unknown function DUF610 YibQ  39.44 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.665446  normal  0.0682308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2561  protein of unknown function DUF610 YibQ  39.15 
 
 		 401 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0378408 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1471  protein of unknown function DUF610 YibQ  37.21 
 
 		 426 aa  223  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0097  protein of unknown function DUF610 YibQ  39.01 
 
 		 411 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3886  protein of unknown function DUF610 YibQ  33.75 
 
 		 397 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0615544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4210  protein of unknown function DUF610 YibQ  33.84 
 
 		 398 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.194815 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2797  protein of unknown function DUF610, YibQ  41.76 
 
 		 445 aa  192  8e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4301  hypothetical protein  38.28 
 
 		 398 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.31347  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1063  protein of unknown function DUF610 YibQ  35.82 
 
 		 407 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.450222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3450  protein of unknown function DUF610, YibQ  40.55 
 
 		 330 aa  189  5.999999999999999e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.177141  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3017  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.17 
 
 		 399 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4726  protein of unknown function DUF610 YibQ  41.74 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0150774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1231  hypothetical protein  35.53 
 
 		 582 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.253102  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3508  protein of unknown function DUF610, YibQ  32.42 
 
 		 482 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1893  hypothetical protein  33.63 
 
 		 432 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2160  protein of unknown function DUF610 YibQ  32.26 
 
 		 403 aa  106  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.820205  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2454  protein of unknown function DUF610 YibQ  31.58 
 
 		 315 aa  96.7  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000302345  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1447  hypothetical protein  30.54 
 
 		 256 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1250  hypothetical protein  30.54 
 
 		 256 aa  87  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1225  divergent polysaccharide deacetylase  30.54 
 
 		 256 aa  87  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1349  hypothetical protein  30.54 
 
 		 256 aa  87  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1422  hypothetical protein  30.54 
 
 		 256 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.010501 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1488  hypothetical protein  30.54 
 
 		 256 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1223  divergent polysaccharide deacetylase  30.54 
 
 		 259 aa  86.7  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00241511  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2867  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.54 
 
 		 433 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00589273  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1577  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.99 
 
 		 271 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0623724  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3062  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.15 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0317444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1888  protein of unknown function DUF610, YibQ  27.23 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.811898  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3959  hypothetical protein  28.95 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1248  protein of unknown function DUF610 YibQ  29.94 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1385  hypothetical protein  28.95 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1438  hypothetical protein  27.69 
 
 		 488 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0614604  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1402  protein of unknown function DUF610, YibQ  29.92 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.336614  hitchhiker  0.000448434 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1850  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.94 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000290484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1769  hypothetical protein  25.12 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0298619  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4393  hypothetical protein  28.37 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.355053  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1161  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.4 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1672  hypothetical protein  25.71 
 
 		 395 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0953681  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0902  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.79 
 
 		 327 aa  77.4  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3159  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.94 
 
 		 543 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0142078 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1919  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.51 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1057  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.36 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.3 
 
 		 476 aa  74.7  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0726  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.31 
 
 		 392 aa  73.6  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0042  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.89 
 
 		 251 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185934  hitchhiker  0.000313161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0040  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.89 
 
 		 251 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00288732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67820  hypothetical protein  27.73 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.640445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5870  hypothetical protein  27.73 
 
 		 258 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0048  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.89 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102958 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0924  protein of unknown function DUF610, YibQ  27.45 
 
 		 461 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.453399 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3030  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.04 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1253  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.04 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4473  protein of unknown function DUF610, YibQ  25 
 
 		 253 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00361162  hitchhiker  0.0000000426246 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3701  protein of unknown function DUF610, YibQ  25 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5110  protein of unknown function DUF610 YibQ  29.95 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0491  hypothetical protein  24.22 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0057  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.41 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3809  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.11 
 
 		 251 aa  66.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.69946  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0037  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.05 
 
 		 247 aa  66.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0406  protein of unknown function DUF610 YibQ  28.5 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4888  hypothetical protein  25.35 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3169  protein of unknown function DUF610, YibQ  25.82 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5330  hypothetical protein  25.11 
 
 		 260 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4023  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.41 
 
 		 238 aa  62.4  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.958404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3289  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.14 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4880  protein of unknown function DUF610 YibQ  23.85 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0046  hypothetical protein  23.94 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0895  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.23 
 
 		 490 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0461131  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5059  hypothetical protein  28.17 
 
 		 255 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1209  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.8 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4932  protein of unknown function DUF610, YibQ  28.17 
 
 		 255 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4031  divergent polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 320 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00871141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3986  divergent polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3905  divergent polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.573482  normal  0.446068 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3924  divergent polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4092  divergent polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2408  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.47 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000297515  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3609  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.39 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.73466  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1442  hypothetical protein  22.34 
 
 		 270 aa  55.8  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4335  hypothetical protein  22.64 
 
 		 251 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.936409  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0121  protein of unknown function DUF610, YibQ  22.54 
 
 		 314 aa  55.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0040  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.17 
 
 		 251 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4366  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.54 
 
 		 313 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4043  polysaccharide deacetylase family protein  21.65 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451562  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0044  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.17 
 
 		 251 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000152753 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4085  hypothetical protein  22.07 
 
 		 315 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0044  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.17 
 
 		 251 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.244614  unclonable  0.0000129234 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0091  protein of unknown function DUF610 YibQ  21.65 
 
 		 319 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4821  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.6 
 
 		 318 aa  53.9  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.674115  hitchhiker  0.000223669 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03423  hypothetical protein  21.65 
 
 		 319 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.511041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>