120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4301 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4301  hypothetical protein  100 
 
 		 398 aa  798    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.31347  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3886  protein of unknown function DUF610 YibQ  60.61 
 
 		 397 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0615544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4210  protein of unknown function DUF610 YibQ  59.39 
 
 		 398 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.194815 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3017  protein of unknown function DUF610 YibQ  55.97 
 
 		 399 aa  418  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3450  protein of unknown function DUF610, YibQ  52.96 
 
 		 330 aa  294  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.177141  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1063  protein of unknown function DUF610 YibQ  42.86 
 
 		 407 aa  286  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.450222  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1471  protein of unknown function DUF610 YibQ  41.51 
 
 		 426 aa  206  6e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0526  protein of unknown function DUF610, YibQ  37.72 
 
 		 401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.89558  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2243  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.18 
 
 		 399 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.192281 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4734  protein of unknown function DUF610 YibQ  37.63 
 
 		 404 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00807968  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0565  protein of unknown function DUF610, YibQ  39.59 
 
 		 411 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2286  protein of unknown function DUF610 YibQ  36.21 
 
 		 418 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.665446  normal  0.0682308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0450  hypothetical protein  35.66 
 
 		 400 aa  186  8e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.182415  normal  0.743995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2561  protein of unknown function DUF610 YibQ  36.21 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0378408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4224  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.53 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.658046  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0259  hypothetical protein  38.28 
 
 		 405 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.881975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2797  protein of unknown function DUF610, YibQ  40.38 
 
 		 445 aa  182  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0167  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.82 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0165  protein of unknown function DUF610 YibQ  41.43 
 
 		 412 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0413  hypothetical protein  36.23 
 
 		 407 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.263106 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4726  protein of unknown function DUF610 YibQ  37.55 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0150774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1231  hypothetical protein  34.14 
 
 		 582 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.253102  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0097  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.95 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1893  hypothetical protein  31.32 
 
 		 432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3508  protein of unknown function DUF610, YibQ  32.9 
 
 		 482 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2160  protein of unknown function DUF610 YibQ  36.82 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.820205  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3062  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.03 
 
 		 430 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0317444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2867  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.65 
 
 		 433 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00589273  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2454  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.85 
 
 		 315 aa  94  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000302345  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1672  hypothetical protein  28.9 
 
 		 395 aa  89.4  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0953681  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1438  hypothetical protein  27.99 
 
 		 488 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0614604  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1402  protein of unknown function DUF610, YibQ  27.98 
 
 		 350 aa  87.4  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.336614  hitchhiker  0.000448434 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3159  protein of unknown function DUF610 YibQ  27.73 
 
 		 543 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0142078 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0924  protein of unknown function DUF610, YibQ  27.75 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.453399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0491  hypothetical protein  25.81 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1850  protein of unknown function DUF610, YibQ  25.96 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000290484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.41 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0902  protein of unknown function DUF610, YibQ  28.82 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1888  protein of unknown function DUF610, YibQ  25.99 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.811898  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4888  hypothetical protein  24.69 
 
 		 260 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5330  hypothetical protein  24.8 
 
 		 260 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3030  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.68 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1253  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.68 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4393  hypothetical protein  26.11 
 
 		 259 aa  72.8  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.355053  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4473  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.35 
 
 		 253 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00361162  hitchhiker  0.0000000426246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0406  protein of unknown function DUF610 YibQ  26.82 
 
 		 259 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1769  hypothetical protein  25.87 
 
 		 290 aa  72  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0298619  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0895  protein of unknown function DUF610 YibQ  32.26 
 
 		 490 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0461131  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1057  protein of unknown function DUF610 YibQ  23.98 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3289  protein of unknown function DUF610 YibQ  28.11 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3169  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.85 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1447  hypothetical protein  25.74 
 
 		 256 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2567  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.66 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.245403  hitchhiker  0.00802538 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5870  hypothetical protein  26.54 
 
 		 258 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5110  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.91 
 
 		 259 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00545  hypothetical protein  27.52 
 
 		 253 aa  69.3  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.671314  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1488  hypothetical protein  25.74 
 
 		 256 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1250  hypothetical protein  25.4 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1223  divergent polysaccharide deacetylase  25.93 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00241511  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1225  divergent polysaccharide deacetylase  25.4 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1349  hypothetical protein  25.4 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1577  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.32 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0623724  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1422  hypothetical protein  25.4 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.010501 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1442  hypothetical protein  23.74 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0726  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.35 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67820  hypothetical protein  26.07 
 
 		 257 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.640445 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3959  hypothetical protein  24.61 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3701  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.74 
 
 		 245 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1385  hypothetical protein  24.87 
 
 		 256 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0330  hypothetical protein  25.69 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1209  protein of unknown function DUF610, YibQ  26.53 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0037  protein of unknown function DUF610, YibQ  25.45 
 
 		 247 aa  65.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4880  protein of unknown function DUF610 YibQ  24.78 
 
 		 251 aa  65.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1248  protein of unknown function DUF610 YibQ  24.08 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0040  protein of unknown function DUF610, YibQ  24.88 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00288732 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3809  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.96 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.69946  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0046  hypothetical protein  25.55 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0042  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.68 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185934  hitchhiker  0.000313161 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3986  divergent polysaccharide deacetylase  25.27 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4031  divergent polysaccharide deacetylase  25.27 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00871141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3905  divergent polysaccharide deacetylase  25.27 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.573482  normal  0.446068 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3924  divergent polysaccharide deacetylase  25.27 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4092  divergent polysaccharide deacetylase  25.27 
 
 		 320 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0073  divergent polysaccharide deacetylase  25.39 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2004  ferric-uptake regulator  23.98 
 
 		 483 aa  62  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4143  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.39 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5059  hypothetical protein  25.23 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0048  protein of unknown function DUF610, YibQ  23.98 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4932  protein of unknown function DUF610, YibQ  25.23 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1919  protein of unknown function DUF610 YibQ  25.29 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4821  protein of unknown function DUF610 YibQ  24.48 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.674115  hitchhiker  0.000223669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4085  hypothetical protein  22.61 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03472  predicted polysaccharide deacetylase  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03423  hypothetical protein  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.511041  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1580  polysaccharide deacetylase family protein  20.47 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3826  polysaccharide deacetylase family protein  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.686921  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4119  polysaccharide deacetylase family protein  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0094  protein of unknown function DUF610 YibQ  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3952  polysaccharide deacetylase family protein  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652766 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4987  polysaccharide deacetylase family protein  22.42 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>