37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4375 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4375  hypothetical protein  100 
 
 		 321 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.623348  normal  0.0519493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1193  hypothetical protein  68.54 
 
 		 327 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.867096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1065  hypothetical protein  66.98 
 
 		 327 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4984  Ribosomal small subunit Rsm22  63.66 
 
 		 322 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2609  hypothetical protein  59.77 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.782998  normal  0.345897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3231  methyltransferase type 12  58.63 
 
 		 356 aa  346  4e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2317  hypothetical protein  58.51 
 
 		 326 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1520  hypothetical protein  43.22 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1574  hypothetical protein  43.42 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1591  ribosomal small subunit Rsm22  40.44 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0197095  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1586  hypothetical protein  42.14 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3030  hypothetical protein  41.38 
 
 		 318 aa  215  7e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1532  Ribosomal small subunit Rsm22  38.49 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4032  methyltransferase type 11  40 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.541283  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2693  ribosomal small subunit Rsm22  38.87 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000108375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1138  ribosomal small subunit Rsm22  33.75 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.169783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3744  rRNA methylase-like protein  33.13 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177024 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2411  methyltransferase type 12  37.25 
 
 		 340 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.321714  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2135  Ribosomal small subunit Rsm22  43.12 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.3641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3860  Ribosomal small subunit Rsm22  41.49 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.713494  normal  0.163136 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33329  predicted protein  32.05 
 
 		 664 aa  68.2  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.335485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5894  Ribosomal small subunit Rsm22  30.41 
 
 		 394 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0431  Methyltransferase type 12  26.06 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0432  Methyltransferase type 12  26.06 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00390  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase, putative  34.09 
 
 		 1030 aa  57  0.0000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4168  ribosomal small subunit Rsm22  26.95 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202008  normal  0.1784 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0403  methyltransferase type 12  27.14 
 
 		 396 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04613  37S ribosomal protein Rsm22 (AFU_orthologue; AFUA_2G02290)  26.97 
 
 		 855 aa  54.3  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3565  ribosomal small subunit Rsm22  31.9 
 
 		 346 aa  53.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0396648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43745  predicted protein  28.06 
 
 		 585 aa  53.1  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0989203  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2712  hypothetical protein  28.02 
 
 		 576 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.837106  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1834  hypothetical protein  46.3 
 
 		 659 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0081  hypothetical protein  23.53 
 
 		 462 aa  49.3  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2077  hypothetical protein  42.31 
 
 		 982 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.183603 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0767  hypothetical protein  23.81 
 
 		 496 aa  43.9  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0145  hypothetical protein  22.95 
 
 		 467 aa  42.7  0.007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.459193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1399  Ribosomal small subunit Rsm22  31.18 
 
 		 973 aa  42.4  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>