35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3744 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3744  rRNA methylase-like protein  100 
 
 		 338 aa  681    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177024 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1138  ribosomal small subunit Rsm22  81.66 
 
 		 354 aa  567  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.169783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1591  ribosomal small subunit Rsm22  39.45 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0197095  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1520  hypothetical protein  38.53 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1574  hypothetical protein  38.23 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1532  Ribosomal small subunit Rsm22  35.49 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1193  hypothetical protein  37.2 
 
 		 327 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.867096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4984  Ribosomal small subunit Rsm22  36.2 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1065  hypothetical protein  37.23 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2693  ribosomal small subunit Rsm22  38.65 
 
 		 326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000108375  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2609  hypothetical protein  34.46 
 
 		 348 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.782998  normal  0.345897 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3030  hypothetical protein  34.88 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4032  methyltransferase type 11  38.07 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.541283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3231  methyltransferase type 12  36.17 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1586  hypothetical protein  34.15 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4375  hypothetical protein  33.89 
 
 		 321 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.623348  normal  0.0519493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2317  hypothetical protein  34.36 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2411  methyltransferase type 12  33.64 
 
 		 340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.321714  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2135  Ribosomal small subunit Rsm22  35.93 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.3641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3860  Ribosomal small subunit Rsm22  34.97 
 
 		 327 aa  123  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.713494  normal  0.163136 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33329  predicted protein  31.68 
 
 		 664 aa  74.7  0.000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.335485 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43745  predicted protein  28.97 
 
 		 585 aa  65.9  0.0000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0989203  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2712  hypothetical protein  30.56 
 
 		 576 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.837106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5894  Ribosomal small subunit Rsm22  30.98 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04613  37S ribosomal protein Rsm22 (AFU_orthologue; AFUA_2G02290)  28.29 
 
 		 855 aa  60.8  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00390  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase, putative  33.67 
 
 		 1030 aa  59.7  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2077  hypothetical protein  31.58 
 
 		 982 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.183603 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1399  Ribosomal small subunit Rsm22  31.03 
 
 		 973 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4168  ribosomal small subunit Rsm22  28.3 
 
 		 417 aa  49.3  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202008  normal  0.1784 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0431  Methyltransferase type 12  30.2 
 
 		 430 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0403  methyltransferase type 12  35.96 
 
 		 396 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0618  Ribosomal small subunit Rsm22  23.95 
 
 		 459 aa  47.4  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0432  Methyltransferase type 12  30.2 
 
 		 418 aa  47.4  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2131  hypothetical protein  27.87 
 
 		 509 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1834  hypothetical protein  41.51 
 
 		 659 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>