35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1065 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1065  hypothetical protein  100 
 
 		 327 aa  651    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1193  hypothetical protein  82.26 
 
 		 327 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.867096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4984  Ribosomal small subunit Rsm22  75.08 
 
 		 322 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4375  hypothetical protein  67.99 
 
 		 321 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.623348  normal  0.0519493 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2609  hypothetical protein  57.56 
 
 		 348 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.782998  normal  0.345897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3231  methyltransferase type 12  58.38 
 
 		 356 aa  334  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2317  hypothetical protein  59.88 
 
 		 326 aa  318  7e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1520  hypothetical protein  42.95 
 
 		 321 aa  242  7e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1574  hypothetical protein  42.63 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1591  ribosomal small subunit Rsm22  41.3 
 
 		 323 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0197095  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1586  hypothetical protein  41.38 
 
 		 325 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1532  Ribosomal small subunit Rsm22  39.13 
 
 		 336 aa  224  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3030  hypothetical protein  40.5 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4032  methyltransferase type 11  41.19 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.541283  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2693  ribosomal small subunit Rsm22  38.86 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000108375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1138  ribosomal small subunit Rsm22  37.54 
 
 		 354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.169783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3744  rRNA methylase-like protein  37.23 
 
 		 338 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000177024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2135  Ribosomal small subunit Rsm22  43.17 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.3641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2411  methyltransferase type 12  37.85 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.321714  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3860  Ribosomal small subunit Rsm22  39.09 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.713494  normal  0.163136 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33329  predicted protein  29.6 
 
 		 664 aa  71.2  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.335485 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00390  3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase, putative  23.57 
 
 		 1030 aa  66.2  0.0000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4168  ribosomal small subunit Rsm22  31.3 
 
 		 417 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202008  normal  0.1784 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0432  Methyltransferase type 12  27.97 
 
 		 418 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0403  methyltransferase type 12  27.97 
 
 		 396 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0431  Methyltransferase type 12  27.97 
 
 		 430 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43745  predicted protein  28.4 
 
 		 585 aa  57.4  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0989203  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1834  hypothetical protein  44.44 
 
 		 659 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04613  37S ribosomal protein Rsm22 (AFU_orthologue; AFUA_2G02290)  24.67 
 
 		 855 aa  53.1  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1399  Ribosomal small subunit Rsm22  35.71 
 
 		 973 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3565  ribosomal small subunit Rsm22  37.65 
 
 		 346 aa  50.4  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0396648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2712  hypothetical protein  26.34 
 
 		 576 aa  50.1  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.837106  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0081  hypothetical protein  30.16 
 
 		 462 aa  47.8  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2077  hypothetical protein  30 
 
 		 982 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.183603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5894  Ribosomal small subunit Rsm22  28.41 
 
 		 394 aa  43.5  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>