68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1892 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1892  citrate utilization protein B  100 
 
 		 372 aa  738    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.494216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2322  citrate utilization protein B  60.45 
 
 		 376 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3176  citrate utilization protein B  64.67 
 
 		 379 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2382  CitB domain protein  59.1 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4212  putative citrate utilization protein B (citB)  44.29 
 
 		 372 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.762767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8555  CitB domain protein  44.41 
 
 		 398 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.388597  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3552  CitB domain-containing protein  46.05 
 
 		 370 aa  288  9e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2987  hypothetical protein  46.31 
 
 		 389 aa  275  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.244128  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2503  putative ferredoxin  42.29 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.232616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3134  CitB domain protein  41.58 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.870392  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4211  Citrate utilization protein B  41.1 
 
 		 390 aa  258  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5625  CitB domain protein  40.11 
 
 		 404 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5147  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  42.09 
 
 		 403 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276301  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6302  CitB domain-containing protein  39.78 
 
 		 400 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5879  CitB domain-containing protein  40.05 
 
 		 404 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4071  CitB domain-containing protein  40 
 
 		 408 aa  255  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2275  CitB domain-containing protein  41.11 
 
 		 365 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.363441 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6133  CitB domain-containing protein  40.97 
 
 		 368 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3814  CitB domain-containing protein  39.23 
 
 		 394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3416  CitB domain protein  39.45 
 
 		 408 aa  248  8e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0793  CitB domain-containing protein  39.84 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6016  CitB domain-containing protein  42.23 
 
 		 404 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.66746 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0810  citrate utilization protein B  38.13 
 
 		 379 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.972731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0749  citrate utilization protein B  38.67 
 
 		 379 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0797  citrate utilization protein B  38.67 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0737  citrate utilization protein B  38.67 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.580161  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0846  citrate utilization protein B  38.4 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2723  CitB domain-containing protein  39.83 
 
 		 372 aa  232  9e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0640  citrate utilization protein B  40.42 
 
 		 395 aa  232  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3489  citrate utilization protein B  38.61 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57381  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3857  CitB domain-containing protein  35.79 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000315554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2087  CitB domain-containing protein  37.19 
 
 		 389 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0934488  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0620  citrate utilization protein B  38.66 
 
 		 388 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0035  heterodisulfide reductase, putative  21.3 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000417872  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1113  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  22.45 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0397617  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1834  heterodisulfide reductase, putative  20.72 
 
 		 391 aa  53.9  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0759481  normal  0.0501032 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0454  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  23.08 
 
 		 395 aa  53.5  0.000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0898  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.49 
 
 		 429 aa  51.6  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1582  heterodisulfide reductase, putative  19.95 
 
 		 392 aa  50.4  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00374998  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0295  hypothetical protein  30.49 
 
 		 399 aa  50.1  0.00006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.630234 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0269  hypothetical protein  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0539  hypothetical protein  28.89 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835661  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0301  hypothetical protein  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1449  hypothetical protein  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214428  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1646  hypothetical protein  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277517  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2490  hypothetical protein  31.25 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0922  putative ferredoxin  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2628  hypothetical protein  30.49 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3639  anaerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  29.21 
 
 		 456 aa  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000820206 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1107  putative ferredoxin  29.41 
 
 		 442 aa  47.8  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0158261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2097  putative ferredoxin  27.85 
 
 		 449 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.263757 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2896  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.65 
 
 		 384 aa  47.4  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.217971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1963  quinone-interacting membrane-bound oxidoreductase complex subunit C  22.65 
 
 		 407 aa  46.6  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4115  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.96 
 
 		 445 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3719  Fe-S oxidoreductase-like protein  31.71 
 
 		 445 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.320551 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3201  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.43 
 
 		 408 aa  45.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1846  putative ferredoxin  32.53 
 
 		 443 aa  45.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000698817  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4923  Fe-S oxidoreductase-like protein  28.89 
 
 		 445 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0114822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2374  putative ferredoxin  29.11 
 
 		 466 aa  44.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.790506  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4547  Fe-S oxidoreductase-like  27.83 
 
 		 445 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.975746  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3816  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.83 
 
 		 445 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3708  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.83 
 
 		 445 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3715  putative ferredoxin  29.11 
 
 		 449 aa  44.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0539693  normal  0.153427 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0836  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  26.15 
 
 		 447 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000205692  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2280  Fe-S oxidoreductase-like  30.49 
 
 		 445 aa  43.9  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2673  putative ferredoxin  27.71 
 
 		 454 aa  43.9  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5542  Fe-S oxidoreductase-like protein  29.27 
 
 		 445 aa  43.1  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1829  hypothetical protein  26.13 
 
 		 437 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.751801  normal  0.279512 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>