60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0620 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0620  citrate utilization protein B  100 
 
 		 388 aa  775    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4071  CitB domain-containing protein  70.11 
 
 		 408 aa  499  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3814  CitB domain-containing protein  72.61 
 
 		 394 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3416  CitB domain protein  69.84 
 
 		 408 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0793  CitB domain-containing protein  68.02 
 
 		 403 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3489  citrate utilization protein B  66.05 
 
 		 388 aa  457  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57381  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2087  CitB domain-containing protein  63.66 
 
 		 389 aa  438  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0934488  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0640  citrate utilization protein B  65.48 
 
 		 395 aa  424  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2503  putative ferredoxin  59.83 
 
 		 404 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.232616 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5625  CitB domain protein  59.28 
 
 		 404 aa  418  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3134  CitB domain protein  61.31 
 
 		 408 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.870392  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5879  CitB domain-containing protein  59.28 
 
 		 404 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6302  CitB domain-containing protein  57.51 
 
 		 400 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4211  Citrate utilization protein B  62.05 
 
 		 390 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6016  CitB domain-containing protein  59.94 
 
 		 404 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.66746 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6133  CitB domain-containing protein  59.56 
 
 		 368 aa  401  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0797  citrate utilization protein B  57.26 
 
 		 379 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0749  citrate utilization protein B  57.26 
 
 		 379 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762495 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0810  citrate utilization protein B  56.99 
 
 		 379 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.972731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0846  citrate utilization protein B  56.99 
 
 		 379 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0737  citrate utilization protein B  57.26 
 
 		 379 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.580161  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5147  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  60.39 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276301  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3857  CitB domain-containing protein  53.41 
 
 		 377 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000315554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4212  putative citrate utilization protein B (citB)  43.56 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.762767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8555  CitB domain protein  42.22 
 
 		 398 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.388597  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2275  CitB domain-containing protein  42.42 
 
 		 365 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.363441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2723  CitB domain-containing protein  41.53 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2322  citrate utilization protein B  37.88 
 
 		 376 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3552  CitB domain-containing protein  35.18 
 
 		 370 aa  216  4e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2382  CitB domain protein  35.45 
 
 		 378 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1892  citrate utilization protein B  38.66 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.494216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2987  hypothetical protein  40.68 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.244128  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3176  citrate utilization protein B  35.46 
 
 		 379 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1582  heterodisulfide reductase, putative  24.29 
 
 		 392 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00374998  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0035  heterodisulfide reductase, putative  23.65 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000417872  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1834  heterodisulfide reductase, putative  24.48 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0759481  normal  0.0501032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3201  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  24.6 
 
 		 408 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2125  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  25.71 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1963  quinone-interacting membrane-bound oxidoreductase complex subunit C  23.8 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829701 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1001  heterodisulfide reductase, putative  23.18 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.284636  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1113  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  22.95 
 
 		 384 aa  53.1  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0397617  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2896  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.58 
 
 		 384 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.217971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0836  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  27.78 
 
 		 447 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000205692  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0898  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  24.48 
 
 		 429 aa  51.2  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1107  putative ferredoxin  26.32 
 
 		 442 aa  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0158261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3715  putative ferredoxin  29.79 
 
 		 449 aa  49.7  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0539693  normal  0.153427 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0454  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  26.42 
 
 		 395 aa  47.4  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2374  putative ferredoxin  26.14 
 
 		 466 aa  47.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.790506  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0295  hypothetical protein  28.4 
 
 		 399 aa  46.6  0.0007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.630234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4115  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.97 
 
 		 445 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0419  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  25.15 
 
 		 450 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4923  Fe-S oxidoreductase-like protein  28.09 
 
 		 445 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0114822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2097  putative ferredoxin  28.24 
 
 		 449 aa  45.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.263757 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2673  putative ferredoxin  22.22 
 
 		 454 aa  44.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5542  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.97 
 
 		 445 aa  43.5  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4547  Fe-S oxidoreductase-like  26.97 
 
 		 445 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.975746  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3816  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.97 
 
 		 445 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0813  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  27.06 
 
 		 455 aa  43.1  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3639  anaerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  27.52 
 
 		 456 aa  43.1  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000820206 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3708  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.97 
 
 		 445 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>