73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3176 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3176  citrate utilization protein B  100 
 
 		 379 aa  748    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2322  citrate utilization protein B  70.34 
 
 		 376 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2382  CitB domain protein  66 
 
 		 378 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1892  citrate utilization protein B  63.73 
 
 		 372 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.494216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3552  CitB domain-containing protein  45.21 
 
 		 370 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2987  hypothetical protein  49.43 
 
 		 389 aa  289  7e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.244128  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4212  putative citrate utilization protein B (citB)  43.01 
 
 		 372 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.762767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0749  citrate utilization protein B  44.26 
 
 		 379 aa  275  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762495 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0737  citrate utilization protein B  44.26 
 
 		 379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.580161  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8555  CitB domain protein  43.3 
 
 		 398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.388597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0810  citrate utilization protein B  44.26 
 
 		 379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.972731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0797  citrate utilization protein B  44.26 
 
 		 379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0846  citrate utilization protein B  43.99 
 
 		 379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3134  CitB domain protein  42.28 
 
 		 408 aa  269  7e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.870392  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5879  CitB domain-containing protein  41.6 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5625  CitB domain protein  40.5 
 
 		 404 aa  266  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4211  Citrate utilization protein B  40.69 
 
 		 390 aa  263  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2503  putative ferredoxin  41.85 
 
 		 404 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.232616 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6302  CitB domain-containing protein  41.07 
 
 		 400 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5147  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  42.9 
 
 		 403 aa  260  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276301  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6133  CitB domain-containing protein  42.54 
 
 		 368 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2275  CitB domain-containing protein  42.11 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.363441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2723  CitB domain-containing protein  44.2 
 
 		 372 aa  248  9e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3814  CitB domain-containing protein  40.05 
 
 		 394 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6016  CitB domain-containing protein  40.37 
 
 		 404 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.66746 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3857  CitB domain-containing protein  39.39 
 
 		 377 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000315554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4071  CitB domain-containing protein  38.77 
 
 		 408 aa  243  5e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3416  CitB domain protein  38.5 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0793  CitB domain-containing protein  40.65 
 
 		 403 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0640  citrate utilization protein B  40.85 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2087  CitB domain-containing protein  37.11 
 
 		 389 aa  226  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0934488  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3489  citrate utilization protein B  39.78 
 
 		 388 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57381  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0620  citrate utilization protein B  36.73 
 
 		 388 aa  187  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0035  heterodisulfide reductase, putative  23.23 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000417872  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1582  heterodisulfide reductase, putative  22.11 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00374998  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0295  hypothetical protein  34.15 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.630234 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1834  heterodisulfide reductase, putative  21.71 
 
 		 391 aa  55.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0759481  normal  0.0501032 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0911  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.42 
 
 		 367 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0898  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  32.47 
 
 		 429 aa  53.9  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1113  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.36 
 
 		 384 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0397617  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0454  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.27 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3201  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.41 
 
 		 408 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2097  putative ferredoxin  32.91 
 
 		 449 aa  50.4  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.263757 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0812  hypothetical protein  32.18 
 
 		 454 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0290283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1107  putative ferredoxin  32.58 
 
 		 442 aa  49.7  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0158261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2673  putative ferredoxin  27.2 
 
 		 454 aa  49.7  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1001  heterodisulfide reductase, putative  25.83 
 
 		 398 aa  49.7  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.284636  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3715  putative ferredoxin  32.93 
 
 		 449 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0539693  normal  0.153427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0766  hypothetical protein  29.85 
 
 		 455 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2896  heterodisulfide reductase, transmembrane subunit, putative  23.06 
 
 		 384 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.217971 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1846  putative ferredoxin  31.76 
 
 		 443 aa  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000698817  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0817  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.1 
 
 		 455 aa  47  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0269  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0922  putative ferredoxin  31.65 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0301  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2490  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2628  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1646  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277517  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1449  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214428  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0539  hypothetical protein  31.65 
 
 		 445 aa  46.6  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835661  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2374  putative ferredoxin  31.65 
 
 		 466 aa  46.2  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.790506  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0836  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  25 
 
 		 447 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000205692  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0813  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.1 
 
 		 455 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0419  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  34.48 
 
 		 450 aa  45.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3639  anaerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  30.23 
 
 		 456 aa  44.7  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000820206 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3816  Fe-S oxidoreductase-like protein  32.14 
 
 		 445 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4547  Fe-S oxidoreductase-like  32.14 
 
 		 445 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.975746  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3708  Fe-S oxidoreductase-like protein  32.14 
 
 		 445 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4923  Fe-S oxidoreductase-like protein  31.65 
 
 		 445 aa  43.5  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0114822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4115  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.78 
 
 		 445 aa  43.1  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5542  Fe-S oxidoreductase-like protein  30.95 
 
 		 445 aa  42.7  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2280  Fe-S oxidoreductase-like  30.95 
 
 		 445 aa  42.7  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3719  Fe-S oxidoreductase-like protein  30.95 
 
 		 445 aa  42.7  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.320551 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>