More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1838 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1838  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 517 aa  1018    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0590  amino acid permease-associated region  81.34 
 
 		 489 aa  752    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806794  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1663  amino acid permease-associated region  64.26 
 
 		 496 aa  610  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.191833  normal  0.1203 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0743  amino acid permease-associated region  64.19 
 
 		 494 aa  579  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0198333 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  54.28 
 
 		 490 aa  504  1e-141  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  55.94 
 
 		 482 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  51.72 
 
 		 483 aa  481  1e-134  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  51.93 
 
 		 496 aa  481  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6715  amino acid permease-associated region  55.99 
 
 		 486 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1510  amino acid permease-associated region  49.61 
 
 		 495 aa  466  9.999999999999999e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  49.05 
 
 		 486 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  49.05 
 
 		 486 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1603  amino acid permease-associated region  48.8 
 
 		 494 aa  442  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0963262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  49.68 
 
 		 491 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3284  amino acid transporter  49.81 
 
 		 503 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1000  amino acid permease-associated region  47.4 
 
 		 566 aa  440  9.999999999999999e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  50.1 
 
 		 480 aa  437  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3597  amino acid permease-associated region  45.87 
 
 		 549 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.333154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4174  amino acid permease-associated region  50.72 
 
 		 478 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  0.28467 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1609  amino acid permease-associated region  49.9 
 
 		 495 aa  434  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3353  amino acid permease-associated region  48.97 
 
 		 486 aa  433  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.87626 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  46.08 
 
 		 489 aa  431  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0831  amino acid permease-associated region  48.77 
 
 		 476 aa  429  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0943  amino acid permease-associated region  50.94 
 
 		 464 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2749  amino acid permease-associated region  48.26 
 
 		 481 aa  423  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.557083  normal  0.633141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4919  amino acid permease-associated region  47.07 
 
 		 496 aa  425  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4455  amino acid permease-associated region  47.07 
 
 		 496 aa  425  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4969  amino acid permease-associated region  47.07 
 
 		 496 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06078  cationic amino acid transporter  48.62 
 
 		 476 aa  421  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0210338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00849  cationic amino acid transporter  48.62 
 
 		 476 aa  421  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000255765  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1308  amino acid permease  51.25 
 
 		 497 aa  419  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0923  amino acid permease  49.1 
 
 		 495 aa  420  1e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  48.39 
 
 		 476 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  45.53 
 
 		 506 aa  417  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1784  amino acid permease-associated region  48.2 
 
 		 475 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2269  amino acid permease-associated region  49 
 
 		 492 aa  409  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.841553  normal  0.0284439 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1342  amino acid permease-associated region  47.54 
 
 		 438 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1720  amino acid permease-associated region  49.58 
 
 		 471 aa  409  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0909  amino acid permease family protein  45.96 
 
 		 467 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0779  amino acid permease family protein  45.76 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0714  amino acid permease  45.76 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0728  amino acid permease-associated region  45.76 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0818  amino acid permease family protein  45.76 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0914  amino acid permease family protein  45.76 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.43784e-41 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0728  amino acid permease  45.66 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0872  amino acid permease family protein  45.95 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0983  amino acid permease family protein  45.55 
 
 		 467 aa  405  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4463  amino acid permease family protein  46.17 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.821822 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  48.6 
 
 		 476 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1588  amino-acid transporter transmembrane protein  47.96 
 
 		 476 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1651  amino acid permease-associated region  45.38 
 
 		 501 aa  399  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0277  amino acid transporter, cationic amino acid transporter (CAT) family  45.25 
 
 		 471 aa  396  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0258  amino acid permease  45.7 
 
 		 471 aa  395  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000104623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5067  amino acid permease  45.7 
 
 		 471 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000115655  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0263  amino acid permease  45.25 
 
 		 471 aa  394  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000358452  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  46.09 
 
 		 500 aa  395  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  45.49 
 
 		 463 aa  392  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1465  amino acid permease-associated region  46.84 
 
 		 488 aa  393  1e-108  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  48.4 
 
 		 466 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  48.61 
 
 		 466 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  45.49 
 
 		 463 aa  391  1e-107  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  47.55 
 
 		 468 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  47.63 
 
 		 468 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2013  amino acid permease-associated region  48.48 
 
 		 501 aa  390  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0943155  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  47.63 
 
 		 468 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  47.63 
 
 		 468 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3053  amino acid permease-associated region  47.55 
 
 		 466 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0651  amino acid permease-associated region  47.94 
 
 		 481 aa  387  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  45.53 
 
 		 469 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  45.72 
 
 		 465 aa  384  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4029  amino acid permease-associated region  49.58 
 
 		 488 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.891947  normal  0.206887 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1409  cationic amino acid transporter  44.93 
 
 		 464 aa  382  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.173334  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5170  amino acid permease-associated region  43.37 
 
 		 502 aa  381  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.892102 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4179  amino acid permease-associated region  46.02 
 
 		 517 aa  382  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.27139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4348  basic amino acid transporter  46.74 
 
 		 463 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.190712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1758  amino acid permease-associated region  46.88 
 
 		 495 aa  382  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120604  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0096  amino acid permease-associated region  47.2 
 
 		 466 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0242  amino acid permease  46.55 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557003  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  45.82 
 
 		 465 aa  378  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  41.06 
 
 		 471 aa  378  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0424  amino acid permease  46.55 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386355  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1930  amino acid permease-associated region  43.67 
 
 		 463 aa  378  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372004  hitchhiker  0.00366235 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0208  amino acid permease  46.27 
 
 		 467 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0345  amino acid permease-associated region  46.09 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1815  amino acid permease-associated region  47.19 
 
 		 491 aa  378  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0230  amino acid permease  46.55 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145417  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0660  amino acid permease family protein  40.98 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  41.19 
 
 		 471 aa  373  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0562  amino acid permease family protein  40.98 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0504  amino acid permease (amino acid transporter)  40.98 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.140308  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3289  amino acid permease  46.12 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.549076  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2134  amino acid permease  46.12 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0593  amino acid permease family protein  40.98 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2954  amino acid permease  46.12 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3392  amino acid permease  46.12 
 
 		 467 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0650  amino acid permease family protein  40.98 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000109071 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2857  amino acid permease-associated region  44.62 
 
 		 504 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  40.78 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0373  amino acid permease-associated region  46.65 
 
 		 463 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0543  amino acid permease-associated region  41.29 
 
 		 456 aa  371  1e-101  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00639269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>