95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4098 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4098  acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 		 373 aa  749    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.461592  normal  0.148654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0575  Acyl-CoA dehydrogenase  81.06 
 
 		 322 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0138  cyclic nucleotide-binding protein  44.01 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363055  normal  0.0562136 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3593  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  45.09 
 
 		 385 aa  265  8e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3329  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.31 
 
 		 382 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3848  acyl-CoA dehydrogenase type 2  42.42 
 
 		 391 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.680066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4157  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  41.57 
 
 		 391 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0737881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4305  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  42.09 
 
 		 412 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0499711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0796  Acyl-CoA dehydrogenase-like protein  39.7 
 
 		 381 aa  222  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.585612  normal  0.628725 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2922  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  34.29 
 
 		 391 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1346  hypothetical protein  28.87 
 
 		 364 aa  86.3  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0806475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2636  acyl-CoA dehydrogenase  30.11 
 
 		 347 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292935  normal  0.528602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2543  hypothetical protein  28.52 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3259  acyl-CoA dehydrogenase-related protein  29.07 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.543921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2652  acyl-CoA dehydrogenase  28.83 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530272  normal  0.685897 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5416  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  28.52 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2502  hypothetical protein  29.07 
 
 		 347 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5871  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  27.84 
 
 		 363 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.845489  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3131  hypothetical protein  27.24 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470644  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2998  hypothetical protein  27.44 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1801  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  24.37 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.162926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2240  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  27.02 
 
 		 392 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2027  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  27.92 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  24.81 
 
 		 440 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.48 
 
 		 413 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.25 
 
 		 413 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.83 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  25.83 
 
 		 413 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.6 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4064  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  23.39 
 
 		 424 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322511  hitchhiker  0.0046695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  25.65 
 
 		 401 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  25 
 
 		 413 aa  50.8  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.478253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  25 
 
 		 401 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1866  acyl-CoA dehydrogenase-related protein  22.78 
 
 		 381 aa  50.8  0.00004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1777  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  23.5 
 
 		 387 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0186488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0156  Acyl-CoA dehydrogenase  25.56 
 
 		 379 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  25.19 
 
 		 440 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0202  hypothetical protein  25.54 
 
 		 333 aa  50.1  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  25.53 
 
 		 397 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1789  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  25.56 
 
 		 379 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0858072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4334  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.35 
 
 		 409 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1903  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  27.53 
 
 		 417 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3933  Acyl-CoA dehydrogenase-like  23.55 
 
 		 390 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01704  acyl-CoA dehydrogenase family member 8  25.69 
 
 		 393 aa  48.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.791292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  26.09 
 
 		 413 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3656  isovaleryl-CoA dehydrogenase  22.51 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.179163  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2934  hypothetical protein  24.59 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34550  hypothetical protein  24.59 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1545  hypothetical protein  25.12 
 
 		 416 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828601  normal  0.5845 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1335  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  25.28 
 
 		 379 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.254429  normal  0.854455 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  23.44 
 
 		 412 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1812  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  24.24 
 
 		 387 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0871457  normal  0.415388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3662  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  23.22 
 
 		 387 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000131881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34300  DszC family monooxygenase  26.74 
 
 		 405 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803163  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0554  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.77 
 
 		 417 aa  47.4  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2755  hypothetical protein  25.08 
 
 		 414 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  25 
 
 		 402 aa  46.6  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3693  isovaleryl-CoA dehydrogenase  23.55 
 
 		 390 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.87 
 
 		 393 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2915  hypothetical protein  27.03 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.48 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2677  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  27.91 
 
 		 433 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.3001  normal  0.883174 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  24.41 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2551  putative acyl-CoA dehydrogenase  26.52 
 
 		 416 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.285917  normal  0.436959 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5156  acyl-CoA dehydrogenase  24.46 
 
 		 420 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0718281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  25.94 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2567  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  28.11 
 
 		 359 aa  45.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752192  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2998  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.17 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1779  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.57 
 
 		 430 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2809  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36 
 
 		 367 aa  45.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000259452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2538  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.3 
 
 		 378 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.844573  decreased coverage  0.00557828 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3463  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  27.08 
 
 		 400 aa  44.3  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.844262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4263  acyl-CoA dehydrogenase-like  23.27 
 
 		 390 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.662141  normal  0.561312 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  23.53 
 
 		 412 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.53 
 
 		 412 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1495  hypothetical protein  25.4 
 
 		 403 aa  43.9  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0879599  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3100  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  23.53 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31350  DszC-like desulfurization enzyme  29.55 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  23.53 
 
 		 412 aa  43.9  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4597  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  26.87 
 
 		 400 aa  43.9  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419077  normal  0.111113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1804  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  23.48 
 
 		 390 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392184  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1843  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  25.96 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0955  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  21.75 
 
 		 398 aa  43.5  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0335  hypothetical protein  24.88 
 
 		 341 aa  43.5  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00085  probable acyl-CoA dehydrogenase  20.42 
 
 		 386 aa  43.5  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  24.08 
 
 		 406 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2547  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  22.34 
 
 		 392 aa  43.1  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0405  butyryl-CoA dehydrogenase  25.07 
 
 		 388 aa  43.1  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1874  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  24.07 
 
 		 387 aa  43.1  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0889  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  24.34 
 
 		 398 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0906  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.34 
 
 		 398 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2779  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  25.93 
 
 		 391 aa  42.7  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102369  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.08 
 
 		 393 aa  43.1  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1889  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  24.86 
 
 		 364 aa  43.1  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0991728  hitchhiker  0.00579154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43650  Acyl-CoA dehydrogenase  24.9 
 
 		 414 aa  42.7  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0618443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>