More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3693 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0289  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  87.69 
 
 
391 aa  700    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0226098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6658  isovaleryl-CoA dehydrogenase  89.74 
 
 
390 aa  714    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3018  Acyl-CoA dehydrogenase  85.35 
 
 
407 aa  698    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1804  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  93.85 
 
 
390 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.392184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3289  isovaleryl-CoA dehydrogenase  81.1 
 
 
390 aa  654    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2318  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  87.95 
 
 
390 aa  697    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.759089  normal  0.0223321 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2780  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  80.51 
 
 
390 aa  652    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0393743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3933  Acyl-CoA dehydrogenase-like  95.38 
 
 
390 aa  777    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.218287  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4263  acyl-CoA dehydrogenase-like  91.79 
 
 
390 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.662141  normal  0.561312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4272  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  85.38 
 
 
390 aa  699    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0196507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3693  isovaleryl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
390 aa  801    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3387  isovaleryl-CoA dehydrogenase  89.15 
 
 
391 aa  720    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.197098  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0037  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  79.48 
 
 
387 aa  629  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119681  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1739  isovaleryl-CoA dehydrogenase  76.86 
 
 
390 aa  629  1e-179  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2727  isovaleryl-CoA dehydrogenase  75.07 
 
 
389 aa  607  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1948  isovaleryl-CoA dehydrogenase  76.44 
 
 
387 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2797  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  74.02 
 
 
389 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02412  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.23 
 
 
389 aa  601  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.719746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2570  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  74.28 
 
 
389 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0020  isovaleryl-CoA dehydrogenase  78.22 
 
 
382 aa  599  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1362  isovaleryl-CoA dehydrogenase  74.02 
 
 
389 aa  597  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.431847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2973  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.23 
 
 
389 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698816  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1897  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.49 
 
 
389 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05480  acyl-CoA dehydrogenase  74.8 
 
 
389 aa  595  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2846  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.49 
 
 
389 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3223  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.23 
 
 
389 aa  596  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153994 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1458  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.75 
 
 
389 aa  597  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.499178 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2828  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.49 
 
 
389 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1530  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  73.23 
 
 
389 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.295941  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0017  isovaleryl-CoA dehydrogenase  77.95 
 
 
382 aa  596  1e-169  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2394  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.75 
 
 
389 aa  597  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.869835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2188  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  78.72 
 
 
390 aa  595  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1672  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.49 
 
 
389 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1787  hypothetical protein  73.3 
 
 
389 aa  591  1e-168  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1788  hypothetical protein  73.3 
 
 
389 aa  591  1e-168  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2033  isovaleryl-CoA dehydrogenase  74.54 
 
 
387 aa  591  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0666462  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2245  acyl-CoA dehydrogenase-like protein  73.23 
 
 
389 aa  592  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2322  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.23 
 
 
389 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3274  citronelloyl-CoA dehydrogenase, GnyD  73.49 
 
 
387 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2121  isovaleryl-CoA dehydrogenase  74.07 
 
 
388 aa  590  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.274166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38440  citronelloyl-CoA dehydrogenase, GnyD  73.49 
 
 
387 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.306085 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1603  isovaleryl-CoA dehydrogenase  72.7 
 
 
389 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3656  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.23 
 
 
387 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.179163  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2925  isovaleryl-CoA dehydrogenase  72.51 
 
 
389 aa  587  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2739  acyl-CoA dehydrogenase, putative  71.39 
 
 
447 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1959  putative isovaleryl-CoA dehydrogenase  72.59 
 
 
393 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1812  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  72.18 
 
 
387 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0871457  normal  0.415388 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2056  putative isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.58 
 
 
393 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108299  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0471  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.58 
 
 
393 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0802  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.32 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1608  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.32 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2470  isovaleryl-CoA dehydrogenase  72.44 
 
 
387 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0293728  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4724  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  73.25 
 
 
390 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0542  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.32 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.470015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3662  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.65 
 
 
387 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000131881 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0947  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.06 
 
 
393 aa  580  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.818935  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0198  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  74.8 
 
 
387 aa  577  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140883  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0654  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.32 
 
 
393 aa  578  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.548122  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3466  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  72.21 
 
 
393 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360992  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03805  acyl-CoA dehydrogenase  72.77 
 
 
387 aa  574  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3360  isovaleryl-CoA dehydrogenase  72.73 
 
 
410 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1777  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.65 
 
 
387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0186488 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000377  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.3 
 
 
389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.749145  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4532  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  77.43 
 
 
387 aa  575  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181691  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4588  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  72.21 
 
 
393 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4064  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.65 
 
 
424 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322511  hitchhiker  0.0046695 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3562  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  72.02 
 
 
393 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.364762 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0100  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.51 
 
 
390 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0455  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.76 
 
 
393 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0960  isovaleryl-CoA dehydrogenase  71.83 
 
 
393 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.433991  normal  0.388602 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3127  acyl-CoA dehydrogenase-like  71.95 
 
 
393 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.105998  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5032  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.95 
 
 
393 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5240  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.95 
 
 
393 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288959  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4686  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.83 
 
 
393 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162224  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1719  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.49 
 
 
389 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2119  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.83 
 
 
390 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0423  isovaleryl-CoA dehydrogenase  71.69 
 
 
414 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.733872  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5121  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  71.69 
 
 
393 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.975401  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0748  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  72.09 
 
 
393 aa  570  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.239157  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6510  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  72.37 
 
 
381 aa  567  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.41485  normal  0.721434 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4378  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.32 
 
 
381 aa  568  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1466  isovaleryl-CoA dehydrogenase  70.8 
 
 
393 aa  566  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0103  isovaleryl-CoA dehydrogenase  70.47 
 
 
393 aa  564  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0129  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.24 
 
 
393 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0279  acyl-CoA dehydrogenase oxidoreductase protein  70.73 
 
 
393 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.236676  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0137  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  71.24 
 
 
393 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4371  isovaleryl-CoA dehydrogenase  70.98 
 
 
395 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4190  isovaleryl-CoA dehydrogenase  70.98 
 
 
393 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1874  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  69.87 
 
 
387 aa  564  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.33835  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3779  isovaleryl-CoA dehydrogenase  70.98 
 
 
396 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3057  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  70.98 
 
 
396 aa  560  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0135  isovaleryl-CoA dehydrogenase  69.95 
 
 
393 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49560  Acyl-CoA dehydrogenase  70.21 
 
 
393 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.531636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5991  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  70.21 
 
 
395 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0931  isovaleryl-CoA dehydrogenase  73.42 
 
 
386 aa  551  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3157  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  73.02 
 
 
388 aa  552  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.535585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0356  isovaleryl-CoA dehydrogenase  67.62 
 
 
392 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.969667  decreased coverage  0.00000934354 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3842  acyl-CoA dehydrogenase-like  68.99 
 
 
392 aa  547  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1297  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  68.06 
 
 
387 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.329164  normal  0.246274 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3633  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  69.19 
 
 
386 aa  545  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0817586  normal  0.96391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>