57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0496 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0496  photosynthetic reaction center protein  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0401764  normal  0.747505 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0329  PRC-barrel  89.3 
 
 		 274 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3528  PRC-barrel  79.17 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.16044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1635  hypothetical protein  59.38 
 
 		 263 aa  263  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1392  PRC-barrel  42.74 
 
 		 120 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.563767  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0094  PRC-barrel protein  46.81 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.872703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2288  PRC-barrel  40.19 
 
 		 119 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.423812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2333  PRC-barrel  39.25 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125834  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2612  PRC-barrel  39.25 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0300528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0860  PRC-barrel  45.69 
 
 		 118 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.041821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  25.69 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  27.27 
 
 		 169 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  23.08 
 
 		 161 aa  52.8  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  23.08 
 
 		 160 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  24.74 
 
 		 163 aa  52.4  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  24.74 
 
 		 163 aa  52.4  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  24.74 
 
 		 163 aa  52.4  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  25 
 
 		 160 aa  52.4  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  25 
 
 		 175 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  23.58 
 
 		 156 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  26.79 
 
 		 130 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  24.04 
 
 		 160 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  24.04 
 
 		 160 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  24.04 
 
 		 160 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  26.88 
 
 		 130 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  26 
 
 		 158 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  26.8 
 
 		 173 aa  48.9  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  25 
 
 		 158 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  26.8 
 
 		 163 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  26.8 
 
 		 163 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  29.82 
 
 		 163 aa  48.9  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  23.48 
 
 		 175 aa  48.9  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  25.25 
 
 		 157 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  27.62 
 
 		 156 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  23.85 
 
 		 171 aa  47.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  28.57 
 
 		 129 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  25.77 
 
 		 163 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  25.66 
 
 		 156 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  25.25 
 
 		 174 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  25.77 
 
 		 166 aa  45.4  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  25.77 
 
 		 165 aa  45.4  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  26.58 
 
 		 135 aa  45.4  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  23.71 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  24.75 
 
 		 140 aa  45.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  22.86 
 
 		 142 aa  45.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  27.47 
 
 		 122 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  24.14 
 
 		 163 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  24.24 
 
 		 148 aa  43.5  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  29.89 
 
 		 134 aa  43.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  29.21 
 
 		 134 aa  43.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  27.63 
 
 		 135 aa  42.7  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  26.37 
 
 		 117 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  29.03 
 
 		 137 aa  42.7  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  26.37 
 
 		 117 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  24.47 
 
 		 399 aa  42.4  0.008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  26.58 
 
 		 131 aa  42  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  23.23 
 
 		 155 aa  42  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>