266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5043 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5043  thymidylate synthase  100 
 
 		 277 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0572  thymidylate synthase  61.01 
 
 		 277 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0350  thymidylate synthase  59.57 
 
 		 277 aa  362  3e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.82099  normal  0.227002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2747  Thymidylate synthase  58.84 
 
 		 277 aa  361  6e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1581  thymidylate synthase  59.93 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000941291  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2432  thymidylate synthase  58.42 
 
 		 279 aa  356  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0864  Thymidylate synthase  59.57 
 
 		 264 aa  351  7e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3147  thymidylate synthase  59.57 
 
 		 264 aa  351  7e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00502438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2974  thymidylate synthase  59.57 
 
 		 264 aa  351  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0248193  normal  0.0110834 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4093  thymidylate synthase  59.57 
 
 		 264 aa  351  7e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00531915  normal  0.186397 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0867  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02675  thymidylate synthase  59.57 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02636  hypothetical protein  59.57 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0282174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3039  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  350  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.448535 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2973  thymidylate synthase  59.21 
 
 		 264 aa  349  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.942182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0888  thymidylate synthase  59.21 
 
 		 264 aa  349  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2589  thymidylate synthase  58.12 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3148  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3228  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434826 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3328  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937763 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3214  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0238211 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3165  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.623255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3035  thymidylate synthase  59.21 
 
 		 264 aa  348  4e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2861  thymidylate synthase  58.12 
 
 		 264 aa  348  5e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.390329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2943  thymidylate synthase  58.12 
 
 		 264 aa  348  5e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0433853  normal  0.782101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  58.12 
 
 		 264 aa  348  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3269  thymidylate synthase  58.48 
 
 		 264 aa  348  6e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0325419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2779  thymidylate synthase  57.04 
 
 		 264 aa  348  7e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.629836  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3821  thymidylate synthase  57.76 
 
 		 264 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0782248  normal  0.435378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0915  thymidylate synthase  57.4 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2781  thymidylate synthase  57.4 
 
 		 264 aa  345  7e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1335  thymidylate synthase  57.4 
 
 		 264 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1146  thymidylate synthase  57.4 
 
 		 264 aa  343  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.153676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0340  thymidylate synthase  55.48 
 
 		 283 aa  343  2e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1036  thymidylate synthase  56.68 
 
 		 264 aa  342  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3396  thymidylate synthase  57.04 
 
 		 264 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0862662  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0984  thymidylate synthase  56.68 
 
 		 264 aa  342  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00298799  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1188  thymidylate synthase  56.68 
 
 		 264 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122155  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3238  thymidylate synthase  56.68 
 
 		 264 aa  342  5e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3125  thymidylate synthase  56.68 
 
 		 264 aa  342  5e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  0.408001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3195  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  341  9e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1265  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.678251  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1232  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.902192  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0907  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  340  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2927  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  338  5.9999999999999996e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3014  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  338  7e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3018  thymidylate synthase  58.03 
 
 		 267 aa  338  8e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0786237  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1242  thymidylate synthase  58.12 
 
 		 274 aa  337  9.999999999999999e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0595722  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2730  thymidylate synthase  58.39 
 
 		 267 aa  337  1.9999999999999998e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0137265 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2051  thymidylate synthase  57.65 
 
 		 283 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.266097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03706  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 277 aa  335  3.9999999999999995e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1116  thymidylate synthase  54.96 
 
 		 277 aa  335  5e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0387  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  335  5e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.610342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1197  thymidylate synthase  55.52 
 
 		 277 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  335  7e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0381  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  334  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4970  thymidylate synthase  57.09 
 
 		 274 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0947  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 264 aa  332  5e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.014257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0889  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 280 aa  331  6e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1962  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 264 aa  331  7.000000000000001e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1471  thymidylate synthase  55.94 
 
 		 283 aa  331  7.000000000000001e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4491  thymidylate synthase  57.45 
 
 		 276 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6453  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  330  2e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0818  thymidylate synthase  54.87 
 
 		 264 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3514  thymidylate synthase  54.87 
 
 		 264 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.34042  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0662  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  329  4e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2027  thymidylate synthase  55.64 
 
 		 285 aa  329  4e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.242999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1289  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  328  6e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.994913  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13308  thymidylate synthase  54.87 
 
 		 274 aa  328  8e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.372372  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2572  thymidylate synthase  55.6 
 
 		 264 aa  328  8e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.31562  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2040  thymidylate synthase  55.6 
 
 		 264 aa  326  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00561284  normal  0.510775 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29370  thymidylate synthase  55.84 
 
 		 267 aa  325  4.0000000000000003e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0593  thymidylate synthase  56.32 
 
 		 264 aa  325  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.931359 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0442  thymidylate synthase  53.79 
 
 		 296 aa  325  6e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1731  thymidylate synthase  53.79 
 
 		 264 aa  324  1e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0906  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  323  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1050  thymidylate synthase  55.96 
 
 		 264 aa  323  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17460  thymidylate synthase  55 
 
 		 276 aa  322  3e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.171384  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2021  thymidylate synthase  54.87 
 
 		 264 aa  322  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1410  hypothetical protein  53.07 
 
 		 264 aa  321  9.000000000000001e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.290298 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1309  thymidylate synthase  54.15 
 
 		 264 aa  320  1.9999999999999998e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00097821  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04649  thymidylate synthase  54.51 
 
 		 264 aa  319  3e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0874843  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2099  thymidylate synthase  54.38 
 
 		 266 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.121978 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2986  thymidylate synthase  54.8 
 
 		 277 aa  319  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2112  thymidylate synthase  54.38 
 
 		 266 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.343754  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2158  thymidylate synthase  54.38 
 
 		 266 aa  319  3e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.46216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2772  thymidylate synthase  55.16 
 
 		 276 aa  319  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.023604 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0901  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 264 aa  319  3e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2782  Thymidylate synthase  51.26 
 
 		 264 aa  318  7e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0986115  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1450  thymidylate synthase  54.09 
 
 		 279 aa  318  9e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.810743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12777  thymidylate synthase  54.15 
 
 		 263 aa  317  1e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.470596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2887  Thymidylate synthase  51.62 
 
 		 264 aa  317  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.189852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2660  thymidylate synthase  51.62 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4007  thymidylate synthase  53.79 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.997554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4213  thymidylate synthase  53.07 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1592  thymidylate synthase  53.43 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00136284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04480  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 264 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09380  thymidylate synthase  52.71 
 
 		 264 aa  316  3e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.21237  normal  0.43537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3385  thymidylate synthase  53.26 
 
 		 283 aa  316  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0436  thymidylate synthase  55.23 
 
 		 264 aa  316  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>