273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1335 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1335  thymidylate synthase  100 
 
 		 264 aa  554  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2861  thymidylate synthase  98.11 
 
 		 264 aa  547  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.390329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2943  thymidylate synthase  98.11 
 
 		 264 aa  547  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0433853  normal  0.782101 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3039  thymidylate synthase  96.97 
 
 		 264 aa  541  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.448535 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3125  thymidylate synthase  95.45 
 
 		 264 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  0.408001 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1146  thymidylate synthase  95.08 
 
 		 264 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.153676  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1265  thymidylate synthase  95.08 
 
 		 264 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.678251  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1232  thymidylate synthase  95.08 
 
 		 264 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.902192  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1188  thymidylate synthase  95.45 
 
 		 264 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.122155  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0867  thymidylate synthase  87.88 
 
 		 264 aa  498  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2779  thymidylate synthase  86.74 
 
 		 264 aa  495  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.629836  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3147  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00502438  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0864  Thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3214  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0238211 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3269  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  458  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0325419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3165  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.623255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3821  thymidylate synthase  78.41 
 
 		 264 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0782248  normal  0.435378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2974  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0248193  normal  0.0110834 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3148  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3328  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937763 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3228  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434826 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4093  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00531915  normal  0.186397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02675  thymidylate synthase  78.79 
 
 		 264 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3035  thymidylate synthase  78.41 
 
 		 264 aa  454  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2973  thymidylate synthase  78.41 
 
 		 264 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.942182  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0907  thymidylate synthase  77.65 
 
 		 264 aa  454  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0888  thymidylate synthase  78.41 
 
 		 264 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02636  hypothetical protein  78.79 
 
 		 264 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0282174  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3396  thymidylate synthase  77.65 
 
 		 264 aa  454  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0862662  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0984  thymidylate synthase  77.65 
 
 		 264 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00298799  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3014  thymidylate synthase  78.03 
 
 		 264 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1036  thymidylate synthase  77.65 
 
 		 264 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3238  thymidylate synthase  77.27 
 
 		 264 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3195  thymidylate synthase  77.27 
 
 		 264 aa  448  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.640259  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2927  thymidylate synthase  75 
 
 		 264 aa  438  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2781  thymidylate synthase  74.62 
 
 		 264 aa  434  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  73.11 
 
 		 264 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1289  thymidylate synthase  76.14 
 
 		 264 aa  428  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.994913  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0915  thymidylate synthase  71.21 
 
 		 264 aa  417  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  72.35 
 
 		 264 aa  418  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0544  thymidylate synthase  70.45 
 
 		 264 aa  415  9.999999999999999e-116  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.249699  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4213  thymidylate synthase  71.59 
 
 		 264 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0889  thymidylate synthase  71.21 
 
 		 280 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0947  thymidylate synthase  71.21 
 
 		 264 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.014257 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0818  thymidylate synthase  71.21 
 
 		 264 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2572  thymidylate synthase  72.35 
 
 		 264 aa  413  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.31562  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1581  thymidylate synthase  70.83 
 
 		 264 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000941291  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0381  thymidylate synthase  70.45 
 
 		 264 aa  411  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2040  thymidylate synthase  70.83 
 
 		 264 aa  409  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00561284  normal  0.510775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0436  thymidylate synthase  70.45 
 
 		 264 aa  407  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0906  thymidylate synthase  72.35 
 
 		 264 aa  407  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1050  thymidylate synthase  72.35 
 
 		 264 aa  407  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04480  thymidylate synthase  70.83 
 
 		 264 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0387  thymidylate synthase  70.08 
 
 		 264 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.610342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2747  Thymidylate synthase  70.04 
 
 		 277 aa  408  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1410  hypothetical protein  68.56 
 
 		 264 aa  405  1.0000000000000001e-112  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.290298 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5002  thymidylate synthase  69.23 
 
 		 273 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000135835  normal  0.749841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1664  thymidylate synthase  71 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1962  thymidylate synthase  69.7 
 
 		 264 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1309  thymidylate synthase  69.7 
 
 		 264 aa  403  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00097821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2832  thymidylate synthase  69.32 
 
 		 264 aa  401  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2589  thymidylate synthase  69.32 
 
 		 264 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0662  thymidylate synthase  70.83 
 
 		 264 aa  400  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2822  thymidylate synthase  69.7 
 
 		 264 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0100579  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1592  thymidylate synthase  69.32 
 
 		 264 aa  398  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00136284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0593  thymidylate synthase  70.08 
 
 		 264 aa  399  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.931359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1823  thymidylate synthase  69.89 
 
 		 284 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10557  hitchhiker  0.00355293 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48170  thymidylate synthase  69.7 
 
 		 264 aa  397  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1450  thymidylate synthase  68.77 
 
 		 279 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.810743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2051  thymidylate synthase  68.03 
 
 		 283 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.266097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1116  thymidylate synthase  67.78 
 
 		 277 aa  397  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2351  thymidylate synthase  70.45 
 
 		 264 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.914614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0371  thymidylate synthase  68.94 
 
 		 264 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.634386  normal  0.315482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1197  thymidylate synthase  67.78 
 
 		 277 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0442  thymidylate synthase  65.15 
 
 		 296 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2887  Thymidylate synthase  68.94 
 
 		 264 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.189852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2448  thymidylate synthase  69.32 
 
 		 264 aa  393  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.848435  normal  0.156064 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6453  thymidylate synthase  68.18 
 
 		 264 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1731  thymidylate synthase  65.15 
 
 		 264 aa  392  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2986  thymidylate synthase  68.03 
 
 		 277 aa  393  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3266  thymidylate synthase  68.94 
 
 		 264 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394281  normal  0.266288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4970  thymidylate synthase  67.94 
 
 		 274 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2660  thymidylate synthase  68.56 
 
 		 264 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.742104 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23310  thymidylate synthase  67.18 
 
 		 271 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245903  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04649  thymidylate synthase  67.8 
 
 		 264 aa  387  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0874843  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2802  thymidylate synthase  68.56 
 
 		 264 aa  387  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395384  normal  0.702269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2021  thymidylate synthase  68.56 
 
 		 264 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2730  thymidylate synthase  68.18 
 
 		 264 aa  387  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4439  Thymidylate synthase  66.03 
 
 		 268 aa  387  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.613573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2543  thymidylate synthase  68.18 
 
 		 264 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.33393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1854  thymidylate synthase  67.05 
 
 		 264 aa  386  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.247947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0572  thymidylate synthase  64.26 
 
 		 277 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2782  Thymidylate synthase  67.42 
 
 		 264 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0986115  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1242  thymidylate synthase  67.87 
 
 		 274 aa  386  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0595722  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0350  thymidylate synthase  65.7 
 
 		 277 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.82099  normal  0.227002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3354  thymidylate synthase  66.29 
 
 		 264 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4007  thymidylate synthase  67.42 
 
 		 264 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.997554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03706  thymidylate synthase  65.7 
 
 		 277 aa  384  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6100  thymidylate synthase  68.18 
 
 		 264 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.50271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3514  thymidylate synthase  67.42 
 
 		 264 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.34042  normal  0.150585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>